| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,298,120 | C→T | G47E (GGG→GAG) | napC ← | periplasmic nitrate reductase cytochrome c protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,298,120 | 0 | C | T | 98.9% | 323.0 / NA | 91 | G47E (GGG→GAG) | napC | periplasmic nitrate reductase cytochrome c protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (46/44); minor base G (0/1); total (46/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCTGCGAGTTATTGTCCTTCATGCGCCGCCACTCATTCTGTGCCATCGTCAGACGATGAGCTTCAAATTTCTGCGGCGTGTCAATAACGCCAAAAATTTTACCATACAGCTCTTTACTTGCTTTGAGCTTGCGTATCATCTTCGGCACAAACTCGTGCGGAACGTGACAATCCGGACAGGTCGCACGGACGCCGCTACGGTTGTTGTAGTGCACGGAATCCATGTATTCCTGATACACCGTGTTGCGCATTTCGTGGCAGCTAATGCAGAACTCTTCGGTATTGGCTTTTTCCATCCCGGTGTTAAAGCCACC‑CCAGAAGACGATGCCGCCAACAAAACCGA‑TCAACAGCAGCGTCCCCAGCGCCAGACGGCTGGGGGTACGCCACCATTTCCACAGGCGCTTAATCAGACCAGGCTTACGGTCAGAATTTCCCATAATAACCTCTTATTTCCCGTAACCTTTTGATGGGGTAAAGGTATTCCCCACGATTGGCGCGGTATCGGCCTGCGGTACGTGACATTGCAGACAGAAATAACGACGCGGAGCCACTTCCGCGCCCACTTTGCCGTCGCTGTCCATAAAGTG > NC_000913/2297824‑2298409 | ccTGCGAGTTATTGTCCTTCATGCGCCGCCACTCATTCTGTGCCATCGTCAGACGATGCGCTTCAAATTTCTGCGGCGTGTCAATAACGCCAAAAATTTTACCATACAGCTCTTTACTTGCTTTGAGCTTGCGTATCATCTTCGGCACAAACTCGTGCGGAACGTGACAATCCGGACAGGTCGCACGGACGCCGCTACGGTTGTTGTAGTGCACGGAATCCATGTATTCCTGATACACCGTGTTGCGCATTTCGTGGCAGCTAATGCAGAACTCTTCGGTATTGGCTTTTTCCATCTCgg > 1:558124/1‑300 (MQ=255) gAGTTATTGTCCTTCATGCGCCGCCACTCATTCTGTGCCATCGTCAGACGATGAGCTTCAAATTTCTGCGGCGTGTCAATAACGCCAAAAATTTTACCATACAGCTCTTTACTTGCTTTGAGCTTGCGTATCATCTTCGGCACAAACTCGTGCGGAACGTGACAATCCGGACAGGTCGCACGGACGCCGCTACGGTTGTTGTAGTGCACGGAATCCATGTATTCCTGATACACCGTGTTGCGCATTTCGTGGCAGCTAATGCAGAACTCTTCGGTATTGGCTTTTTCCATCTCGGTGttc > 2:198451/1‑299 (MQ=255) ttATTGTCCTTCATGCGCCGCCACTCATTCTGTGCCATCGTCAGACGATGAGCTTCAAATTTCTGCGGCGTGTCAATAACGCCAAAAATTTTACCATACAGCTCTTTACTTGCTTTGAGCTTGCGTATCATCTTCGGCACAAACTCGTGCGGAACGTGACAATCCGGACAGGTCGCACGGACGCCGCTACGGTTGTTGTAGTGCACGGAATCCATGTATTCCTGATACACCGTGTTGCGCATTTCGTGGCAGCTAATGCAGAACTCTTCGGTATTGGCTTTTTCCATCTCGGTGTTAAAg < 1:330039/300‑1 (MQ=255) aTTGTCCTTCATGCGCCGCCACTCATTCTGTGCCATCGTCAGACGATGAGCTTCAAATTTCTGCGGCGTGTCAATAACGCCAAAAATTTTACCATACAGCTCTTTACTTGCTTTGAGCTTGCGTATCATCTTCGGCACAAACTCGTGCGGAACGTGACAATCCGGACAGGTCGCACGGACGCCGCTACGGTTGTTGTAGTGCACGGAATCCATGTATTCCTGATACACCGTGTTGCGCATTTCGTGGCAGCTAATGCAGAACTCTTCGGTATTGGCTTTTTCCATCTCGGTGTTAAAGcc < 1:518474/300‑1 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |