New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 2996361 = | NA (NA) | 8 (0.070) | 8/598 | 8.4 | 8.8% | noncoding (1331/1331 nt) | IS2 | repeat region |
? | NC_000913 | 3396891 = | 83 (0.760) | coding (905/1470 nt) | rng | RNase G | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
ACAGTACGTGCTCAATGCTTTCGCGGGTGCGTTTACGCGTCATCTCCACCAGCCCCAGCGCCGAAAAACCATTAACGCTGGTTTTCACCCGGTCTTTGCTCAACGCCTGCTCCAGCGAGTGCAGCACTCGGCGGCGGTGATCTTCATTATTCATATCGATGAAATCAATAATGATAATCCCGCCCAGATTACGCAACCGTAACTGGCGAGCGATAGCCTGCGTCGCTTCAATATTGGTATTGAAAATGGTGTCGTCCAGATTGCGATGACCGACAAACGCTCCGGTATTGATGTCCACGGTGGTCATCGCTTCGGTCTGGTCGATAATGAGATAACCACCGGATTTCAGTTCTACTTTGCGTTCCAGCGCTCGCTGGATTTCGTTTTCGACATCAAAGAGATCGAAAATCGGCTGGCGTCCTGTGTAATGCTCCAGCTTGCTTGTCATCTCGGGAATGTACTCCGAGGTGAACTCAAGTAACGCTTCGTAAGTCAGGCGTGAGTCAACGCGAATGCGGTCCAGTTCGGCATCGGCGAAATCACGCAGAACACGCTGCGCCAGCGCCAGTTCGCCGTACAGCTGATAACGGGTCTGCGGG > NC_000913/3396592‑3397190 | acaGTACGTGCTCAATGCTTTCGCGGGTGCGTTTACGCGTCATCTCCACCAGCCCCAGCGCCGAAAAACCATTAACGCTGGTTTTCACCCGGTCTTTGCTCAACGCCTGCTCCAGCGAGTGCAGCACTCGGCGGCGGTGATCTTCATTATTCATATCGATGAAATCAATAATGATAATCCCGCCCAGATTACGCAACCGTAACTGGCGAGCGATAGCCTGCGTCGCTTCAATATTGGTATTGAAAATGGTGTCGTCCAGATTGCGATGACCGACAAACGCTCCGGTATTGATGTCCACgg < 1:483343/300‑1 (MQ=255) caGTACGTGCTCAATGCTTTCGCGGGTGCGTTTACGCGTCATCTCCACCAGCCCCAGCGCCGAAAAACCATTAACGCTGGTTTTCACCCGGTCTTTGCTCAACGCCTGCTCCAGCGAGTGCAGCACTCGGCGGCGGTGATCTTCATTATTCATATCGATGAAATCAATAATGATAATCCCGCCCAGATTACGAAACCGTAACTGGCGAGCGATAGCCTGCGTCGCTTCAATATTGGTATTGAAAATGGTGTCGTCCAGATTGCGATGACCGACAAACGCTCCGGTATTGATGTCCACggt < 1:422014/300‑1 (MQ=255) gTACGTGCTCAATGCTTTCGCGGGTGCGTTTACGCGTCATCTCCACCATCCCCAGCGCCGAAAAACCATTAACGCTGGTTTTCACCCGGTCTTTGCTCAACGCCTGCTCCAGCNAGTGCAGCACTCGGCGGCGGTGATCTTCATTATTCATATCGATGAAATCAATAATGATAATNCCGCCCAGATTACGCAACCGTAACTGGCGAGCGATAGCCTGCGTCGCTTCAATATTGGTATTGAAAATGGTGTCGTCCAGATTGCGATGACCGACAAACGCTCCGGTATTGATGTCCACggtgg < 2:713033/300‑1 (MQ=255) gTACGTGCTCAATGCTTTCGCGGGTGCGTTTACGCGTCATCTCCACCAGCCCCAGCGCCGAAAAACCATTACCGCTGGTTTTCACCCTTTCTTTGCTCAACGCCTACTCCAGCNAGTGCAGCACTCTGCGGCGGTGATCTTCATTATTCATATCGATGAAATCAATAATGATAATNCCGCCCAGATTACGCAACCGTAACTGGCGAGCGATAGCCTGCGTCGCTTCAATATTGGTATTGAAAATGGTGTCGTCCAGATTGCGATGACCGACAAACGCTCCGGTATTGATGTCCACggtgg < 2:714319/300‑1 (MQ=255) gTACGTGCTCAATGCTTTCGCGGGTGCGTTTACGCGTCATCTCCACCAGCCCCAGCGCCGAAAAACCATTAACGCTGGTTTTCACCCGGTCTTTGCTCAACGCCTGCTCCAGCGAGTGCAGCACTCGGCGGCGGTGATCTTCATTATTCATATCGATGAAATCAATAATGATAATCCCGCCCAGATTACGCAACCGTAACTGGCGAGCGATAGCCTGCGTCGCTTCAATATTGGTATTGAAAATGNTGTCGTCCAGATTGCGATGACCGACAAACGCTCCGGTATTGATGTCCACggtgg > 2:673279/1‑300 (MQ=255) gTACGTGCTCAATGCTTTCGCGGGTGCGTTTACGCGTCATCTCCACCAGCCCCAGCGCCGAAAAACCATTAACGCTGGTTTTCACCCGGTCTTTGCTCAACGCCTGCTCCAGCGAGTGCAGCACTCGGCGGCGGTGATCTTCATTATTCATATCGATGAAATCAATAATGATAATCCCGCCCAGATTACGCAACCGTAACTGGCGAGCGATAGCCTGCGTCGCTTCAATATTGGTATTGAAAATGGTGTCGTCCAGATTGCGATGACCGACAAACGCTCCGGTATTGATGTCCACggtgg > 2:875578/1‑300 (MQ=255) gTACGTGCTCAATGCTTTCGCGGGTGCGTTTACGCGTCATCTCCACCAGCCCCAGCGCCGAAAAACCATTAACGCTGGTTTTCACCCGGTCTTTGCTCAACGCCTGCTCCAGCGAGTGCAGCACTCGGCGGCGGTGATCTTCATTATTCATATCGATGAAATCAATAATGATAATCCCGCCCAGATTACGCAACCGTAACTGGCGAGCGATAGCCTGCGTCGCTTCAATATTGGTATTGAAAATGGTGTCGTCCAGATTGCGATGACCGACAAACGCTCCGGTATTGATGTCCACggtgg > 1:251370/1‑300 (MQ=255) gTACGTGCTCAATGCTTTCGCGGGTGCGTTTACGCGTCATCTCCACCAGCCCCAGCGCCGAAAAAACATTAACGCTGGTTTTCACCCGGTCTTTGCTCAACGCCTGCTCCAGCGAGTGCAGCACTCGGCGGCGGTGATCTTCATTATTCATATCGATGAAATCAATAATGATAATCCCGCCCAGATTACGCAACCGTAACTGGCGAGCGATAGCCTGCGTCGCTTCAATATTGGTATTGAAAATGGTGTCGTCCAGATTGCGATGACCGACAAACGCTCCGGTATTGATGTCCACggtgg > 2:533755/1‑300 (MQ=255) tGCTCAATGCTTTCGCGGGTGCGTTTACGCGTCATCTCCACCAGCCCCAGCGCCGAAAAACCATTAACGCTGGTTTTCACCCGGTCTTTGCTCAACGCCTGCTCCAGCGAGTGCAGCACTCGGCGGCGGTGATCTTCATTATTCATATCGATGAAATCAATAATGATAATCCCGCCCAGATTACGCAACCGTAACTGGCGAGCGATAGCCTGCGTCGCTTCAATATTGGTATTGAAAATGGTGTCGTCCAGATTGCGATGACCGACAAACGCTCCGGTATTGATGTCCACGGTGGTCATc < 1:805393/300‑1 (MQ=255) cTCAATGCTTTCGCGGGTGCGTTTACGCGTCATCTCCACCAGCCCCAGCGCCGAAAAACCATTAACGCTGGTTTTCACCCGGTCTTTGCTCAACGCCTGCTCCAGCGAGTGCAGCACTCGGCGGCGGTGATCTTCATTATTCATATCGATGAAATCAATAATGATAATCCCGCCCAGATTACGCAACCGTAACTGGCGAGCGATAGCCTGCGTCGCTTCAATATTGGTATTGAAAATGGTGTCGTCCAGATTGCGATGACCGACAAACGCTCCGGTATTGATGTCCACggtggttagact < 2:424513/300‑7 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |