| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,153,836 | G→A | Q338* (CAA→TAA) | argE ← | acetylornithine deacetylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,153,836 | 0 | G | A | 99.1% | 375.6 / ‑6.4 | 113 | Q338* (CAA→TAA) | argE | acetylornithine deacetylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (65/47); minor base C (1/0); total (66/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
GATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTGAATAAACGGCGCTTCGGTACAGTAGTTCACCACTTCGGTTTTTGCTCCGAGCAATTTCTCAACCACTTCAACCAGTTGATGATTCGGTGGGCATTCATAGCCAGGGATCGGCGGATGCAGCTCGTCGACCGTCAGACGACCCGGCCAGCGTTCGCTCACCGGAGCCAATGCATCGTTGAGCAAACCATTAAGTTCATTGAGTGTCATGCCAGGCAGCGGACGAATATCCATATGCAACTCACAGCAAGCGCAAATACGGTTAGAAGCGTCGCCACCGTGAATATGCCCGAGGTT > NC_000913/4153540‑4154130 | gATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTAAAt > 2:203617/1‑300 (MQ=255) aTGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTAAATa < 1:280163/300‑1 (MQ=255) gcCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATACGATGCGCAAGCATCGCATCCGCCATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGCTGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACCCCAGCGTCGGGCATAACGTTTAAATAAACGGCGCttggg > 1:200228/1‑297 (MQ=255) gcCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTAAATAAACGGCGCTTCgg > 1:610044/1‑300 (MQ=255) tATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTAAATAAACGGCGCTTCGGTACa > 1:168185/1‑300 (MQ=255) tgaaataatgttatcaatcagtctaggcACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTAAATAAACGGCGCTTCGGTACagtag < 1:323329/273‑1 (MQ=38) atcccctgcgagatgtgtataagagacagcTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTGAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTTATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTAAATAAACGGCGCTTCGGTACagtag < 2:16393/271‑1 (MQ=38) 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aCGTTTAAATAAACGGCGCTTCGGTACAGTAGTTCACCACTTCGGTTTTTGCTCCGAGCAATTTCTCAACCACTTCAACCAGTTGATGATTCGGTGGGCATTCATAGCCAGGGATCGGCGGATGCAGCTCGTCGACCGTCAGACGACCCGGCCAGCGTTCGCTCACCGGAGCCAATGCATCGTTGAGCAAACCATTAAGTTCATTGAGTGTCATGCCAGGCAGCGGACGAATATCCATATGCAACTCACAGCAAGCGCAAATACGGTTAGAAGCGTCGCCACCGTGAATATGCCCGAGGt < 1:47810/300‑1 (MQ=255) cGTTTCAATAAACGGCGCTTCGGTACAGTAGTTCACCACTTCGGTTTTTGCTCCGAGCAATTTCTCAACCACTTCAACCAGTTGATGATTCGGTGGGCATTCATAGCCAGGGATCGGCGGATGCAGCTCGTCGACCGTCAGACGACCCGGCCAGCGTTCGCTCACCGGAGCCAATGCATCGTTGAGCAAACCATTAAGTTCATTGAGTGTCATGCCAGGCAGCGGAAGAATATCCATATGCAACTCCCAGCAAGCGCAAATAAGGTTAGAAGCGTCGCAAACGGGAATATGCCCGAGGtt > 1:50541/1‑300 (MQ=255) cGTTTAAATAAACGGCGCTTCGGTACAGTAGTTCACCACTTCGGTTTTTGCTCCGAGCAATTTCTCAACCACTTCAACCAGTTGATGATTCGGTGGGCATTCATAGCCAGGGATCGGCGGATGCAGCTCGTCGACCGTCAGACGACCCGGCCAGCGTTCGCTCACCGGAGCCAATGCATCGTTGAGCAAACCATTAAGTTCATTGAGTGTCATGCCAGGCAGCGGACGAATATCCATATGCAACTCACAGCAAGCGCAAATACGGTTAGAAGCGTCGCCACCGTGAATATGCCCGAGGtt > 1:50931/1‑300 (MQ=255) | GATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGGTTGGGCATCGTTTGAGTCACTGTAGGTCGGATAAGATGCGCAAGCATCGCATCCGACATTATTGCGGCACTGGAGTTTGGCAACAGCGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACGTTTTAATGCCAGCAAAAATGGTGAATTACCTGGGTTATCAGTTCGCGGGTGGGCTTGATAAACCGTGTTTCCAGATATTCATCAGGTTGATGAGCCTGATTAATTGAGCCAGGCCCCAACACCAGCGTCGGGCATAACGTTTGAATAAACGGCGCTTCGGTACAGTAGTTCACCACTTCGGTTTTTGCTCCGAGCAATTTCTCAACCACTTCAACCAGTTGATGATTCGGTGGGCATTCATAGCCAGGGATCGGCGGATGCAGCTCGTCGACCGTCAGACGACCCGGCCAGCGTTCGCTCACCGGAGCCAATGCATCGTTGAGCAAACCATTAAGTTCATTGAGTGTCATGCCAGGCAGCGGACGAATATCCATATGCAACTCACAGCAAGCGCAAATACGGTTAGAAGCGTCGCCACCGTGAATATGCCCGAGGTT > NC_000913/4153540‑4154130 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |