| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,901,242 | C→T | D327N (GAT→AAT) | bglH ← | carbohydrate‑specific outer membrane porin, cryptic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,901,242 | 0 | C | T | 99.2% | 471.9 / NA | 130 | D327N (GAT→AAT) | bglH | carbohydrate‑specific outer membrane porin, cryptic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (69/60); total (69/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
GGAGTAAACAATCGCGTTAGCTACAATGAAATGATCGCCAATATAGGCTTCGCCCTGCGAAGTCAGACGTACCGCTGTTCCGCCGGTGTGATCACCATAATAACGACCATTAAAGGTGGTAAATGGACTTGCGCCAGCATAACGGCCAAAGTTACTGGCGATAGAGTTATTCGCGACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTC‑CAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAATCATCGACATCTTCGCGAACCAGCGCGATATCAATTTTACCCGGACCGACTTTCCAGTTTTCCAGACCTACACCCGCTGCGGCATCAGTACGCTGCGTTTTCCAGTCAAGCATCTGGATTTCAATTTTCGGCGCACCGTGTTTACCC > NC_000913/3900958‑3901531 | ggAGTAAACAATCGCGTTAGCTACAATGAAATGATCGCCAATATAGGCTTCGCCCTGCGAAGTCAGACGTACCGCTGTTCCGCCGGTGTGATCACCATAATAACGACCATTAAAGGTGGTAAATGGACTTGCGCCAGCATAACGGTCAAAGTTACTGGCGATAGAGTTATTCGCGACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTC‑CAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATTTTTTTCCGATGCGCt > 1:881151/1‑300 (MQ=255) gAGTAAACAATCGCGTTAGCTACAATGAAATGATCGCCAATATAGGCTTCGCCCTGCGAAGTCAGACGTACCGCTGTTCCGCCGGTGTGATCACCATAATAACGACCATTAAAGGTGGTAAATGGACTTGCGCCAGCATAACGGTCAAAGTTACTGGCGATAGAGTTATTCGCGACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTC‑CAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATTTTTTTCCGATGCGCtt > 1:407783/1‑300 (MQ=255) gTAAACAATCGCGTTAGCTACAATGAAATGATCGCCAATATAGGCTTCGCCCTGCGAAGTCAGACGTACCGCTGTTCCGCCGGTGTGATCACCATAATAACGACCATTAAAGGTGGTAAATGGACTTGCGCCAGCATAACGGTCAAAGTTACTGGCGATAGAGTTATTCGCGACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATNTTTC‑CAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATTTTTTTCCGATGNGCTTTc > 2:734275/1‑300 (MQ=255) aaCAATCGCGTTAGCTACAATGAAATGATCGCCAATATAGGCTTCGCCCTGCGAAGTCAGACGTACCGCTGTTCCGCCGGTGTGATCACCATAATAACGACCATTAAAGCTGGTAAATGGACTTGCGCCAGCATAACGGTCAAAGTTACTGGCGATAGAGTTATTCGCGACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTC‑CAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATTTTTTTCCGATGCGCTTTCGtt < 1:148303/300‑1 (MQ=255) aGCTACAATGAAATGATCGCCAATATAGGCTTCGCCCTGCGAAGTCAGACGTACCGCTGTTCCGCCGGTGTGATCACCATAATAACGACCATTAAAGGTGGTAAATGGACTTGCGCCAGCATAACGGTCAAAGTTACTGGCGATAGAGTTATTCGCGACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTC‑CAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATTTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATa > 1:143245/1‑300 (MQ=255) aCAATGAAATGATCGCCAATATAGGCTTCGCCCTGCGAAGTCAGACGTACCGCTGTTCCGCCGGTGTGATCACCATAATAACGACCATTAAAGGTGGTAAATGGACTTGCGCCAGCATAACGGTCAAAGTTACTGGCGATAGAGTTATTCGCGACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTC‑CAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATTTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGa > 2:344015/1‑300 (MQ=255) aCAATGAAATGATCGCCAATATAGGCTTCGCCCTGCGAAGTCAGACGTACCGCTGTTCCGCCGGTGTGATCACCATAATAACGACCATTAAAGGTGGTAAATGGACTTGCGCCAGCATAACGGTCAAAGTTACTGGCGATAGAGTTATTCGCGACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTC‑CAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATTTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGa > 1:271441/1‑300 (MQ=255) 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atgaTCGCCAATATAGGCTTCGCCCTGCGAAGTCAGACGTACCGCTGTTCCGCCGGNGTGATCACCATAATAACGACCATTAAAGGTGGTAAATGGACTTGCGCCAGCATAACGGTCAAAGTTACTGGCGATAGAGTTATTCGCGACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTC‑CAGTCATAATACCCGTTATTATNCTGATTATTTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTAc > 2:832162/1‑300 (MQ=255) aTCGCCAATATAGGCTTCGCCCTGCGAAGTCAGACGTACCGCTGTTCCGCCGGTGTGATCACCATAATAACGACCATTAAAGGTGGTAAATGGACTTGCGCCAGCATAACGGTCAAAGTTACTGGCGATAGAGTTATTCGCGACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTC‑CAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATTTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCAt < 2:23435/300‑1 (MQ=255) tCGCCAATATAGGCTTCGCCCTGCGAAGTCAGACGTACCGCTGTTCCGCCGGTGTGATCACCATAATAACGACCATTAAAGGTGGTAAATGGACTTGCGCCAGCATAACGGTCAAAGTTACTGGCGATAGAGTTATTCGCGACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTC‑CAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATTTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCAtt < 2:111996/300‑1 (MQ=255) 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atCCTGATTATTTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAATCATCGACATCTTCGCGAACCAGCGCGATATCAATTTTACCCGGACCGACTTTCCAGTTTTCCAGACCTACACCCGCTGCGGCATCAGTACGCTGCGTTTTCCAGTCAAGCATCTGGATTTCAATTTTCGGCGCACCGTGTTTacc < 2:404368/300‑1 (MQ=255) atCCTGATTATTTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGANCGTAATCATCGACATCTTCGCGAACCNGCGCGATATCAATTTTACCCGGACCGACTTTCCAGTTTTCCAGACCTACACCCGCTGCGGCATCAGTACGCTGCGTTTTCCAGTCAAGCATCTGGATTTCAATTTTCGGCGCACCGTGTTTacc < 2:606723/300‑1 (MQ=255) tCCTGATTATTTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAATCATCGACATCTTCGCGAACCAGCGCGATATCAATTTTACCCGGACCGACTTTCCAGTTTTCCAGACCTACACCCGCTGCGGCATCAGTACGCTGCGTTTTCCAGTCAAGCATCTGGATTTCAATTTTCGGCGCACCGTGTTTaccc < 1:261409/300‑1 (MQ=255) | GGAGTAAACAATCGCGTTAGCTACAATGAAATGATCGCCAATATAGGCTTCGCCCTGCGAAGTCAGACGTACCGCTGTTCCGCCGGTGTGATCACCATAATAACGACCATTAAAGGTGGTAAATGGACTTGCGCCAGCATAACGGCCAAAGTTACTGGCGATAGAGTTATTCGCGACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTC‑CAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAATCATCGACATCTTCGCGAACCAGCGCGATATCAATTTTACCCGGACCGACTTTCCAGTTTTCCAGACCTACACCCGCTGCGGCATCAGTACGCTGCGTTTTCCAGTCAAGCATCTGGATTTCAATTTTCGGCGCACCGTGTTTACCC > NC_000913/3900958‑3901531 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |