| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,947,818 | G→A | R50R (CGC→CGT) | hdfR ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator HdfR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,947,818 | 0 | G | A | 98.8% | 604.3 / NA | 166 | R50R (CGC→CGT) | hdfR | DNA‑binding transcriptional dual regulator HdfR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base A (80/83); total (81/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
AGTGGTAATAAGAAGATCAAGCTGGCGTTCATGCAGCTGTTTTACCAGAGACTGCCGTTGGGCAATTCGCGCTTCGAACTGTAAGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATACAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCATAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGGCGGGTGAAAAGGTTCACACCCAGTTGATTTTCCAGTTGTCTGATTCGAAAGCTCACTGCTGACTGGGTCAGATAGAGCGATTCAGCCGCTCGACCAAAGTGACGCGTTCGGCTAACTTCCAGGAAAGTTTTTAACAATTCCGTATCCACAGTGCTCTCCGCAAAATTATTTGTCGTTATGATTTAAATGTTTTGTTTTACACTCTGTCAAGCGTAACTAATACTCCGCGCCATAACTAGCTCGGTCAAAGAATTAGGAGCGTGCAGGATGGCGGAAAGCTTTACGACGAC > NC_000913/3947524‑3948108 | gTGGTAATAAGAAGATCAAGCTGGCGTTCATGCAGCTGTTTTACCAGAGACTGCCGTTGGGCAATTCGCGCTTCGAACTGTAAGCCTGTATGGGCATCCTGATTTTGATCCAAGCGTCCCAGCCACTGATTAAGCATACATTCCCACAACGAGGCGCTGGCACCGATAGAAAACTCGTTATGTCGTGAGGTATGCGCCACCTCCTTACGGGCGGCCTGCCAGGTGCTCATGAGCGTTTCTGCGTAAGGCAGTAGTTTTTCACCGGCAGCGGTTAAACGGATATTGTTTCTGTGACGGGTg > 1:145598/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |