Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,874,533 | C→T | A210T (GCA→ACA) | dgoR ← | DNA‑binding transcriptional regulator DgoR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,874,533 | 0 | C | T | 98.9% | 304.0 / ‑6.9 | 87 | A210T (GCA→ACA) | dgoR | DNA‑binding transcriptional regulator DgoR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (37/49); minor base G (0/1); total (37/50) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AAATACGGTGCAACTTTCCAGCCGACGTTGCTGCCAACCATTCCTGCCATTACCACTGGCGTTTTCTCTTCACGCCAGTCGGTCGTGACTTCTGCTAACACCGCAGCCGGAGATTTTCCGTTCAGGCGCGTGACGCCTGCTTCTGATTGCCTGCTCTCCAGGCAGTGGTCGCCCTGATAAAGCCAGGCGCGCAGATTGGTCGATCCCCAGTCAATTGCGATGTAGCGAGCTGTCATGTGATTTCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGCCGCCTGCTCTGCCGCATCGCCGTCCTGATGTCGTATCGCATCGAACAGCGCCTTATGTTCCTGGAGCGTTTGCGGCATGTTGGCCTCATCGCCCATCCAGGTTCGTTCAAAAACCGCCCGCTGCAGCGAACTGATCGCAATGCTAAGTTGCTGTAACACCGGGTTATGCACCGACTGCAGCACCGCCTCGTGGTAGCGAATATCCGCTTCGTTAAACGCTTCGCGGTCCTGATTGTTGGCAATCATCTCGTTCAGCGCCGATTCAATCTGCGCCAGATCGCTGGAAGTCGCGCGCTCTGCTGCCC > NC_000913/3874239‑3874826 | aaaTACGGTGCAACTTTCCAGCCGACGTTGCTGCCAACCATTCCTGCCATTACCACTGGCGTTTTCTCTTCACGCCAGTCGGTCGTGACTTCTGCTAACACCGCAGCCGGAGATTTTCCGTTCAGGCGCGTGACGCCTGCTTCTGATTGCCTGCTCTCCAGGCAGTGGTCGCCCTGATAAAGCCAGGCGCGCAGATTGGTCGATCCCCAGTCAATTGCGATGTAGCGAGCTGTCATGTGATTTCCTTTAACCTTCGTTTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGCCGCCTGCTCTGTCGCAt < 2:68386/300‑1 (MQ=255) tGCAACTTTCCAGCCGACGTTGCTGCCAACCATTCCTGCCATTACCACTGGCGTTTTCTCTTCACGCCAGTCGTTCTTGACTTCTGCTAACACCGCAGCCGTAGATTTTCCGTTCAGGCGCTTGACGCCTGCNTCTGATTGCCTGCTCTCCAGGCAGTGGTCGCCCTGATAAAGCCAGGCGCGCAGATTGTTCGATCCCCAGTCAATTGCGATGTAGCGAGCTGTCATGTGATTTCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGCCGCCTGCTCTGTCGCATCGCCGTcc < 2:202900/300‑1 (MQ=255) gCCGACGTTGCTGCCAACCATTCCTGCCATTACCACTGGCGTTTTCTCTTCACGCCAGTCGGTCGTGACTTCTGCTAACACCGCAGCCGGAGATTTTCCGTTCAGGCGCGTGACGCCTGCTTCTGATTGCCTGCTCTCCAGGCAGTGGTCGCCCTGATAAAGCCAGGCGCGCAGATTGGTCGATCCCCAGTCAATTGCGATGTAGCGAGCTGTCATGTGATTTCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGCCGCCTGCTCTGTCGCATCGCCGTCCTGATGTCGTATc < 1:212929/300‑1 (MQ=255) ccGACGTTGCTGCCAACCATTCCTGCCATTACCACTGGCGTTTTCTCTTCACGCCAGTCGGTCGTGACTTCTGCTAACACCGCAGCCGGAGATTTTCCGTTCAGGCGCGTGACGCCTGCTTCTGATTGCCTGCTCTCCAGGCAGTGGTCGCCCTGATAAAGCCAGGCGCGCAGATTGGTCGATCCCCAGTCAATTGCGATGTAGCGAGCTGTCATGTGATTTCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGCCGCCTGCTCTGTCGCATCGCCGTCCTGATGTCGTATCg < 1:423430/300‑1 (MQ=255) cGACGTTGCTGCCAACCATTCCTGCCATTACCACTGGCGTTTTCTCTTCACGCCAGTCGGTCGTGACTTCTGCTAACACCGCAGCCGGAGATTTTCCGTTCAGGCGCGTGACGCCTGCTTCTGATTGCCTGCTCTCCAGGCAGTGGTCGCCCTGATAAAGCCAGGCGCGCAGATTGGTCGATCCCCAGTCAATTGCGATGTAGCGAGCTGTCATGTGATTTCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGCCGCCTGCTCTGTCGCATCGCCGTCCTGATGTCGTATCGc < 2:406275/300‑1 (MQ=255) cGACGTTGCTGCCAACCATTCCTGCCATTACCACTGGCGTTTTCTCTTCACGCCAGTCGGTCGTGACTTCTGCTAACACCGCAGCCGGAGATTTTCCGTTCAGGCGCGTGACGCCTGCTTCTGATTGCCTGCTCTCCAGGCAGTGGTCGCCCTGATAAAGCCAGGCGCGCAGATTGGTCGATCCCCAGTCAATTGCGATGTAGCGAGCTGTCATGTGATTTCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGCCGCCTGCTCTGTCGCATCGCCGTCCTGATGTCGTATCGc < 1:771720/300‑1 (MQ=255) gTTGCTGCCAACCATTCCTGCCATTACCACTGGCGTTTTCTCTTCACGCCAGTCGGTCGTGACTTCTGCTAACACCGCAGCCGGAGATTTTCCGTTCAGGCGCGTGACGCCTGCTTCTGATTGCCTGCTCTCCAGGCAGTGGTCGCCCTGATAAAGCCAGGCGCGCAGATTGGTCGATCCCCAGTCAATTGCGATGTAGCGAGCTGTCATGTGATTTCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGCCGCCTGCTCTGTCGCATCGCCGTCCTGATGTCGTATCGCATCg > 1:463803/1‑300 (MQ=255) gcttccAACCATTCCTGCCATTACCACTGGCGTTTTCTCTTCACGCCAGTCGGTCGTGACTTCTGCTAACACCGCAGCCGGAGATTTTCCGTTCAGGCGCGTGACGCCTGCTTCTGATTGCCTGCTCTCCAGGCAGTGGTCGCCCTGATAAAGCCAGGCGCGCAGATTGGTCGATCCCCAGTCAATTGCGATGTAGCGAGCTGTCATGTGATTTCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGTCGATCATGGTAAGCGCCGCCTGCTCTGTCGCATCGCCGTCCTGATGTCGTATCGCATCGAAc < 2:104959/296‑1 (MQ=255) gctgcCAACCATTCCTGCCATTACCACTGGCGTTTTCTCTTCACGCCAGTCGGTCGTGACTTCTGCTAACACCGCAGCCGGAGATTTTCCGTTCAGGCGCGTGACGCCTGCTTCTGATTGCCTGCTCTCCAGGCAGTGGTCGCCCTGATAAAGCCAGGCGCGCAGATTGGTCGATCCCCAGTCAATTGCGATGTAGCGAGCTGTCATGTGATTTCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGCCGCCTGCTCTGTCGCATCGCCGTCCTGATGTCGTATCGCATCGAAc < 1:329913/300‑1 (MQ=255) tgcCAACCATTCCTGCCATTACCACTGGCGTTTTCTCTTCACGCCAGTCGGTCGTGACTTCTGCTAACACCGCAGCCGGAGATTTTCCGTTCAGGCGCGTGACGCCTGCTTCTGATTGCCTGCTCTCCAGGCAGTGGTCGCCCTGATAAAGCCAGGCGCGCAGATTGGTCGATCCCCAGTCAATTGCGATGTAGCGAGCTGTCATGTGATTTCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGCCGCCTGCTCTGTCGCATCGCCGTCCTGATGTCGTATCGCATCGAACAg < 1:834737/300‑1 (MQ=255) 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ttACCAGTGGCGTTTTCTCTTCACGCCAGTCGGTCGTGACCTCTGCTAACACCGCAGCCGGAGATTTTCCGTTCAGGCGCGTGACGCCTGCTTCTGATTGCCTGCTCTCCAGGCAGTGGTCGCCCTGATAAAGCCAGGCGCGCAGATTGGTCGATCCCCAGTCAATTGCGATGTAGCGAGCTGTCATGTGATTTCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGCCGCCTGCTCTGTCGCATCGCCGTCCTGATGTCGTATCGCATCGAACAGCGCCTTATGTTCCTGGAg < 2:766016/300‑1 (MQ=255) ttACCACTGGCGTTTTCTCTTCACGCCAGTCGGTCGTGACTTCTGCTAACACCGCAGCCGGAGATTTTCCGTTCAGGCGCGTGACGCCTGCTTCTGATTGCCTGCTCTCCAGGCAGTGGTCGCCCTGATAAAGCCATGCGCGCAGATTGGTCGATCCCCAGTCAATTGCGATGTAGCGAGCTGTCATGTGATTTCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGCCGCCTGCTCTGTCGCATCGCCGTCCTGATGTCGTATCGCATCGAACAGCGCCTTATGTTCCTGGAg < 2:388813/300‑1 (MQ=255) ttACCACTGGCGTTTTCTCTTCACGCCAGTCGGTCGTGACTTCTGCTAACACCGCAGCCGGAGATTTTCCGTTCAGGCGCGTGACGCCTGCTTCTGATTGCCTGCTCTCCAGGCAGTGGTCGCCCTGATAAAGCCAGGCGCGCAGATTGGTCGATCCCCAGTCAATTGCGATGTAGCGAGCTGTCATGTGATTTCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGAGATCATGGTAAGCGCCGCCTGCTCTGTCGCATCGCCGTCCTGATGTCGTATCGCATCGAACAGCGCCTTATGTTCCTGGAg < 1:875486/300‑1 (MQ=255) ttACCACTGGCGTTTCCTCTTCACGCCAGTCGGTCGTGACTTCTGCTAACACCGCAGCCGGAGATTTTCCGTTCAGGCGCGTGACGCCTGCTTCTGATTGCCTGCTCTCCAGGCAGTGGTCGCCCTGATAAAGCCAGGCGCGCAGATTGGTCGATCCCCAGTCAATTGCGATGTAGCGAGCTGTCATTTGATTTCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGCCGCCTGCTCTGTCGCATCGCCGTCCTGATGTCGTATCGCATCGAACAGCGCCTTATGTTCCTGGAg < 2:694754/300‑1 (MQ=255) ttACCACCGGCGTTTCCGCTTCACGCCAGTCGGTCGTGACTTCTGCTAACACCGCAGCCGTAGATTTTCCGTTCAGGCGCGTGACGCCTGCTTCTGATTGCCTGCTCTCCAGGCAGTGGTCGCCCTGATAAAGCCAGGCGCGCAGATTGGTCGATCCCCAGTCAATTGCGATGTAGCGAGCTGTCATGTGATTTCCTTTAACCTTCGTTTCGAGCTGTCGATCATGGTAAGCGCCGCCTGCTCTGTCGCATCGCCGTCCTGATGTCGTATCGCATCGAACAGCGCCTTATGTTCCTGGAg < 2:257951/300‑1 (MQ=255) gTTTTCTCTTCACGCCAGTCGGTCGTGACTTCTGCTAACACCGCAGCCGGAGATTTTCCGTTCAGGCGCGTGACGCCTGCTTCTGATTGCCTGCTCTCCAGGCAGTGGTCGCCCTGATAAAGCCATGCGCGCAGATTGGTCGATCCCCAGTCAATTGCGATGTAGCGAGCTGTCATGTGATTTCCTTTAACCTTCGTGTCGAGCTGGCGATCATGGTAAGCGCCGCCTGCTCTGTCGCATCGCCGTCCTGATGTCGTATCGCATCGAACAGCGCCTTATGTTCCTGGAGCGTTTGCGGCa < 2:38106/300‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |