Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,452,986 | C→T | A139V (GCC→GTC) | ytfT → | galactofuranose ABC transporter putative membrane subunit YtfT |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,452,986 | 0 | C | T | 99.0% | 349.4 / NA | 98 | A139V (GCC→GTC) | ytfT | galactofuranose ABC transporter putative membrane subunit YtfT |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (49/48); minor base G (0/1); total (49/49) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCGGTGGGATTGATCTCTCCGTAGGGGCGGTGATGGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGACGGTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGAAGCCGTTGGTATCAACATTCGGGCGGCAAAAAATGCCGGGGTAAACACGCGAATCATCGTCATGCTCACTTATGTGTTGAGCGGGCTGTGTGCG > NC_000913/4452692‑4453281 | aTTTCTGGCAGTTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCGGTGGGATTGATCTCTCCTTATGGGCGGTGATGGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGACGGTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCTGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGTCActc < 1:124711/300‑1 (MQ=255) aTTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGTCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCGGTGGGATTGATCTCTCCGTAGGGGCGGTGATGGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGACGGTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGTCActc < 1:124725/300‑1 (MQ=255) ggCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACNGGTGGGATTGATCTCTCCGTAGGGGCGGTGATGGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGACGGTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGTCACTCTGATcc < 1:626609/300‑1 (MQ=255) ggtggtGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCGGTGGGATTGATCTCTCCGTAGGGGCGGTGATTGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGACGGTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGTCACTCTGATCCTGAt < 1:854724/300‑1 (MQ=255) gtgCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCGGTGGGATTGATCTCTCCGTAGGGGCGGTGATGGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGACGGTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGTCACTCTGATCCTGATGGTc > 2:419033/1‑300 (MQ=255) gCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCGGTGGGATTGATCTCTCCGTAGGGGCGGTGATGGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGACGGTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGTCACTCTGCTCCTGATGGTCGc > 2:307866/1‑300 (MQ=255) gCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCGGTGGGATTGATCTCTCCGTAGGGGCGGTGATGGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGACGGTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGTCACTCTGATCCTGATGGTCGc > 2:809194/1‑300 (MQ=255) ggATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCGGTGGGATTGATCTCTCCGTAGGGGCGGTGATGGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGACGGTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGTCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGgcg > 1:377031/1‑300 (MQ=255) gTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCGGTGGGATTGATCTCTACGTAGGGGCGGTGATGGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGACGGTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGTCACTCTGATCCTGATGGTCGCAGGGCGCGGCGTGGCGCa > 1:337865/1‑300 (MQ=255) ggTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCGTTGGGATTGATCTCTCCGTAGGGGCGGTGATGGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGACGGTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGTCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAAcgg < 1:881449/300‑3 (MQ=255) gCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCGGTGGGATTGATCTCTCCGTAGGGGCGGTGATGGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGACGGTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATATTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGTCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCa > 2:313776/1‑300 (MQ=255) gCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCGGTGGGATTGATCTCTCCGTAGGGGCGGTGATGGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGACGGTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAACTTCAGCCGTTTGTCGTCACTCTGCTCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCa > 1:741416/1‑300 (MQ=255) gCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCGGTGGGATTGATCTCTAAGTAGGGGCGGTGATGGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGACGGTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGTCAATCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCa > 2:238866/1‑300 (MQ=255) 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cATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCGGTGGGATTGATCTCTCCGTAGGGGCGGTGATGGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGACGGTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGTCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCa > 1:417008/1‑300 (MQ=255) aTTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCGGTGGGATTGATCTCTCCGTAGGGGCGGTGATGGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGACGGTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGTCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGCTCACCGCCGGGCAg > 1:895824/1‑300 (MQ=255) cTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCGGTGGGATTGATCTCTCCGTAGGGGCGGTGATGGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGACGGTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGTCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATc < 1:818632/300‑1 (MQ=255) gCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCGGTGGGATTGATCTCTCCGTAGGGGCGGTGATGGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGACGGTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGTCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGttt < 1:287412/300‑1 (MQ=255) gCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCGGTGGGATTGATCTCTCCGTAGGGGCGGTGATGGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGACGGTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGTCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAAc > 1:230101/1‑300 (MQ=255) cGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCGGTGGGATTGATCTCTCCGTAGGGGCGGTGATGGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGACGGTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGTCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGt < 1:722558/300‑1 (MQ=255) cATGACGCTGGTGATCGCCACCGGTGGGATTGATCTCTCCGTAGGGGCGGTGATGGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGACGGTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGTCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAg < 1:223356/300‑1 (MQ=255) cGCTGGTGATCGCCACCGGTGGGATTGATCTCTCCGTAGGGGCGGTGATGGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGACGGTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGTCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGAt < 1:16869/300‑1 (MQ=255) cGCTGGTGATCGCCAACGGTGGGATTGATCTCTAAGTAGGGGCGGTGATGGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGACGGTCGCGGGATTCAGCCTGCAGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGTCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGCTCAACGCAGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCACCGGGTCTCTCATGGTTCGGCAGTGGAt > 2:176600/1‑300 (MQ=255) aTCGCCACCGGTGGGATTGATCTCTCCGTAGGGGCGGTGATGGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGACGGTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGTCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCAGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGCTCGCtgttg > 2:841320/1‑300 (MQ=255) cGGTGGGATTGATCTCTCCGTAGGTGCGGTGATGGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGACGGTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGTCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGcc < 1:480070/300‑1 (MQ=255) ggATTGATCTCTCCGTAGGGGCGGTGATGGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGACGGTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGTCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGc > 1:584233/1‑300 (MQ=255) 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tGTCGTCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGAAGCCGTTGGTATCAACATTCGGGCGGCAAAAAATGCCGGGGTAAACACGCGAATCATCGTCATGCTCACTTATGTGTTGAGCGGGCTGTGTgc < 2:451104/300‑1 (MQ=255) gtcgtcACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGAAGCCGTTGGTATCAACATTCGGGCGGCAAAAAATGCCGGGGTAAACACGCGAATCATCGTCATGCTCACTTATGTGTTGAGCGGGCTGTGTgcg > 1:60474/1‑300 (MQ=255) | ATTTCTGGCAGGTGGTGCTTCAGGATGGGCGTTTGTTCGGTAGCCCCATAGACATTCTTAACCGTGCAGCTCCCGTTGCGTTACTGGCGATTGGCATGACGCTGGTGATCGCCACCGGTGGGATTGATCTCTCCGTAGGGGCGGTGATGGCTATCGCCGGAGCCACAACGGCTGCGATGACGGTCGCGGGATTCAGCCTGCCGATTGTTTTGTTAAGCGCCCTGGGCACCGGCATCCTGGCGGGATTGTGGAACGGCATACTGGTAGCGATCCTCAAAATTCAGCCGTTTGTCGCCACTCTGATCCTGATGGTCGCCGGGCGCGGCGTGGCGCAACTGATCACCGCCGGGCAGATCGTCACGTTTAACTCGCCGGATCTCTCATGGTTCGGCAGTGGATCGCTGTTGTTCCTGCCAACGCCGGTCATTATCGCGGTGCTGACGCTTATCCTGTTCTGGCTGTTGACCCGCAAAACGGCGCTGGGGATGTTTATCGAAGCCGTTGGTATCAACATTCGGGCGGCAAAAAATGCCGGGGTAAACACGCGAATCATCGTCATGCTCACTTATGTGTTGAGCGGGCTGTGTGCG > NC_000913/4452692‑4453281 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |