| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 568034 | NA (NA) | 21 (0.180) | 18/596 | 4.7 | 13.1% | noncoding (1258/1258 nt) | IS3 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 569137 = | 139 (1.220) | coding (236/1527 nt) | ybcK | putative recombinase YbcK | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
AAAATAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCACCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTAAAGGTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGACAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATTAATAAAAGCCATACTTATAGCACAAAGGGCAAATGAAGAAAGCGAGATAAAGTCAAGTCGGGTTAAATTATCATGGAAGAAAAAACGGCAGGATGCACTGGAATCAGGTACGATTATGACGGCGTCTTGTCCGAGATGGCTC > NC_000913/568838‑569435 | aaaataaaCAAAAATTATATCCCACCACTAAGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCACCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTAAAGGTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAAc < 2:161442/300‑1 (MQ=255) cAAAAATTATATCCCACCACTAAGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCACCAGTTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTAAAGGTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGt < 2:804903/300‑1 (MQ=255) cAAAAATTATATCCCACCACTAAGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCACCAGGTCAGATGTCTGGNGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTAAAGGTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGt < 1:657350/300‑1 (MQ=255) aaaaTTATATCCCACCACTAAGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTTTCACCATTAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCACCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTAAAGGTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTa < 2:393543/300‑1 (MQ=255) 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gAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGACAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATTAATAAAAGCCATACTTATAGCACAAAGGGCAAATGAAGAAAGCGAGATAAAGTCAAGTCGGGTTAAATTATCATGGAAGAAAAAACGGCAGGATGCACTGGAATCAGGTACGATTATGACGGCGTCTTGTCCGAGATGGc > 2:336697/1‑300 (MQ=255) gAACTACATTGTTAACTGAAAGTTTGGACAGACTTTCAAGAGAAAAAGTAGGTGAAGCAATTGAACGTCTGAACTTGATTTTGAATCCCGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATTAATAAAAGCAATACTTATAGCACACAGAGCAAATGAAGAAAGCGAGATAAAGTCAAGCCGGGTTACAGCATCCTGACAGAAAAAACGGCAGGATGCACTGGAATCAGGTACGATTATGACGGCGTCttatacggggcggc > 2:102875/1‑288 (MQ=255) aCTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGACAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATTAATAAAAGCCATACTTATAGCACAAAGGGCAAATGAAGAAAGCGAGATAAAGTCAAGTCGGGTTAAATTATCATGGAAGAAAAAACGGCAGGATGCACTGGAATCAGGTACGATTATGACGGCGTCTTGTCCGAGATGGctc > 2:469287/1‑300 (MQ=255) | AAAATAAACAAAAATTATATCCCACCACTAAGGTTTATAAAAGCATACGTTAGCAGGTGTCACCATGAAAAAAGCCATAGCATATATGCGATTTTCATCACCAGGTCAGATGTCTGGCGACTCATTAAACCGACAGAGAAGACTTATTGCTGAATGGTTAAAGGTAAATAGTGATTATTATCTTGATACCATAACATATGAAGATTTAGGATTAAGTGCATTCAAAGGAAAGCATGCACAATCAGGAGCTTTTTCGGAATTTTTAGATGCTATAGAGCATGGTTATATATTGCCAGGAACTACATTGTTAGTTGAAAGTCTGGACAGACTTTCAAGAGAAAAAGTCGGTGAAGCGATTGAACGTCTGAAATTGATTTTGAATCACGGTATTGATGTTATAACTCTTTGCGACAATACAGTCTATAATATTGACTCTTTGAATGAGCCATATTCATTAATAAAAGCCATACTTATAGCACAAAGGGCAAATGAAGAAAGCGAGATAAAGTCAAGTCGGGTTAAATTATCATGGAAGAAAAAACGGCAGGATGCACTGGAATCAGGTACGATTATGACGGCGTCTTGTCCGAGATGGCTC > NC_000913/568838‑569435 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |