| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 2,303,536 | G→A | intergenic (‑39/‑70) | napF ← / → yojO | ferredoxin‑type protein/uncharacterized protein YojO |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 2,303,536 | 0 | G | A | 99.1% | 401.1 / NA | 112 | intergenic (‑39/‑70) | napF/yojO | ferredoxin‑type protein/uncharacterized protein YojO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (60/51); total (60/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
GGGCAAGCCTGCGCGCAGGCGTAACAGAAGCTGCACTCGTTATTTTTGAAATTAACGCTCGGATAGCCGCCCGCGCCGCGTTGCAGAATGTTGTTTTCACAAGCATTAATACAGGCGTCGCAGCGGGTGCAATGGGTCAGAAAATGAGATTCATCACCGGACCAGGGCGGACGGATACCGTTACTGGCTTTGCGCCAGCGACCAGTGAGTATGCCCCGACGGGATGCATCAATCTTCACATTGACCTTCCATCATTAACGCGCTCTGAAAATTGAGAGCGACCAAATAAACCGCATAATTAATAAGCCATTTTTATAGCCGCTAAGATATTAAAGGATGTGTCAAAGATGCATACCCCGATCGGGGTAAAACCTGTAGCAGGATCAAAAGAGTGGCGGGAAGCGTGGCAAAAACGGGCTTTTGCTCACATTTCAAATGGTTATAAATATATTTATATAGCGATTGATTCACCAGAGATATTTCTGCTGGTTTGCTCTCTCATTAGAATTTAACACTAAAAGAGCAGGTAAAATTGTCTGAATGTTCTTTAAGTTATTCATAAAGCAAATTAAT > NC_000913/2303259‑2303831 | gggCAAGCCTGCGCGCAGGCGTAACAGAAGCTGCACTCGTTATTTTTGAAATTAACGCTCGGATAGCCGCCCGCGCCGCGTTGCAGAATGTTGTTTTCACAAACATTAATACAGGCGTCGCAGCNGGTGCAATGGGTCAGAAAATGAGATTCATCACCGGACCAGGGCGGACGGATACCGTTACTGNCTTTGCGCCAGCGACCAGTGAGTATGCCCCGACGGGATGCATCAATCTTCAAATTGACCTTCCATCATTAACGCGCTCTGAAAATTGAGAACGAACAAATAAACCGCAtaatt > 2:718681/1‑300 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catTAACGCGCTCTGAAAATTGAGAACGACCAAAGAAACCGCATAATTAATAAGCCATTTTTATAGCCGCTAAGATATTAAAGGATGTGTCAAAGATGCATACCCCGATCGGGGTAAAACCTGTAGCAGGATCAAAAGAGTGGCGGGAAGCGTGGCAAAAACGGGCTTTTGCTCACATTTCAAATGGTTATAAATATATTTATATAGCGATTGATTCACCAGAGATATTTCTGCTGGTTTGCTCTCTCATTAGAATTTAACACTAAAAGAGCAGGTAAAATTGTCTGAATGTTCTTTAAg < 1:818669/300‑1 (MQ=255) atTAACGCGCTCTGAAAATTGAGAACGACCAAATAAACCGCATAATTAATAAGCCATTTTTATAGCCGCTAAGATATTAAAGGATGTGTCAAAGATGCATACCCCGATCGGGGTAAAACCTGTAGCAGGATCAAAAGAGTGGCGGGAAGCGTGGCAAAAACGGGCTTTTGCTCACATTTCAAATGGTTATAAATATATTTATATAGCGATTGATTCACCAGAGATATTTCTGCTGGTTTGCTCTCTCATTAGAATTTAACACTAAAAGAGCAGGTAAAATTGTCTGAATGTTCTTTAAGt < 2:807089/300‑1 (MQ=255) atTAACGCGCTCTGAAAATTGAGAACGACCAAATAAACCGCATAATTAATAAGCCATTTTTATAGCCGCTAAGATATTAAAGGATGTGTCAAAGATGCATACCCCGATCGGGGTAAAACCTGTAGCAGGATCAAAAGAGTGGCGGGAAGCGTGGCAAAAACGGGCTTTTGCTCACATTTCAAATGGTTATAAATATATTTATATAGCGATTGATTCACCAGAGATATTTCTGCTGGTTTGCTCTCTCATTAGAATTTAACACTAAAAGAGCAGGTAAAATTGTCTGAATGTTCTTTAAGt < 1:115211/300‑1 (MQ=255) 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GGGCAAGCCTGCGCGCAGGCGTAACAGAAGCTGCACTCGTTATTTTTGAAATTAACGCTCGGATAGCCGCCCGCGCCGCGTTGCAGAATGTTGTTTTCACAAGCATTAATACAGGCGTCGCAGCGGGTGCAATGGGTCAGAAAATGAGATTCATCACCGGACCAGGGCGGACGGATACCGTTACTGGCTTTGCGCCAGCGACCAGTGAGTATGCCCCGACGGGATGCATCAATCTTCACATTGACCTTCCATCATTAACGCGCTCTGAAAATTGAGAGCGACCAAATAAACCGCATAATTAATAAGCCATTTTTATAGCCGCTAAGATATTAAAGGATGTGTCAAAGATGCATACCCCGATCGGGGTAAAACCTGTAGCAGGATCAAAAGAGTGGCGGGAAGCGTGGCAAAAACGGGCTTTTGCTCACATTTCAAATGGTTATAAATATATTTATATAGCGATTGATTCACCAGAGATATTTCTGCTGGTTTGCTCTCTCATTAGAATTTAACACTAAAAGAGCAGGTAAAATTGTCTGAATGTTCTTTAAGTTATTCATAAAGCAAATTAAT > NC_000913/2303259‑2303831 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |