| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,490,854 | T→G | T96P (ACC→CCC) | idnR ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator IdnR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,490,854 | 0 | T | G | 98.5% | 519.4 / ‑5.6 | 134 | T96P (ACC→CCC) | idnR | DNA‑binding transcriptional dual regulator IdnR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base G (78/54); total (78/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
GGGTGTCATCTTTGGAACCGAGATACAGAATTTTGTGCCTGACTCGCTTCTCCAGCATGGTACACACCATGTCAAAAGCGGCCTGCCGATTATCAAAACCGACCTCCATATCCAGCCGTTCTCCCTGTACATCCATCAATTCCACGACCGGAATGGTGGCTGAACGCAGAAATTTCACCGTCCTGATGGTGTGATATTTTTCCGAAAGTATAATCCCGTCAATGTTATAAGAGAGCAGGTTAATCACCGACTCTTCTTCGGAATCGCGATCGTAATTGTAATTAGCAATAAGGGTCTGATAATTATGCTCAGAGGTGACGGATTCTATTCCCGCGAGAATGTCAGCGAAGAGTTGATTTTGAAATGACGGAATCAAGATACCGAGGGTATAACTTTGTGCATTCAACAACATGCCGGGAGCGCGATTAGGGATATAATTGATCTCTTCCATAATTTTGGCGATGCGCTCGCCTGTTTCCTTTGCCACCTTTTTCGGCGAGCGGATATAACGACTCACGGTCATTTTTGTTACGCCAGCCAGCGTAGCGATATCCTGTAAAGAAATTCTGTGATTGCGCATAACTTCT > NC_000913/4490560‑4491146 | gtgtttCATCTTTGGAACCGAGATACAGAATTTTGTGCCTGACTCGCTTCTCCAGCATGGTACACACCATGTCAAAAGCGGCCTGCCGATTATCAAAACCGACCTCCATATCCAGCCGTTCTCCCTGTACATCCATCAATTCCACGACCGGAATGGTGGCTGAACGCAGAAATTTCACCGTCCTGATGGTGTGATATTTTTCCGAAAGTATAATCCCGTCAATGTTATAAGAGAGCAGGTTAATCACCGACTCTTCTTCGGAATCGCGATCGTAATTGTAATTAGCAATAAGGGGCTGAt < 2:72302/295‑1 (MQ=255) 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gCAATAAGGTGCTGATAATTATGCTCAGAGGTGACGGATTCTATTCCCGCGAGAATGTCAGCGAAGAGTTGATTTTGAAATGACGGAATCAAGATACCGAGGGTATAACTTTGTGCATTCAACAACATGCCGGGAGCGCGATTAGGGATATAATTGATCTCTTCCATAATTTTGGCGATGCGCTCGCCTGTTTCCTTTGCCACCTTTTTCGGCGAGCGGATATAACGACTCACGGTCATTTTTGTTACGCCAGCCAGCGTAGCGATATCCTGTAAAGAAATTCGGTGATTGCGCATAACt < 2:359755/300‑1 (MQ=255) gCAATAAGGGGCTGATAATTATGCTCAGAGGTGACGGATTCTATTCCCGCGAGAATGTCAGCGAAGAGTTGATTTTGAAATGACGGAATCAAGATACCGAGGGTATAACTTTGTGCATTCAACAACATGCCGGGAGCGCGATTAGGGATATAATTGATCTCTTCCATAATTTTGGCGATGCGCTCGCCTGTTTCCTTTGCCACCTTTTTCGGCGAGCGGATATAACGACTCACGGTCATTTTTGTTACGCCAGCCAGCGTAGCGATATCCTGTAAAGAAATTCTGTGATTGCGCATAACt > 1:75041/1‑300 (MQ=255) gCAATAAGGGGCTGATAATTATGCTCAGAGGTGACGGATTCTATTCCCGCGAGAATGTCAGCGAAGAGTTGATTTTGAAATGACGGAATCAAGATACCGAGGGTATAACTTTGTGCATTCAACAACATGCCGGGAGCGCGATTAGGGATATAATTGATCTATTCCATAATTTTGGCGATGCGCTCGCCTGTTTCCTTTGCCACCTTTTTCGGCGAGCAGATATAACGACTCACGGTCGTTTTTGTTACGCCAGCCAGCGTAGCGATATCCTGTAAAGAAATTCTGTGATTGCGCATAACt > 2:89129/1‑300 (MQ=255) | GGGTGTCATCTTTGGAACCGAGATACAGAATTTTGTGCCTGACTCGCTTCTCCAGCATGGTACACACCATGTCAAAAGCGGCCTGCCGATTATCAAAACCGACCTCCATATCCAGCCGTTCTCCCTGTACATCCATCAATTCCACGACCGGAATGGTGGCTGAACGCAGAAATTTCACCGTCCTGATGGTGTGATATTTTTCCGAAAGTATAATCCCGTCAATGTTATAAGAGAGCAGGTTAATCACCGACTCTTCTTCGGAATCGCGATCGTAATTGTAATTAGCAATAAGGGTCTGATAATTATGCTCAGAGGTGACGGATTCTATTCCCGCGAGAATGTCAGCGAAGAGTTGATTTTGAAATGACGGAATCAAGATACCGAGGGTATAACTTTGTGCATTCAACAACATGCCGGGAGCGCGATTAGGGATATAATTGATCTCTTCCATAATTTTGGCGATGCGCTCGCCTGTTTCCTTTGCCACCTTTTTCGGCGAGCGGATATAACGACTCACGGTCATTTTTGTTACGCCAGCCAGCGTAGCGATATCCTGTAAAGAAATTCTGTGATTGCGCATAACTTCT > NC_000913/4490560‑4491146 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |