| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 2,317,491 | IS2 (–) +5 bp | coding (2382‑2386/2850 nt) | rcsC ← | histidine kinase RcsC |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1651548 | NA (NA) | 84 (0.830) | 59/598 | 0.4 | 86.4% | noncoding (706/706 nt) | IS2 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 2317495 | 13 (0.130) | coding (2382/2850 nt) | rcsC | histidine kinase RcsC | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 2070271 | NA (NA) | 67 (0.660) | 50/598 | 0.6 | 83.5% | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 2317491 = | 13 (0.130) | coding (2386/2850 nt) | rcsC | histidine kinase RcsC | |||||
TGTTGGGACTTGAACCGAAGAACACGGCGGTGCGGAGTCCGGAGAGTAACGGAATAGCAGAGAGCTTCGTGAAAACGATAAAGCGTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCAGAGGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1651272‑1651548‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTTGGCGCGTATTTATTTGATCGAGATGGAGAGCGACGATCCTGCTAACGCTCTGCCGTCAACGGACAAAGCGGTCAGCGATAATGACGATATGATGATTCTGGTCGTGGATGATCATCCGATTAACCGGCGTTTGCTGGCAGATCAGTTGGGATCGTTGGGCTATCAATGTAAAACCGCGAATGATGGCGTCGATGCGCTTAATGTACTTAGCAAGAATCATATTGATATCGTGCTTAGCGACGTCAACATGCCAAATATGGATGGTTACCGCTTGACGCAACGCATTCGTCAGT < NC_000913/2317495‑2317200 TGTTGGGACTTGAACCGAAGAACACGGCGGTGCGGAGTCCGGAGAGTAACGGAATAGCAGAGAGCTTCGTGAAAACGATAAAGCGTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCAGAGGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGACATATAGGGGCAAATCCAGTTGGCGCGTATTTATGTGATCG > 2:687022/1‑300 GTTGGGACTTGAACCGAAGAACACGGCGGTGCGGAGTCCGGAGAGTAACGGAATAGCAGAGAGCTTCGTGAAAACGATAAAGCGTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCAGAGGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTGGCGCGTATTTATTTGATCGA > 1:758653/1‑300 GTTGGGACTTGAACCGAAGAACACGGCGGTGCGGAGTCCGGAGAGTAACGGAATAGCAGAGAGCTTAGTGAAAACGATAAAGCGTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCAGAGGCGTTCGAGTATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTGGCGCGTATTTATTTGATCGA > 2:95967/1‑300 GACTTGAACCGAAGAACACGGCGGTGCGGAGTCCGGAGAGTAACGGAATAGCAGAGAGCTTCGTGAAAACGATAAAGCGTGACTACATCAGTATCATGCCCAAACCAGACGGGTTAACGGCAGCAAAGAACCTTGCAGAGGCGTTCGAGCATTATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTGGCGCGTATTTATTTGATCGAGATGG > 1:328620/1‑300 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ATAACGAATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTGGCGCGTATTTATTTGATCGAGATGGAGAGCGACGATCCTGCTAACGCTCTGCCGTCAACGGACAAAGCGGTCAGCGATAATGACGATATGATGATTCTGGTCGTGGATGATCATCCGATTAACCGGCGTTTGCTGGCAGATCAGTTGGGATCGTTGGGCTATCAATGTAAAACCGCGA > 1:614430/1‑300 AATGGCATCCGCCTAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTGGCGCGTATTTATTTGATCGAGATGGAGAGCGACGATCCTGCTAACGCTCTGCCGTCAACGGACAAAGCGGTCAGCGATAATGACGATATGATGATTCTGGTCGTGGATGATCATCCGATTAACCGGCGTTTGCTGGCAGATCAGTTGGGATCGTTGGGCTATCAATGTAAAACCGCGAATGATG > 2:488873/1‑300 ATGGCATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTGGCGCGTATTTATTTGATCGAGATGGAGAGCGACGATCCTGCTAACGCTCTGCCGTCAACGGAAAAAGCGGTCAGCGATAATGACGATATGATGATTCTGGTCGTGGATGATCATCCGATTAACCGGCGTTTGCTGGCAGATCAGTTGGGATCGTTGGGCTATCAATGTAAAACCGCGAATGATGG < 1:488400/300‑1 CATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATTGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTGGCGCGTATTTATTTGATCGAGATGGAGAGCGACGATCCTGCTAACGCTCTGCCGTCAACGGACAAAGCGGTCAGCGATAATGACGATATGATGATTCTGGTCGTGGATGATCATCCGATTAACCGGCGTTTGCTGGTAGATCAGTTGGGATCGTTGGGCTATCAATGTAAAACCGCGAATGATGGCGTC > 2:286937/1‑300 CATCCGCATAGTGCGCTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTGGCGCGTATTTATTTGATCGAGATGGAGAGCGACGATCCTGCTAACGCTCTGCCGTCAACGGACAAAGCGGTCAGCGATAATGACGATATGATGATTCTGGTCGTGGATGATCATCCGATTAACCGGCGTTTGCTGGCAGATCAGTTGGGATCGTTGGGCTATCAATGTAAAACCGCGAATGATGGCGTC > 1:104750/1‑300 CGCATAGTGCGTTGGGTTATCGCTCGCCACGGGAATATCTGCGGCAGCGGGCTTGTAATGGGTTAATTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAACCCAGTTGGCGCGTATTTATTTGATCGAGATGGAGAGCGACGATCCTGCTAACGCTCTGCCGTCAACGGACAAAGCGGTCAGCGATAATGACGATATGATGATTCTGGTCGTGGATGATCATCCGATTAACCGGCGTTTGCTGGCAGATCAGTTGGGATCGTTGGGCTATCAATGTAAAACCGCGAATGATGGCGTCGATG < 1:202510/300‑1 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AAGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTGGCGCGTATTTATTTGATCGAGATGGAGAGCGACGATCCTGCTAACGCTCTGCCGTCAACGGACAAAGCGGTCAGCGATAATGACGATATGATGATTCTGGTCGTGGATGATCATCCGATTAACCGGCGTTTGCTGGCAGATCAGTTGGGATCGTTGGGCTATCAATGTAAAACCGCGAATGATGGCGTCGATGCGCTTAATGTACTTAGCAAGAATCATATTGATATCGTGCTTAGCGACGTCAACATGCCAAATAT < 1:376382/300‑1 AGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTGGCGCGTATTTATTTGATCGAGATGGAGAGCGACGATCCTGCTAACGCTCTGCCGTCAACGGACAAAGCGGTCAGCGATAATGACGATATGATGATTCTGGTCGTGGATGATCATCCGATTAACCGGCGTTTGCTGGCAGATCAGTTGGGATCGTTGGGCTATCAATGTCAACCCGCGAATGATGGCGTCGATGCGCTTAATGTACTTAGCAAGAATCATATTGATATCGTGCTTAGCGACGTCAACATGCCAAATATG > 2:442593/1‑300 AGTGATAACAGATGTCTGGAAATATAGGGGCAAATCCAGTTGGCGCGTATTTATTTGATCGAGATGGAGAGCGACGATCCTGCTAACGCTCTGCCGTCAACGGACAAAGCGGTCAGCGATAATGACGATATGATGATTCTGGTCGTGGATGATCATCCGATTAACCGGCGTTTGCTGGCAGATCAGTTGGGATCGTTGGGCTATCAATGTAAAACCGCGAATGATGGCGTCGATGCGCTTAATGTACTTAGCAAGAATCATATTGATATCGTGCTTAGCGACGTCAACATGCCAAATATG > 2:769847/1‑300 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NC_000913/1651272‑1651548‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTTGGCGCGTATTTATTTGATCGAGATGGAGAGCGACGATCCTGCTAACGCTCTGCCGTCAACGGACAAAGCGGTCAGCGATAATGACGATATGATGATTCTGGTCGTGGATGATCATCCGATTAACCGGCGTTTGCTGGCAGATCAGTTGGGATCGTTGGGCTATCAATGTAAAACCGCGAATGATGGCGTCGATGCGCTTAATGTACTTAGCAAGAATCATATTGATATCGTGCTTAGCGACGTCAACATGCCAAATATGGATGGTTACCGCTTGACGCAACGCATTCGTCAGT < NC_000913/2317495‑2317200 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |