| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 582,597 | C→T | intergenic (+500/‑278) | tfaD → / → tfaX | putative tail fiber assembly protein TfaD/protein TfaX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 582,597 | 0 | C | T | 99.4% | 596.2 / NA | 172 | intergenic (+500/‑278) | tfaD/tfaX | putative tail fiber assembly protein TfaD/protein TfaX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (93/78); total (93/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
TTTTGACCGAAGCTATTGTGCACAACTCCATCGCCAAGAATTGTGGCTCCGTATAGAGTTCCATCGTCAGTTAAGGCCTGCGCCGCATTGCGTATTACACAGCTTTTTGTAGATATATTTCCAGGCAGGCAGTGAAGAAGGTAAGACATGGAAATGGAATCAAATTGACCATGTAACGCCGCGGGATAAGGTTCAAAAACATCATGGCTAATTTTATGTTTAATTTTTGATTCCCCAGCCCTTGTAGATGCCGCGTTCAGGCTAGCTTCGTTCAAATCCATTAAAGATATCAGACTACTCTCAGGTACGTGAGTAAGGTAAAACCCAGTTCCAACACCAATATCCAGATGGTTGTTACCTAAATGTTCCAGAAAGTGTGGAAGAAGGTGTTCCTTTGTAGGACATCCCCATGCAAGCCGATTTGATACTCCCAAAACCCACCAGTCATAAAGCTTTAGGGTAAGTGGTGTGTAAATTCTAGCCCCATCATCTGTGTTTTTTTATTAATTTCACCATGTTATAGTTTTATTTGTGAATTAAATCAATTATGGCAATGAATTACAAGGGGTTAAATGCTGCCGCAGCAT > NC_000913/582303‑582889 | ttttGACCGAAGCTATTGTGCACAACTCCATCGCCAAGAATTGTGGCTCCGTATAGAGTTCCATCGTCAGTTAAGGCCTGCGCCGCATTGCGTATTACACAGCTTTTTGTAGATATATTTCCAGGCAGGCAGTGAAGAAGGTAAGACATGGAAATGGAATCAAATTGACCATGTAACGCCGCGGGATAAGGTTCAAAAACATCATGGCTAATTTTATGTTTAATTTTTGATTCCCCAGCCCTTGTAGATGCCGCGTTCAGGCTAGCTTCGTTCAAATCCATTAAAGATATCAGATTActc < 1:186515/300‑1 (MQ=255) 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aaaGATATCAGATTACTCTCAGGTACGTGAGTAAGGTAAAACCCAGTTCCAACACCAATATCCAGATGGTTGTTACCTAAATGTTCCAGAAAGTGTGGAAGAAGGTGTTCCTTTGTAGGACATCCCCATGCAAGCCGATTTGATACTCCCAAAACCCACCAGTCATAAAGCTTTAGGGTAAGTGGTGTGTAAATTCTAGCCCCATCATCTGTGTTTTTTTATTAATTTCACCATGTTATAGTTTTATTTGTGAATTAAATCAATTATGGCAATGAATTACAAGGGGTTAAATGTTGCCgc > 2:135504/1‑300 (MQ=255) tatCAGATTACTCTCAGGTACGTGAGTAAGGTAAAACCCAGTTCCAACACCAATATCCAGATGGTTGTTACCTAAATGTTCCAGAAAGTGTGGAAGAAGGTGTTCCTTTGTAGGACATCCCCATGCAAGCCGATTTGATACTCCCAAAACCCACCAGTCATAAAGCTTTAGGGTAAGTGGTGTGTAAATTCTAGCCCCATCATCTGTGTTTTTTTATTAATTTCACCATGTTATAGTTTTATTTGTGAATTAAATCAATTATGGCAATGAATTACAAGGGGTTAAATGCTGCCGCAGCAt < 1:583467/300‑1 (MQ=255) tatCAGACTACTCTCGGGTACGTGATTAAGGTAAAACCCAGTCCCAACACCAATATCCAGATGTTTGTTACCTAAATGTTCCAGAAAGTGTGGAAGAAGGTGTTCCTTTGTAGGACATCCCCATGCAAGCCGATTTGATACTCCCAAAACCCACCAGTCATAAAGCTTTAGGGTAAGTGGTGTGTAAATTCTAGCCCCATCATCTGTGTTTTTTTATTAATTTCACCATGTTATAGTTTTATTTGTGAATTAAATCAATTATGGCAATGAATTACAAGGGGTTAAATGCTGCCGCAGCAt < 2:312437/300‑1 (MQ=255) | TTTTGACCGAAGCTATTGTGCACAACTCCATCGCCAAGAATTGTGGCTCCGTATAGAGTTCCATCGTCAGTTAAGGCCTGCGCCGCATTGCGTATTACACAGCTTTTTGTAGATATATTTCCAGGCAGGCAGTGAAGAAGGTAAGACATGGAAATGGAATCAAATTGACCATGTAACGCCGCGGGATAAGGTTCAAAAACATCATGGCTAATTTTATGTTTAATTTTTGATTCCCCAGCCCTTGTAGATGCCGCGTTCAGGCTAGCTTCGTTCAAATCCATTAAAGATATCAGACTACTCTCAGGTACGTGAGTAAGGTAAAACCCAGTTCCAACACCAATATCCAGATGGTTGTTACCTAAATGTTCCAGAAAGTGTGGAAGAAGGTGTTCCTTTGTAGGACATCCCCATGCAAGCCGATTTGATACTCCCAAAACCCACCAGTCATAAAGCTTTAGGGTAAGTGGTGTGTAAATTCTAGCCCCATCATCTGTGTTTTTTTATTAATTTCACCATGTTATAGTTTTATTTGTGAATTAAATCAATTATGGCAATGAATTACAAGGGGTTAAATGCTGCCGCAGCAT > NC_000913/582303‑582889 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |