| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,906,597 | C→T | intergenic (‑30/+256) | bglG ← / ← phoU | transcriptional antiterminator BglG/negative regulator of the pho regulon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,906,597 | 0 | C | T | 98.8% | 585.9 / NA | 162 | intergenic (‑30/+256) | bglG/phoU | transcriptional antiterminator BglG/negative regulator of the pho regulon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base T (103/56); total (105/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
TCCCAAGCGCTCCTGCGCTAAAGAGATAATACGATCACAGGTTGCCATCACCTCAAGAGGAATATGACTTAAGAGTTCGCTTAATCGCCCGTTCAGTTCATGACTGCTCAAGGCATACTCTTTTTCTATTCCACTTGAGTTAATTCTTTCGCCAGCGCGTTTTTGAAAGCCAATTCCGCGCCCCATGACGACTTTTTCCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAATTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGC > NC_000913/3906304‑3906892 | tCCCAAGCGCTCCTGCGCTAAAGAGATAATACGATCACAGGTTGCCATCACCTCAAGAGGAATATGACTTAAGAGTTCGCTTAATCGCCCGTTCAGTTCATGACTGCTCAAGGCATACTCTTTTTCTATTCCACTTGAGTTAATTCTTTCGCCAGCGCGTTTTTGAAAGCCAATTCCGCGCCCCATGACGACTTTTTCCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAATCCGACt < 1:382900/300‑1 (MQ=255) cTCCTGCGCTAAAGAGATAATACGATCACAGGTTGCCATCACCTCAAGAGGAATATGACTTAAGAGTTCGCTTAATCGCCCGTTCAGTTCATGACTGCTCAAGGCATACTCTTTTTCTATTCCACTTGAGTTAATTCTTTCGCCAGCGCGTTTTTGAAAGCCAATTCNGCGCCACATGACGACTTTTTCCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAATCCGACTTCAACAGTa > 2:225492/1‑300 (MQ=255) cTCCTGCGCTAAAGAGATAATACGATCACAGGTTGCCATCACCTCAAGAGGAATATGACTTAAGAGTTCGCTTAATCGCCCGTTCAGTTCATGACTGCTCAAGGCATACTCTTTTTCTATTCCACTTGAGTTAATTCTTTCGCCAGCGCGTTTTTGAAAGCCAATTCCGCGCCCCATGACGACTTTTTCCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAATCCGACTTCAACAGTa > 1:133286/1‑300 (MQ=255) cTGCGCTAAAGAGATAATACGATCACAGGTTGCCATCACCTCAAGAGGAATATGACTTAAGAGTTCGCTTAATCGCCCGTTCAGTTCATGACTGCTCAAGGCATACTCTTTTTCTATTCCACTTGAGTTAATTCTTTCGCCAGCGCGTTTTTGAAAGCCAATTCCGCGCCCCATGACGACTTTTTCCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAATCCGACTTCACCAGTATtc < 1:17001/300‑1 (MQ=255) 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TCCCAAGCGCTCCTGCGCTAAAGAGATAATACGATCACAGGTTGCCATCACCTCAAGAGGAATATGACTTAAGAGTTCGCTTAATCGCCCGTTCAGTTCATGACTGCTCAAGGCATACTCTTTTTCTATTCCACTTGAGTTAATTCTTTCGCCAGCGCGTTTTTGAAAGCCAATTCCGCGCCCCATGACGACTTTTTCCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAATTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGC > NC_000913/3906304‑3906892 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |