| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,799,792 | C→T | intergenic (‑43/+10) | rplT ← / ← rpmI | 50S ribosomal subunit protein L20/50S ribosomal subunit protein L35 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,799,792 | 0 | C | T | 99.0% | 353.9 / NA | 100 | intergenic (‑43/+10) | rplT/rpmI | 50S ribosomal subunit protein L20/50S ribosomal subunit protein L35 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (47/52); minor base G (0/1); total (47/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGATGAATTTGCTGTAAGAAATACCGTTCTGACGTGCTGCTGCGTTGATACGCGCAATCCACAGTTGACGGAACTGACGCTTACGTTGACGACGGTCACGGTAAGCATACTGACCAGCTTTGATAACAGCCTGGAAGGCAACGCGGTATACGCGAGAACGCGCACCGTAGTAGCCTTTAGCTTGTTTCAAAATTTTCTTGTGACGTGCACGTGCAATAACACCACGTTTTACGCGAGCCATATGTGCTCTCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTTAATAACTTCCACTTCGCATTGTTAATAAACGAAACAAAGGCGAACAAAGCCTGTGAAGCCCGAAGGCTCCACAGACAGTGCT > NC_000913/1799509‑1800084 | tgatgaATTTGCTGTAAGAAATACCGTTCTGACGTGCTGCTGCGTTGATACGCGCAATCCACAGTTGACGGAACTGACGCTTACGTTGACGACGGTCACGGTAAGCATACTGACCAGCTTTGATAACAGCCTGGAAGGCAACGCGGTATACGCGAGAACGCGCACCGTAGTAGCCTTTAGCTTGTTTCAAAATTTTCTTGTGACGTGCACGTGCAATAACACCACGTTTTACGCGAGCCATATGTGCTCTCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAATGTTAACGGCTTATGCg < 1:494358/300‑1 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TGATGAATTTGCTGTAAGAAATACCGTTCTGACGTGCTGCTGCGTTGATACGCGCAATCCACAGTTGACGGAACTGACGCTTACGTTGACGACGGTCACGGTAAGCATACTGACCAGCTTTGATAACAGCCTGGAAGGCAACGCGGTATACGCGAGAACGCGCACCGTAGTAGCCTTTAGCTTGTTTCAAAATTTTCTTGTGACGTGCACGTGCAATAACACCACGTTTTACGCGAGCCATATGTGCTCTCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTTAATAACTTCCACTTCGCATTGTTAATAAACGAAACAAAGGCGAACAAAGCCTGTGAAGCCCGAAGGCTCCACAGACAGTGCT > NC_000913/1799509‑1800084 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |