| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,675,661 | G→A | W292* (TGG→TGA) | yhjE → | putative transporter YhjE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,675,661 | 0 | G | A | 99.0% | 321.3 / NA | 96 | W292* (TGG→TGA) | yhjE | putative transporter YhjE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base A (40/54); minor base C (1/0); total (42/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAGCTGGGGCTGGCGTGTGCCATTTATCTTCTCGGCGGTGCTGGTCATTATCGGCCTGTATGTTCGCGTGTCGCTGCATGAGTCGCCGGTGTTTGAGAAAGTCGCTAAAGCGAAAAAACAGGTGAAGATCCCGCTGGGTACGCTGCTGACCAAACATGTTCGCGTAACCGTACTGGGTACGTTCATTATGCTGGCAACCTATACGCTGTTTTACATCATGACGGTCTACTCTATGACCTTTAGTACCGCCGCCGCGCCAGTTGGGCTTGGCCTGCCGCGTAACGAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGATTACTGGCTGATGCCTTTGGTCGCCGTAAAAGCATGGTAATCATCACCACGCTGATCATCCTGTTCGCGCTGTTCGCCTTTAACCCACTGCTCGGTTCTGGCAACCCGATTCTGGTTTTTGCCTTCCTGCTGCTGGGGTTAAGTCTGATGGGTCTGACCTTCGGGCCAATGGGTGCGCTGTTACCAGAGCTGTTTCCGACAGAAGTGCGTTACACCGGAGCATCGTTCTCTTACAACGTAGCGT > NC_000913/3675367‑3675956 | gAGCTGGGGCTGGCGTGTGCCATTTATCTTCTCGGTGGTGGTGGTCCTTTTCGGAAGGTGTGTTCGCGTGTCGCTGCATGAGTAGAAGGTGTTTGAGAAAGTCGATAAAGCGAAAAAACAGGTGAAGATCCCGATGGGTCCGCTGCTGACCAAACATGTTCGCGTAACTGTACTGGGTACGTTCATTGTGTTGGCAACCTATACGCTGTTTTACATCATGACGGTCTACTCTATGAACTTTAGTACCGCCGCCGCGCCAGTTGGGCTTGGCCTGCCGCGTAACGAAGTGTTGTGAATGtt > 2:252366/1‑300 (MQ=255) gggCTGGCGTGTGCCATTTATCTTCTCGGCGGTGCTGGTCCTTATCGGAATGTATGTTCGCGTGTCGCTGCATGAGTCGCCGGTGTTTGAGAAAGTCGCTAAAGCGAAAAAACAGGTGAAGATCCCGCTGGGTACGCTGCTGACCAAACATGTTCGCGTAACCGTACTGGGTACGTTCATTATGCTGGCAACCTNTACGCTGTTTTACATCATGACGGTCTACTCTATGAACTTTAGTACCGCCGCCGCGCCAGTTGGGCTTGGCCTGCCGCGTAACGAAGTGTTGTGAATGTTgatgat > 2:780445/1‑300 (MQ=255) gggCTGGCGTGTGCCATTTATCTTCTCGGCGGTGCTGGTCATTATCGGCCTGTATGTTCGCGTGTCGCTGCATGAGTCGCCGGTGTTTGAGAAAGTCGCTAAAGCGAAAAAACAGGTGAAGATCCCGCTGGGTACGCTGCTGACCAAACATGTTCGCGTAACCGTACTGGGTACGTTCATTATGCTGGCAACCTATACGCTGTTTTACATCATGACGGTCTACTCTATGACCTTTAGTACCGCCGCCGCGCCAGTTGGGCTTGGCCTGCCGCGTAACGAAGTGTTGTGAATGTTgatgat < 1:26857/300‑1 (MQ=255) ggCGTGTGCCATTTATCTTCTCGGCGGTGCTGGTCATTATCGGCCTGTATGTTCGCGTGTCGCTGCATGAGTCGCCGGTGTTTGAGAAAGTCGCTAAAGCGAAAAAACAGGTGAAGATCCCGCTGGGTACGCTGCTGACCAAACATGTTCGCGTAACCGTACTGGGTACGTTCATTATGCTGGCAACCTATACGCTGTTTTACATCATGACGGTCTACTCTATGACCTTTAGTACCGCCGCCGCGCCAGTTGGGCTTGGCCTGCCGCGTAACGAAGTGTTGTGAATGTTGATGATGGCAg > 1:251678/1‑300 (MQ=255) 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GAGCTGGGGCTGGCGTGTGCCATTTATCTTCTCGGCGGTGCTGGTCATTATCGGCCTGTATGTTCGCGTGTCGCTGCATGAGTCGCCGGTGTTTGAGAAAGTCGCTAAAGCGAAAAAACAGGTGAAGATCCCGCTGGGTACGCTGCTGACCAAACATGTTCGCGTAACCGTACTGGGTACGTTCATTATGCTGGCAACCTATACGCTGTTTTACATCATGACGGTCTACTCTATGACCTTTAGTACCGCCGCCGCGCCAGTTGGGCTTGGCCTGCCGCGTAACGAAGTGTTGTGGATGTTGATGATGGCAGTTATTGGTTTTGGCGTGATGGTGCCAGTCGCTGGATTACTGGCTGATGCCTTTGGTCGCCGTAAAAGCATGGTAATCATCACCACGCTGATCATCCTGTTCGCGCTGTTCGCCTTTAACCCACTGCTCGGTTCTGGCAACCCGATTCTGGTTTTTGCCTTCCTGCTGCTGGGGTTAAGTCTGATGGGTCTGACCTTCGGGCCAATGGGTGCGCTGTTACCAGAGCTGTTTCCGACAGAAGTGCGTTACACCGGAGCATCGTTCTCTTACAACGTAGCGT > NC_000913/3675367‑3675956 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |