| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,123,389 | C→T | intergenic (‑50/+42) | ftsN ← / ← cytR | cell division protein FtsN/DNA‑binding transcriptional repressor CytR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,123,389 | 0 | C | T | 99.1% | 399.0 / NA | 110 | intergenic (‑50/+42) | ftsN/cytR | cell division protein FtsN/DNA‑binding transcriptional repressor CytR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (53/56); minor base G (0/1); total (53/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
AGCGTTCTTCTGGTTTTGGTGGTAGTCCGTTTCCGGTCACTTTCTGGCTTTGCAGCGTCTCGGACTCTTCTTTCTTGTGATGCGTAATGAAGTACAGACCACCGATAAAGGTCACAAGAACGGCGGCAGCAATAGCGACCATAGCGGGAGAAACCGCAGGCAGATTTCGTTGCTTTTTCCGTGAGGTGCTCTTTTTTCGCCGCGAAGGTGCCGGTTGGCTGCGGCGTACATAATCTCGTTGTGCCACTATCGTTTCGCTGTATTTATTCGTTCGTCAGCCCGCCATGTTACTTAAGCGGCGGGCCTTTGACCAGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGCCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGGTTGTCAGCGGCGGATCACAAAATTGCGTCAGGTCGATGTTATCAAAACCGATTATGGAAAGGTCTTCCGGGACTTTCAGCCCCTGGCGTTTTGCCTGAGAAAGTGCGC > NC_000913/4123093‑4123681 | tcttctGGTTTTGTTGGTAGTCCGTTTCCGTTCACTTTCTTGCTTTGCAGCGTCTCGGACTCTTCTTTCTTGTGATGCGTAATGAAGTACAGACCACCGATAAAGNTCACAAGAACGGCGGCAGCAATAGCGACCATAGCGGGAGAAACCGCAGGCAGATTTCGTTGCTTTTTCCGTGAGGTGCTCTTTTTTCGCCGCGAAGGTGCCGGTTGGCTGCGGCGTACATAATCTCGTTGTGCCACTATCGTTTCGCTGTATTTATTCGTTCGTCAGCCCGCCATGTTACTTAAGTGGCGGGcc < 2:647095/300‑1 (MQ=255) 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AGCGTTCTTCTGGTTTTGGTGGTAGTCCGTTTCCGGTCACTTTCTGGCTTTGCAGCGTCTCGGACTCTTCTTTCTTGTGATGCGTAATGAAGTACAGACCACCGATAAAGGTCACAAGAACGGCGGCAGCAATAGCGACCATAGCGGGAGAAACCGCAGGCAGATTTCGTTGCTTTTTCCGTGAGGTGCTCTTTTTTCGCCGCGAAGGTGCCGGTTGGCTGCGGCGTACATAATCTCGTTGTGCCACTATCGTTTCGCTGTATTTATTCGTTCGTCAGCCCGCCATGTTACTTAAGCGGCGGGCCTTTGACCAGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGCCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGGTTGTCAGCGGCGGATCACAAAATTGCGTCAGGTCGATGTTATCAAAACCGATTATGGAAAGGTCTTCCGGGACTTTCAGCCCCTGGCGTTTTGCCTGAGAAAGTGCGC > NC_000913/4123093‑4123681 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |