| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 414,163 | G→A | R531* (CGA→TGA) | sbcC ← | ATP‑dependent structure‑specific DNA nuclease ‑ SbcC subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 414,163 | 0 | G | A | 99.1% | 383.5 / NA | 105 | R531* (CGA→TGA) | sbcC | ATP‑dependent structure‑specific DNA nuclease ‑ SbcC subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (44/60); minor base C (1/0); total (45/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
TTATGCGCGGCAATCTGCCCTTGTAATTCATGCCGTTGGCTGAGTAACCGCAGCTGGCGTTCGTGCTCATCTTGTGCATCCAGCCACGGTTGAATATCGTCCAGTGGCTGCAAGGTGATATTGAGGCTGGCCGTGACGGCTTGCCATTGTTGAGTAAGTGCTTGCTCATCTTGTCGGAGGCTTTGCGCTTCGTTTTCATCACGCTGAAGCTGCTTTGTTATGGCGTCCAGTTGCCCACGTAGCGTCGCACCTTCTTCACCGAGCTTTTTAACTTCGTTTTCCAGCGCCAGTAATCGAGACTGATTAACGCCAGGCTCCAGCGCCTGATACGCCTCGACCGCCGGGTGGCTGGTGGAACCACAAAGTGGGCAAGGCTGACCCGCCTGTAACTGTGCACGTTGAGCTTCCAGCGTTTTGATGCGCGCTTCCTGCTCGCAAATGGTTTTCACATCGGCAAGTTGCTGCGTCTTTTCTTTATAACGCTGGCGCATTTCGTTAAGTGCGGCGTTACGTTGCGTCTGTTCTTGCGTGACATTCTGGATAGCGACCTGTAACTGCGCCAGACGTTTTTGTTGGGGAACAATCTGTCCA > NC_000913/413868‑414458 | ttATGCGCGGCAATCTGCCCTTGTAATTCATGCCGTTGGCTGAGTAACCGCAGCTGGCGTTCGTGCTCATCTTGTGCATCCAGCCACGGTTGAATATCGTCCAGTGGCTNCAAGGTGATATTGAGGCTGGCCGTGACGGCTTGCCATTGTTGAGTAAGTGCTTGCTCATCTTGTCGTAGGCTTTGCGCTTCGTTTTCATCACGCTGAAGCTGCTTTGTTATGGCGTCCAGTTGCCCACGTAGCGTCGCACCTTCTTCACCGAGCTTTTTAACTTCGTTTTCCAGCGCCAGTAATCAAGAc < 1:635921/300‑1 (MQ=255)ttATGCGCGGCAATCTGCCCTTGTAATTCATGCCGTTGGCTGAGTAACCGCAGCTGGCGTTCGTGCTCATCTTGTGCATCCAGCCACGGTTGAATATCGTCCAGTGGCTGCAAGGTGATATTGAGGCTGGCCNTGACGGCTTGCCATTGTTGAGTAAGTGCTTGCTCATCTTGTCGGAGGCTTTGCGCTTCGTTTTCATCACGCTGAAGCTGCTTTGTTATGGCGTCCAGTTGCCCACGTAGCGTCGCACCTTCTTCACCGAGCTTTTTAACTTCGTTTTCCAGCGCCAGTAATCAAGAc < 2:219429/300‑1 (MQ=255)ttATGCGCGGCAATCTGCCCTTGTAATTCATGCCGTTGGCTGAGTAACCGCAGCTGGCGTTCGTGCTCATCTTGTGCATCCAGCCACGGTTGAATATCGTCCAGTGGCTGCAAGGTGATATTGAGGCTGGCCGTGACGGCTTGCCATTGTTGAGTAAGTGCTTGCTCATCTTGTCGGAGGCTTTGCGCTTCGTTTTCATCACGCTGAAGCTGCTTTGTTATGGCGTCCAGTTGCCCACGTAGCGTCGCACCTTCTTCACCGAGCTTTTTAACTTCGTTTTCCAGCGCCAGTAATCAAGAc < 1:668215/300‑1 (MQ=255) cgGCAATCTGCCCTTGTAATTCATGCCGTTGGCTGAGTAACCGCAGCTGGCGTTCGTGCTCATCTTGTGCATCCAGCCACGGTTGAATATCGTCCAGTGGCTGCAAGGTGATATTGAGGCTGGCCGTGACGGCTTGCCATTGTTGAGTAAGTGCTTGCTCATCTTGTCGGAGGCTTTGCGCTTCGTTTTCNTCACGCTGAAGCTGCTTTGTTATGGCGTCCAGTTGCCCACGTAGCGTCGCACCTTCTTCACCGAGCTTTTTAACTTCGTTTTCCAGCGCCAGTAATCAAGACTGATTaa > 1:639520/1‑300 (MQ=255) cAATCTNCCCTTGTAATTCATGCCGTTGGCTGAGTAACCGCAGCTGGCGTTCGTNCTCATCTTGTGCATCCAGCCACGGTTGAATATCGTCCAGTGGCTGCAAGGTGATATTGAGGCTGGCCGTGACGGCTTGCCATTGTTGAGTAAGTGCTTGCTCATCTTGTCGGAGGCTTTGCGCTTCGTTTTCATCACGCTGAAGCTGCTTTGTTATGGCGTCCAGTTGCCCACGTAGCGTCGCACCTTCTTCACCGAGCTTTTTAACTTCGTTTTCCAGCGCCAGTAATCAAGACTGATTAACGc < 2:726167/300‑1 (MQ=255) cAATCTGCCCTTTTAATTCATGCCGTTGGCTGAGTAACCGCAGCTGGCGTTCGTGCTCATCTTGTGCATCCAGCCACGGTTGAATATCGTCCATTGGCTGCAAGGTGATATTGAGGCTGGCCGTGACGGCTTGCCATTGTTGAGTAAGTGCTTGCTCATCTTGTCGGAGGCTTTGCGCTTCGTTTTCATCACGCTGAAGCTGCTTTGTTATGGCGTCCAGTTGCCCACGTAGCGTCGCACCTTCTTCACCGAGCTTTTTAACTTCGTTTTCCAGCGCCAGTAATCAAGACTGATTAACGc < 2:444013/300‑1 (MQ=255) cAATCTGCCCTTGTAATTCATGCCGTTGGCTGAGTAACCGCAGCTGGCGTTCGTGCTCATCTTGTGCATCCAGCCACGGTTGAATATCGTCCAGTGGCTGCAAGGTGATATTGAGGCTGGCCGTGACGGCTTGCCATTGTTGAGTAAGTGCTTGCTCATCTTGTCGTAGGCTTTGCGCTTCGTTTTCATCACGCTGAAGCTGCTTTGTTATGGCGTCCAGTTGCCCACGTAGCGTCGCACCTTCTTCACCGAGCTTTTTAACTTCGTTTTCCAGCGCCAGTAATCAAGACTGATTAACGc < 1:356352/300‑1 (MQ=255) 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cttcttCACCGAGCTTTTTAACTTCGTTTTCCAGCGCCAGTAATCAAGACTGATTAACGCCAGGCTCCAGCGCCTGATACGCCTCGACCGCCGGGTGGCTGGTGGAACCACAAAGTGGGCAAGGCTGACCCGCCTGTAACTGTGCACGTTGAGCTTCCAGCGTTTTGATGCGCGCTTCCTGCTCGCAAATGGTTTTCACATCGGCAAGTTGCTGCGTCTTTTCTTTATAACGCTGGCGCATTTCGTTAAGTGCGGCGTTACGTTGCGTCTGTTCTTGCGTGACATTCTGGATAGCGACCt > 1:787031/1‑300 (MQ=255) tcACCGAGCTTTTTAACTTCGTTTTCCAGCGCCAGTAATCAAGACTGATTAACGNCAGGCTCCAGCGCCTGATACGCCTCGACCGCCGGGTGGCTGGTGGAACCACAAAGTGGGCAAGGCTGACCCGCCTGTGACTGTGCACGTTGAGCTTCCAGCGTTTTGATGCGCGCTTCCTGCTCGCAAATGGTTTTCACATCGGCAAGTTGCTGCGTCTTTTCTTTATAACGCTGGCGCATTTCGTTAAGTGCGGCGTTACGTTGCGTCTGTTCTTGCGTGACATTCTGGATAGCGACCTGTAAc < 2:652084/300‑1 (MQ=255) tcACCGAGCTTTTTAACTTCGTTTTCCAGCGCCAGTAATCAAGACTGATTAACGCCAGGCTCCAGCGCCTGATACGCCTCGACCGCCGGGTGGCTGGTGGAACCACAAAGTGGGCAAGGCTGACCCGCCTGTAACTGTGCACGTTGAGCTTCCAGCGTTTTGATGCGCGCTTCCTGCTCGCAAATGGTTTTCACATCGGCAAGTTGCTGCGTCTTTTCTTTATAACGCTGGCGCATTTCGTTAAGTGCGGCGTTACGTTGCGTCTGTTCTTGCGTGACATTCTGGATAGCGACCTGTAAc < 1:306349/300‑1 (MQ=255) tcACCGAGCTTTTTAACTTCGTTTTCCAGCGCCAGTAATCAAGACTGATTAACGCCAGGCTCCAGCGCCTGATACGCCTCGACCGCCGGGTGGCTGGTGGAACCACAAAGTGGGCAAGGCTGACCCGCCTGTAACTGTGCACGTTGAGCTTCCAGCGTTTTGATGCGCGCTTCCTGCTCGCAAATGGTTTTCACATCGGCAAGTTGCTGCGTCTTTTCTTTATAACGCTGGCGCATTTCGTTAAGTGCGGCGTTACGTTGCGTCTGTTCTTGCGTGACATTCTGGATAGCGACCTGTAAc < 2:556491/300‑1 (MQ=255) tcACCGAGCTTTTTAACTTCGTTTTCCAGCGCCAGTAATCAAGACTGATTAACGCCAGGCTCCAGCGCCTGATACGCCTCGACCGCCGGGTGGCTGGTGGAACCACAAAATGGGCAAGGCTGACCCGCCTGTAACTGTGCACGTTGAGCTTCCAGCGTTTTGATGCGCGCTTCCTGCTCGCAAATGGTTTTCACATCGGCAAGTTGCTGCGTCTTTTCTTTATAACGCTGGCGCATTTCGTTAAGTGCGGCGTTACGTTGCGTCTGTTCTTGCGTGACATTCTGGATAGCGACCTGTAAc < 1:155473/300‑1 (MQ=255) ttttAACTTCGTTTTCCAGCGCCAGTAATCAAGACTGATTAACGCCAGGCTCCAGCGCCTGATACGCCTCGACCGCCGGGTGGCTGGTGGAACCACAAAGTGGGCAAGGCTGACCCGCCTGTAACTGTGCACGTTGAGCTTCCAGCGTTTTGATGCGCGCTTCCTGCTCGCAAATGGTTTTCACATCGGCAAGTTGCTGCGTCTTTTCTTTATAACGCTGGCGCATTTCGTTAAGTGCGGCGTTACGTTGCGTCTGTTCTTGCGTGACATTCTGGATAGCGACCTGTAACTGCGCCAGAc > 1:349042/1‑300 (MQ=255) ttCCAGCGCCAGTAATCAAGACTGATTAACGCCAGGCTCCAGCGCCTGATACGCCTCGACCGCCGGGTGGCTGGTGGAACCACAAAGTGGGCAAGGCTGACCCGCCTGTAACTGTGCACGTTGAGCTTCCAGCGTTTTGATGCGCGCTTCCTGCTCGCAAATGGTTTTCACATCGGCAAGTTGCTGCGTCTTTTCTTTATAACGCTGGCGCATTTCGTTAAGTGCGGCGTTACGTTGCGTCTGTTCTTGCGTGACATTCTGGATAGCGACCTGTAACTGCGCCAGACGTTTTTGTTgggg > 1:34191/1‑300 (MQ=255) tAATCAAGACTGATTAACGCCAGGCTCCAGCGCCTGATACGCCTCGACCGCCGGGTGGCTGGTGGAACCACAAAGTGGGCAAGGCTGACCCGCCTGTAACTGTGCACGTTGAGCTTCCAGCGTTTTGATGCGCGCTTCCTGCTCGCAAATGGTTTTCACATCGGCAAGTTGCTGCGTCTTTTCTTTATAACGCTGGCGCATTTCGTTAAGTGCGGCGTTACGTTGCGTCTGTTCTTGCGTGACATTCTGGATAGCGACCTGTAACTGCGCCAGACGTTTTTGTTGGGGAACAATCTGTcc < 1:859396/300‑1 (MQ=255) aaTCAAGACTGATTAACGCCAGGCTCCAGCGCCTGATACGCCTCGACCGCCGGGTGGCTGGTGGAACCACAAAGTGGGCAAGGCTGACCCGCCTGTAACTGTGCACGTTGAGCTTCCAGCGTTTTGATGCGCGCTTCCTGCTCGCAAATGGTTTTCACATCGGCAAGTTGCTGCGTCTTTTCTTTATAACGCTGGCGCATTTCGTTAAGTGCGGCGTTACGTTGCGTCTGTTCTTGCGTGACATTNTGGATAGCGACCTGTAACTGCGCCAGACGTTTTTGTTGGGGAACAATNTGTCCa > 2:739502/1‑300 (MQ=255) | TTATGCGCGGCAATCTGCCCTTGTAATTCATGCCGTTGGCTGAGTAACCGCAGCTGGCGTTCGTGCTCATCTTGTGCATCCAGCCACGGTTGAATATCGTCCAGTGGCTGCAAGGTGATATTGAGGCTGGCCGTGACGGCTTGCCATTGTTGAGTAAGTGCTTGCTCATCTTGTCGGAGGCTTTGCGCTTCGTTTTCATCACGCTGAAGCTGCTTTGTTATGGCGTCCAGTTGCCCACGTAGCGTCGCACCTTCTTCACCGAGCTTTTTAACTTCGTTTTCCAGCGCCAGTAATCGAGACTGATTAACGCCAGGCTCCAGCGCCTGATACGCCTCGACCGCCGGGTGGCTGGTGGAACCACAAAGTGGGCAAGGCTGACCCGCCTGTAACTGTGCACGTTGAGCTTCCAGCGTTTTGATGCGCGCTTCCTGCTCGCAAATGGTTTTCACATCGGCAAGTTGCTGCGTCTTTTCTTTATAACGCTGGCGCATTTCGTTAAGTGCGGCGTTACGTTGCGTCTGTTCTTGCGTGACATTCTGGATAGCGACCTGTAACTGCGCCAGACGTTTTTGTTGGGGAACAATCTGTCCA > NC_000913/413868‑414458 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |