Predicted mutation | ||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 2,053,034 | 0 | C | T | 99.3% | 540.2 / NA | 147 | intergenic (+1020/‑609) | yeeJ/shiA | inverse autotransporter adhesin/shikimate:H(+) symporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (81/65); total (82/65) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
CATCGAGTACATCCTCACTTAGTGGCAATTCATATATTGGCCTGACTGCTGGAAAACCCGCCTCACGCATCATAAATGCCCATGTCATAGGTACGGGAGCCCGGAGTTTCTGATCCATACTGGACGCGTTCTTGCACAAAGGGGAGAAGCAATTCATGGTTATACCAACAACCTGAAAATTCGTTTTTGCTTTCAACTGACTGATAAATAACATCGTTTTCAGGTTCTTTTTACGCATCCCCTCAATGCAAAGATCCGGCGTACCGTATT‑GCTGTGTTATGTTCTTTGCTAAATCTTTTATTTCTTTTAATGTTGCGTGATCCTGCATAGTCATTGTGACTAATGTTAATTTAGTCTGTTCAAGTTTAAGCGCATTAAAGACTTCTAAATTAATTGTCGACGTTACAATTAAAAGATGCTTAATTTTATGCAATTCAAGCGCCCGAATAACAGGAAAGATGGCCATAGCATCGCCAATCTGATCGGGAATATGGATGACAACAAAGTCTGTTTTTTCAATATTGAAATTATAAGCTTTATAATCGTAGTAACTAAATGCAATACGTCTCAACAATGATGCTAAAAAC > NC_000913/2052740‑2053326 | gAGTACATCCTCACTTAGTGGCAATTCATATATTGGCCTGACTGCTGGAAAACCCGCCTCACGCATCATAAATGCCCATGTCATAGGTACGGGAGCCCGGAGTTTCTGATCCATACTGGACGCGTTCTTGCACAAAGGGGAAAAGCAATTCATGGTTATACCAACAACCTGAAAATTCGTTTTTGCTTTCAACTGACTGATAAATAACATCGTTTTCAGGTTCTTTTTACGCATCCCCTCAATGCAAAGATCCGGCGTACCGTATT‑GCTGTGTTATGTTCTTTGCTAAATTTTTTATTTc > 1:484599/1‑300 (MQ=255) 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gTATT‑GCTGTGTTATGTTCTTTGCTAAATTTTTTATTTCTTTTAATGTTGCGTGATCCTGCATAGTCATTGTGACTAATGTTAATTTAGTCTGTTCAAGTTTAAGCGCATTAAAGACTTCTAAATTAATTGTCGACGTTACAATTAAAAGATGCTTAATTTTATGCAATTCAAGCGCCCGAATAACAGGANAGATGGCCATAGCATCGCCAATCTGATCGGGAATATGGATGACAACAAAGTCTGTTTTTTCAATATTGAAATTATAAGCTTTATAATCGTAGTAACTAAATGCAATACg > 1:604914/1‑300 (MQ=255) gCTGTGTTATGTTCTTTGCTAAATTTTTTATTTCTTTTAATGTTGCGTGATCCTGCATAGTCATTGTGACTAATGTTAATTTAGTCTGTTCAAGTTTAAGCGCATTAAAGACTTCTAAATTAATTGTCGACGTTACAATTAAAAGATGCTTAATTTTATGCAATTCAAGCGCCCGAATAACAGGAAAGATGGCCATAGCATCGCCAATCTGATCGGGAATATGGATGACAACAAAGTCTGTTTTTTCAATATTGAAATTATAAGCTTTATAATCGTAGTAACTAAATGCAATACGtctaa > 1:447923/1‑298 (MQ=255) tgtgTTATGTTCTTTGCTAAATTTTTTATTTCTTTTAATGTTGCGTGATCCTGCATAGTCATTGTGACTAATGTTAATTTAGTCTGTTCAAGTTTAAGCGCATTAAAGACTTCTAAATTAATTGTCGACGTTACAATTAAAAGATGCTTAATTTTATGCAATTCAAGCGCCCGAATAACAGGAAAGATGGCCATAGCATCGCCAATCTGATCGGGAATATGGATGACAACAAAGTCTGTTTTTTCAATATTGAAATTATAAGCTTTATAATCGTAGTAACTAAATGCAATACGTCTcaac < 1:207353/300‑1 (MQ=255) 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CATCGAGTACATCCTCACTTAGTGGCAATTCATATATTGGCCTGACTGCTGGAAAACCCGCCTCACGCATCATAAATGCCCATGTCATAGGTACGGGAGCCCGGAGTTTCTGATCCATACTGGACGCGTTCTTGCACAAAGGGGAGAAGCAATTCATGGTTATACCAACAACCTGAAAATTCGTTTTTGCTTTCAACTGACTGATAAATAACATCGTTTTCAGGTTCTTTTTACGCATCCCCTCAATGCAAAGATCCGGCGTACCGTATT‑GCTGTGTTATGTTCTTTGCTAAATCTTTTATTTCTTTTAATGTTGCGTGATCCTGCATAGTCATTGTGACTAATGTTAATTTAGTCTGTTCAAGTTTAAGCGCATTAAAGACTTCTAAATTAATTGTCGACGTTACAATTAAAAGATGCTTAATTTTATGCAATTCAAGCGCCCGAATAACAGGAAAGATGGCCATAGCATCGCCAATCTGATCGGGAATATGGATGACAACAAAGTCTGTTTTTTCAATATTGAAATTATAAGCTTTATAATCGTAGTAACTAAATGCAATACGTCTCAACAATGATGCTAAAAAC > NC_000913/2052740‑2053326 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |