| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,854,611 | G→A | L82F (CTT→TTT) | ydjF ← | putative DNA‑binding transcriptional regulator YdjF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,854,611 | 0 | G | A | 99.2% | 449.1 / ‑5.1 | 123 | L82F (CTT→TTT) | ydjF | putative DNA‑binding transcriptional regulator YdjF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (77/45); minor base T (1/0); total (78/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
GCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCATAAAACGATGAAGCGCGCTTATAAAAATGGATATTCTCCGTCAACATCGCTGTATTTAAAACAGCACCACCATAGGTTCTGGTCAAAAAGCCTTCATCTTCCAGCTTCTCAAGATCGCGGCGAATGGTTTCTTCGGTTACCTGAAAAATCCCACTCAAATTTGAGACTGTCACCTTTTTATCGTTGGCAACCATTTGCTTAATTGCCTGAATCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACC > NC_000913/1854315‑1854906 | gTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAACTGCtt > 2:769182/1‑300 (MQ=255) 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cAATAAACTGCTTCTCTTCATAAAACGATGAAGCGCGCTTATAAAAATGGATATTCTCCGTCAACATCGCTGTATTTAAAACAGCACCACCATAGGTTCTGGTCAAAAAGCCTTCATCTTCCAGCTTCTCAAGATCGCGGCGAATGGTTTCTTCGGTTACCTGAAAAATCCCACTCAAATTTGAGACTGTCACCTTTTTATCGTTGGCAACCATTTGCTTAATTGCCTGAATCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATaa > 1:688838/1‑300 (MQ=255) aaTAAACTGCTTCTCTTCATAAAACGATGAAGCGCGCTTATAAAAATGGATATTCTCCGTCAACATCGCTGTATTTAAAACAGCACCACCATAGGTTCTGGTCAAAAAGCCTTCATCTTCCAGCTTCTCAAGATCGCGGCGAATGGTTTCTTCGGTTACCTGAAAAATCCCACTCAAATTTGAGACTGTCACCTTTTTATCGTTGGCAACCATTTGCTTAATTGCCTGAATCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAAc < 1:495955/300‑1 (MQ=255) aTAAACTGCTTCTCTTCATAAAACGATGAAGCGCGCTTATAAAAATGGATATTCTCCGTCAACATCGCTGTATTTAAAACAGCACCACCATAGGTTCTGGTCAAAAAGCCTTCATCTTCCAGCTTCTCAAGATCGCGGCGAATGGTTTCTTCGGTTACCTGAAAAATCCCACTCAAATTTGAGACTGTCACCTTTTTATCGTTGGCAACCATTTGCTTAATTGCCTGAATCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAAcc > 1:671222/1‑300 (MQ=255) | GCTGTTAATATCAAGACCTTTACAACTCATTACCATGATATCGACATGATAGCGCCTGATGATCTCTTTAGTAATTCTTCCTTGCAGTGAAAGTGTATTTTTGTTTAGTTCCCCACCCGTTGAAACGACTTTAATTTCTGACTGAGCCAGAACATGAATCGCTTCCGCCGAGTTGGTTAGCAACGTCAGGCCACTACGGTCCTGTAACAATTTGAGCAATTCCATTACGGTACTACTGGAATCGGCTGCCATGGTGGTTTTATTGTCGATAAAGGGTAGTGCCTTGCGTGCAATAAGCTGCTTCTCTTCATAAAACGATGAAGCGCGCTTATAAAAATGGATATTCTCCGTCAACATCGCTGTATTTAAAACAGCACCACCATAGGTTCTGGTCAAAAAGCCTTCATCTTCCAGCTTCTCAAGATCGCGGCGAATGGTTTCTTCGGTTACCTGAAAAATCCCACTCAAATTTGAGACTGTCACCTTTTTATCGTTGGCAACCATTTGCTTAATTGCCTGAATCCTGTCTTTTGCCGCCACGATTACACCCCTGTATCTTTTTACATCACATTAGCGCGATTATCGCATAACC > NC_000913/1854315‑1854906 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |