Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 939,398 | 0 | C | A | 29.7% | 200.6 / 16.0 | 101 | intergenic (+61/‑30) | rarA/serS | replication‑associated recombination protein A/serine‑‑tRNA ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/48); new base A (30/0); total (53/48) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.97e-11 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TTCATTTGCGTAATGCGCCGACGAAATTAATGAAGGAAATGGGCTACGGGCAGGAATATCGTTACGCTCATGATGAAGCAAACGCTTATGCTGCCGGTGAGGTTTACTTCCCGCCGGAAATAGCACAAACACGCTATTATTTCCCGACAAACAGGGGCCTTGAAGGCAAGATTGGCGAAAAGCTCGCCTGGCTGGCTGAACAGGATCAAAATAGCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTACTGTATCCCTGTGGTCGCAGGCTGTGGCCACATCTCCCATTTAATTCGATAAGCACAGGATAAGCATGCTCGATCCCAATCTGCTGCGTAATGAGCCAGACGCAGTCGCTGAAAAACTGGCACGCCGGGGCTTTAAGCTGGATGTAGATAAGCTGGGCGCTCTTGAAGAGCGTCGTAAAGTATTGCAGGTCAAAACGGAAAACCTGCAAGCGGAGCGTAACTCCCGATCGAAATCCATTGGCCAGGCGAAAGCGCGCGGGGAAGATATCGAGCCTTTACGTCTGGAAGTGAACAAACTGGGCGAAGAGCTGGATGCAGCAAAAGCCGAGC > NC_000913/939102‑939692 | ttCATTTGCGTAATGCGCCGACGAAATTAATGAAGGAAATGGGCTACGGGCAGGAATATCGTTACGCTCATGATGAAGCAAACGCTTATGCTGCCGGTGAGGTTTACTTCCCGCCGGAAATAGCACAAACACGCTATTATTTCCCGACAAACAGGGGCCTTGAAGGCAAGATTGGCGAAAAGCTCGCCTGGCTGGCTGAACAGGATCAAAATAGCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTACTGTATCCCTGTGGTCGCAGGCTGTGGCCACATCTCCCa < 1:734260/300‑1 (MQ=255) cATTTGCGTAATGCGCCGACGAAATTAATGAAGGAAATGGGCTACGGGCAGGAATATCGTTACGCTCATGATGAAGCAAACGCTTATGCTGCCGGTGAGGTTTACTTCCCGCCGGAAATAGCACAAACACGCTATTATTTCCCGACAAACAGGGGCCTTGAAGGCAAGATTGGCGAAAAGCTCGCCTGGCTGGCTGAACAGGATCAAAATAGCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTACTGTATCCCTGTGGTCGCAGGCTGTGGCCACATCTCCCAtt > 1:583673/1‑300 (MQ=255) gacgaAATTAATGAAGGAAATGGGCTACGGGCAGGAATATCGTTACGCTCATGATGAAGCAAACGCTTATGCTGCCGGTGAGGTTTACTTCCCGCCGGAAATAGCACAAACACGCTATTATTTCCCGACAAACAGGGGCCTTGAAGGCAAGATTGGCGAAAAGCTCGCCTGGCTGGCTGAACAGGATCAAAATAGCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTACTGTATCCCTGTGGTCGCAGGCTGTGGCCACATCTACCATTTAATTCGATAAGCACAg > 2:488668/1‑300 (MQ=255) gaAATTAATGAAGGAAATGGGCTACGGGCAGGAATATCGTTACGCTCATGATGAAGCAAACGCTTATGCTGCCGGTGAGGTTTACTTCCCGCCGGAAATAGCACAAACACGCTATTATTTCCCGACAAACAGGGGCCTTGAAGGCAAGATTGGCGAAAAGCTCGCCTGGCTGGCTGAACAGGATCAAAATAGCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTACTGTATCCCTGTGGTCGCAGGCTGTGGCCACATCTCCCATTTAATTCGATAAGCACAGGAt < 1:307070/300‑1 (MQ=255) 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ggCTGTGGCCACATCTACCATTTAATTCGATAAGCACAGGATAAGCATGCTCGATCCCAATCTGCTGCGTAATGAGCCAGACGCAGTCGCTGAAAAACTGGCACGCCGGGGCTTTAAGCTGGATGTAGATAAGCTGGGCGCTCTTGAAGAGCGTCGTAAAGTATTGCAGGTCAAAACGGAAAACCTGCAAGCGGAGCGTAACTCCCGATCGAAATCCATTGGCCAGGCGAAAGCGCGCGGGGAAGATATCGAGCATTTAAGTCTGGAAGTGAACAAACTGGGCGAAGAGCTGGATgcagc > 2:103390/1‑300 (MQ=255) gCTGTGGCCACATCTCCCATTTAATTCGATAAGCACAGGATAAGCATGCTCGATCCCAATCTGCTGCGTAATGAGCCAGACGCAGTCGCTGAAAAACTGGCACGCCGGGGCTTTAAGCTGGATGTAGATAAGCTGGGCGCTCTTGAAGAGCGTCGTAAAGTATTGCAGGTCAAAACGGAAAACCTGCAAGCGGAGCGTAACTCCCGATCGAAATCCATTGGCCAGGCGAAAGCGCGCGGGGAAGATATCGAGCCTTTACGTCTGGAAGTGAACAAACTGGGCGAAGAGCTGGATgcagca > 1:484646/1‑300 (MQ=255) caTCTCCCATTTAATTCGATAAGCACAGGATAAGCATGCTCGATCCCAATCTGCTGCGTAATGAGCCAGACGCAGTCGCTGAAAAACTGGCACGCCGGGGCTTTAAGCTGGATGTAGATAAGCTGGGCGCTCTTGAAGAGCGTCGTAAAGTATTGCAGGTCAAAACGGAAAACCTGCAAGCGGAGCGTAACTCCCGATCGAAATCCATTGGCCAGGCGAAAGCGCGCGGGGAAGATATCGAGCCTTTACGTCTGGAAGTGAACAAACTGGGCGAAGAGCTGGATGCAGCAAAAGCCGAGc < 2:680137/300‑1 (MQ=255) | TTCATTTGCGTAATGCGCCGACGAAATTAATGAAGGAAATGGGCTACGGGCAGGAATATCGTTACGCTCATGATGAAGCAAACGCTTATGCTGCCGGTGAGGTTTACTTCCCGCCGGAAATAGCACAAACACGCTATTATTTCCCGACAAACAGGGGCCTTGAAGGCAAGATTGGCGAAAAGCTCGCCTGGCTGGCTGAACAGGATCAAAATAGCCCCATAAAACGCTACCGTTAATGTTATCGTTGCGGTAATGTTGTTACTGTATCCCTGTGGTCGCAGGCTGTGGCCACATCTCCCATTTAATTCGATAAGCACAGGATAAGCATGCTCGATCCCAATCTGCTGCGTAATGAGCCAGACGCAGTCGCTGAAAAACTGGCACGCCGGGGCTTTAAGCTGGATGTAGATAAGCTGGGCGCTCTTGAAGAGCGTCGTAAAGTATTGCAGGTCAAAACGGAAAACCTGCAAGCGGAGCGTAACTCCCGATCGAAATCCATTGGCCAGGCGAAAGCGCGCGGGGAAGATATCGAGCCTTTACGTCTGGAAGTGAACAAACTGGGCGAAGAGCTGGATGCAGCAAAAGCCGAGC > NC_000913/939102‑939692 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |