| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 1,001,023 | 0 | A | . | 65.3% | 126.6 / 198.3 | 101 | coding (1808/2601 nt) | elfC | putative fimbrial usher protein ElfC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (10/25); new base . (24/42); total (34/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.39e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
ACGTGGCAAACTGCAGGTCAATATCTCCCAGCAATTAGGCGAGTACGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACACGCAAATTAAAGATCTTTCGCTGGGGATTTCCTGGAACTACAGTAAGTCCCGTGGTCAACCTGATGCTGATCAGGTGTTTGCTCTAAATTTTTCCCTGCCGCTCAATCTGTTGCTCCCCAGAAGTAATGATAGCTATACCAGGAAAAAAAATTACGCCTGGATGACCTCTAACACCAGTATCGATAACGAAGGGCACACTACACAAAACCTGGGTTTAACGGAGACATTACTCGATGACGGTAACCTGAGCTACAGCGTGCAACAGGGATATAACAGCGAGGGGAAAACGGCTAATGGTAGCGCCAGCATGGATTACAAAGGGGCGTTTGCGGATGCCCGAGTGGGCTACAACTACAGCGATAACGGCAGTCAACAACAACTGAACTACGCTCTTTCAGGCAGTTTAGTTGCCCATTCACAGGGCATTACCCTGGGGCAATC > NC_000913/1000745‑1001314 | aCGTGGCAAACTGCAGGTCAATATCTCCCAGCAATTAGGCGAGTACGGGTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACNGTTTGGCTACAACACGCAAATTAAAGATCTTTCGCTGGGGATTTCCTGGAACTACAGTAATNCCCGTGGTCAACCTGATGCTGATCAGGTGTTTGCTCTAAATTTTTCCCTGCCGCTCAATCTGTTGCTCCCCAGAAGTAATGATAGCTATACCAGGAAAAAAA‑TTACGCCTGGATGACCTCTAac < 2:645794/300‑1 (MQ=255) 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cAGCAATTAGGCGAGTACGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACACGCAAATTAAAGATCTTTCGCTGGGGATTTCCTGGAACTACAGTAAGTCCCGTGGTCAACCTGATGCTGATCAGGTGTTTGCTCTAAATTTTTCCCTGCCGCTCAATCTGTTGCTCCCCAGAAGTAATGATAGCTATACCAGGAAAAAAAATTACGCCTGGATGACCTCTAACACCAGTATCGATAACGAAGGGCACACt < 1:111609/300‑1 (MQ=255) aaTTAGGCGAGTACGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACACGCAAATTAAAGATCTTTCGCTGGGGATTTCCTGGAACTACAGTAAGTCCCGTGGTCAACCTGATGCTGATCAGGTGTTTGCTCTAAATTTTTCCCTGCCGCTCAATCTGTTGCTCCCCAGAAGTAATGATAGCTATACCAGGAAAAAAAATTACGCCTGGATGACCTCTAACACCAGTATCGATAACGAAGGGCACACTacac < 1:183924/300‑1 (MQ=255) aaTTAGGCGAGTACGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACACGCAAATTAAAGATCTTTCGCTGGGGATTTCCTGGAACTACAGTAAGTCCCGTGGTCAACCTGATGCTGATCAGGTGTTTGCTCTAAATTTTTCCCTGCCGCTCAATCTGTTGCTCCCCAGAAGTAATGATAGCTATACCAGGAAAAAAAATTACGCCTGGATGACCTCTAACACCAGTATAGATAACGAAGTGCACACTacac < 1:69192/300‑1 (MQ=255) 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ACGTGGCAAACTGCAGGTCAATATCTCCCAGCAATTAGGCGAGTACGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACACGCAAATTAAAGATCTTTCGCTGGGGATTTCCTGGAACTACAGTAAGTCCCGTGGTCAACCTGATGCTGATCAGGTGTTTGCTCTAAATTTTTCCCTGCCGCTCAATCTGTTGCTCCCCAGAAGTAATGATAGCTATACCAGGAAAAAAAATTACGCCTGGATGACCTCTAACACCAGTATCGATAACGAAGGGCACACTACACAAAACCTGGGTTTAACGGAGACATTACTCGATGACGGTAACCTGAGCTACAGCGTGCAACAGGGATATAACAGCGAGGGGAAAACGGCTAATGGTAGCGCCAGCATGGATTACAAAGGGGCGTTTGCGGATGCCCGAGTGGGCTACAACTACAGCGATAACGGCAGTCAACAACAACTGAACTACGCTCTTTCAGGCAGTTTAGTTGCCCATTCACAGGGCATTACCCTGGGGCAATC > NC_000913/1000745‑1001314 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |