| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,607,337 | G→A | A141T (GCG→ACG) | hyfF → | hydrogenase 4 component F |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,607,337 | 0 | G | A | 99.0% | 359.6 / NA | 103 | A141T (GCG→ACG) | hyfF | hydrogenase 4 component F |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (48/54); total (49/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
GGATCACACTGCTGCTGATTCTGGCACTCTGGGTGGTCCAAACTGCCGCTGATGCAGGAGAAATATTCGCTGCGGGACTGTGGCTTCATATTGATGGTCTGGGCGGTTTGTTCCTCGCCATTCTTGGTGTGATTGGCTTTCTCACCGGTATTTACTCGATTGGCTACATGCGTCATGAAGTGGCACACGGCGAGCTTTCACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGCTGGTATACGCCAACGCCGCCAGCGTTATGCCGCAGGCAGAAATGGCGATATTCTGGAGCGAGGTTCTTAAGCAATCGTCCTTGCTTGACCCAACATTAATGCTGTTGGCCTTTGTGTTTTTGCTAATTGGCTTTGGTACCAAAACCGGGCTATTTCCCATGCA > NC_000913/2607041‑2607632 | ggATCACACTGCTGCTGATTCTGGCACTCTGGGTGGTCCAAACTGCCGCTGATGCAGGAGAAATATTCGCTGCGGGACTGTGGCTTCATATTGATGGTCTGGGCGGTTTGTTCCTCGCCATTCTTGGTGTGATTGGCTTTCTCACCGCTATTTACTCGATTGGCTACATGCGTCATGAAGTGGCACACGGCGAGCTTTCACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGcgacga > 1:834109/1‑300 (MQ=255) tCACACTGCTGCTGATTCTGGCACTCTGGGTGGTCCAAACCGCCGCTGACGAAGGAGAAATATTCGATGCGGGACTGTGGCTTCATATTGATGGTCTGGGCGGTTTGTTCCTCGCCATTCTTGGTGTGATTGGCTTTCTCACCGGTATTTACTCGATTGGCTACATGCGTCATGAAGTGGCACACGGCGAGCTTTCACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATCACCTGATTGTGATGTGGGCGACGATCg > 2:24909/1‑300 (MQ=255) acTGCTGCTGATTCTGGCACTCTGGGTGGTCCAAACTGCCGCTGATGCAGGAGAAATATTCGCTGCGGGACTGTGGCTTCATATTGATGGTCTGGGCGGTTTGTTCCTCGCCATTCTTGGTGTGATTGGCTTTCTCACCGGTATTTACTCGATTGGCTACATGCGTCATGAAGTGGCACACGGCGAGCTTTCACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGACGATCGAAGc < 1:757586/300‑1 (MQ=255) ctgctgctgATTCTGGCACTCTGGGTGGTCCAAACTGCCGCTGATGCAGGAGAAATATTCGCTGCGGTACTGTGGCTTCATATTGATGGTCTGGGCGGTTTGTTCCTCGCCATTCTTGGTGTGATTGGCTTTCTCACCGGTATTTACTCGATTGGCTACATGCGTCATGAAGTGGNACACGGCGAGCTTTCACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATANCCTGATTGTGATGTGGGCGACGATCGAAGcc < 2:620761/300‑1 (MQ=255) gctgctgATTCTGGCACTCTGGGTGGTCCAAACTGCCGCTGATGCAGGAGAAATATTCGCTGCGGGACTGTGGCTTCATATTGATGGTCTGGGCGGTTTGTTCCTCGCCATTCTTGGTGTGATTGGCTTTCTCACCGGTATTTACTCGATTGGCTACATGCGTCATGAAGTGGCACACGGCGAGCTTTCACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGACGATCGAAGccac > 1:183806/1‑300 (MQ=255) gctgctgATTCTGGCACTCTGGGTGGTCCAAACCGCCGCTGATGCAGGAGAAATATTCGCTGCGGGACTGTGGCTTCATATTGATGGTCTGGGCGGTTTGTTCCTCGCCATTCTTGGTGTGATTGGCTTTCTCACCGGTATTTACTCGATTGGCTACATGCGTCATGNAGTGGCACACGGCGAGCTTTCACCCGTTACGCTGTGCGCTTACTACGGTTTCTTACATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGACGATCGAAGcccc > 2:209456/1‑298 (MQ=255) gtCTGGCACTATGGGTGGTCCAAACTGCCGCTGATGCAGGAGAAATATTCGCTGCGGGACTGTGGCTTCATCTTGATGGTCTGGGCGGTTTGTTCCTAGCCATTCTTGGTGTGATTGGCTTTCTCACCGGTATTTACTCGATTGGCTACATGCGTCATGAAGTAGCACACGGCGAGCTTTCACCCGTTACGCTGTGCAATTACTACGGTTTCTTCAATCTGTTTTTGTTCAATATGCTGCTGGTTGTTACCAGTAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATTGACGCCAACACCTTaa > 2:355123/2‑300 (MQ=255) 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tAACCTGATTGTTATGTGGGCGACAATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCTGCGTTTCTGGTAGGCATTTACTGTCATCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGCTGGTATACGCCAACGCCGCCAGCGTTATGCCGCAGGCAGAAATGGCGATATTCTGGAGCGAGGTTCTTAAGCAATCGTCCTTGCTTGAGCCAACATTAATGCTGTTGGCCTTTGTGTTTTTGCTAATTGGCTTTGGTACCAAAAc < 2:108392/300‑1 (MQ=255) tAACCTGATTGTGATGTGGGCGACGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGCTGGTATACGCCAACGCCGCCAGCGTTATGCCGCAGGCAGAAATGGCGATATTCTGGAGCGAGGTTCTTAAGCAATCGTCCTTGCTTGACCCAACATTAATGCTGTTGGCCTTTGTGTTTTTGCTAATTGGCTTTGGTACCAAAAc < 1:264087/300‑1 (MQ=255) aCCTGATTGTGATGTGGGCGACGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGCTGGTATACGCCAACGCCGCCAGCGTTATGCCGCAGGCAGAAATGGCGATATTCTGGAGCGAGGTTCTTAAGCAATCGTCCTTGCTTGACCCAACATTAATGCTGTTGGCCTTTGTGTTTTTGCTAATTGGCTTTGGTACCAAAACCg > 1:416823/1‑300 (MQ=255) gtgATGTGGGCGACGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGCTGGTATACGCCAACGCCGCCAGCGTTATGCCGCAGGCAGAAATGGCGATATTCTGGAGCGAGGTTCTTAAGCAATCGTCCTTGCTTGACCCAACATTAATGCTGTTGGCCTTTGTGTTTTTGCTAATTGGCTTTGGTACCAAAACCGGGCTAttt < 1:684382/300‑1 (MQ=255) gggCGACGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGCTGGTATACGCCAACGCCGCCAGCGTTATGCCGCAGGCAGAAATGGCGATATTCTGGAGCGAGGTTCTTAAGCAATCGTCCTTGCTTGACCCAACATTAATGCTGTTGGCCTTTGTGTTTTTGCTAATTGGCTTTGGTACCAAAACCGGGCTATTTCCCATGc < 1:246011/300‑1 (MQ=255) ggcgacGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGCTGGTATACGCCAACGCCGCCAGCGTTATGCCGCAGGCAGAAATGGCGATATTCTGGAGCGAGGTTCTTAAGCAATCGTCCTTGCTTGACCCAACATTAATGCTGTTGGCCTTTGTGTTTTTGCTAATTGGCTTTGGTACCAAAACCGGGCTATTTCCCATGCa > 1:389488/1‑300 (MQ=255) | GGATCACACTGCTGCTGATTCTGGCACTCTGGGTGGTCCAAACTGCCGCTGATGCAGGAGAAATATTCGCTGCGGGACTGTGGCTTCATATTGATGGTCTGGGCGGTTTGTTCCTCGCCATTCTTGGTGTGATTGGCTTTCTCACCGGTATTTACTCGATTGGCTACATGCGTCATGAAGTGGCACACGGCGAGCTTTCACCCGTTACGCTGTGCGATTACTACGGTTTCTTCCATCTGTTTTTGTTCACCATGCTGCTGGTTGTTACCAGCAATAACCTGATTGTGATGTGGGCGGCGATCGAAGCCACCACCTTAAGCTCGGCGTTTCTGGTAGGCATTTACGGTCAGCGTTCATCGCTGGAAGCTGCATGGAAGTACATCATTATTTGTACTGTTGGTGTCGCTTTTGGTCTGTTCGGTACCGTGCTGGTATACGCCAACGCCGCCAGCGTTATGCCGCAGGCAGAAATGGCGATATTCTGGAGCGAGGTTCTTAAGCAATCGTCCTTGCTTGACCCAACATTAATGCTGTTGGCCTTTGTGTTTTTGCTAATTGGCTTTGGTACCAAAACCGGGCTATTTCCCATGCA > NC_000913/2607041‑2607632 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |