| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 2,481,608 | A→G | L190S (TTA→TCA) | emrY ← | tripartite efflux pump membrane subunit EmrY |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 2,481,608 | 0 | A | G | 99.3% | 559.2 / NA | 145 | L190S (TTA→TCA) | emrY | tripartite efflux pump membrane subunit EmrY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (89/55); total (89/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
AGTAAAATAAATACGCGCATGTGATACTCACAATACCAATGGTGAAGTTACGGGACTTAAACAAACTGAGATCAAGAATCGGGTTCTCTGAGGTCGACTCCCAAATGACTAAAGAGATCAGAGAAATAACTGATACTACTGTTAATATTATTATTGTACTCGAGTTGAACCAATCCAGATCGCGCCCTTTATCAAGCATAATTTGCAAGCCACCAACACCGAGCACTAACAGGGTCAGTCCTGGTAGATTCATTTTGACCGGTGAAGTCTCAGTTTCTCTTCCTTTAAGTAAGGTTAAGCATAATGTCAGGACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAA > NC_000913/2481312‑2481902 | agTAAAATAAATACGCGCATGTGATACTCACAATACCAATGGTGAAGTTACGGGACTTAAACAAACTGAGATCAAGAATCGGGTTCTCTGAGGTCGACTCCCAAATGACTAAAGAGATCAGAGAAATAACTGATACTACTGTTAATATTATTATTGTACTCGAGTTGAACCAATCCAGATCGCGCCCTTTATCAAGCATAATTTGCAAGCCACCAACACCGAGCACTAACAGGGTCAGTCCTGGTAGATTCATTTTGACCGGTGAAGTCTCAGTTTCTCTTCCTTTAAGTAAGGTTGAGc < 1:278582/300‑1 (MQ=255) 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aagtaagGTTGAGCATAATGTCAGGACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCCGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACGGCGa > 2:430326/1‑300 (MQ=255) aagtaagGTTGAGCATAATGTCAGGACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCACCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAANAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGa > 2:605732/1‑300 (MQ=255) aagtaagGTTGAGCATAATGTCAGGACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCAAAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCACCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCgc > 2:347997/1‑299 (MQ=255) 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AGTAAAATAAATACGCGCATGTGATACTCACAATACCAATGGTGAAGTTACGGGACTTAAACAAACTGAGATCAAGAATCGGGTTCTCTGAGGTCGACTCCCAAATGACTAAAGAGATCAGAGAAATAACTGATACTACTGTTAATATTATTATTGTACTCGAGTTGAACCAATCCAGATCGCGCCCTTTATCAAGCATAATTTGCAAGCCACCAACACCGAGCACTAACAGGGTCAGTCCTGGTAGATTCATTTTGACCGGTGAAGTCTCAGTTTCTCTTCCTTTAAGTAAGGTTAAGCATAATGTCAGGACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGCCCCGCCATTAACCCCTGAACGACTCTAAAAAATATCAGCACATCAAGATTGGTCGATAGGCTACACATTAATGAAGACAGCGAAAAAA > NC_000913/2481312‑2481902 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |