| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,055,494 | C→T | R282R (CGG→CGA) | glnL ← | protein histidine kinase NtrB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,055,494 | 0 | C | T | 98.8% | 282.4 / NA | 82 | R282R (CGG→CGA) | glnL | protein histidine kinase NtrB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (34/46); minor base G (0/1); total (35/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACCTGCCCCAGCGAGCGCACGTTCAAGCACCCAACGGATGGAACTATCGTCATCGACTACCCAGACTATCCCTCGTTGCATAAACGTCACCTTTATTTCCTGATAGGCAGGTAAACCGAGAACTCGGTATGCCCTGGCCAACTGGTAAATTCAATTTTGCCTGAATGCTGATCAATCAAATTACGAGCGATGGATAAGCCAAGCCCGGTGCCACCTTCGCGGCCGCTGACCATCGGGTAAAACAGCGTATCCTGCAAATGAGGCGGAATGCCCGGCCCGTTATCTTCCACATCAATCCGCGCCGCCAGCCGGTAGCGCTCGCCGTGTAAGGTCAGTTGAAACGCGGTGCGGGTACGCAGAATGATTTCACCGCCTTCCGGCCCCAGCGCCTGTAGCGCATTGCGCACAATATTCAGCAAGACCTGTTCAATTTGATCCGGGTCGTGCGCCAGTTCCGGTAGGCTGGGATCGTAATCACGAATCAACCGCACGTTGTCCGGCAGTTCCATCGACACCAGCGTTACCACGCGTTCAGCCACTTTGTGAATACTTTCGGTAACGCGCGTACCGGGCAGCTGCGGCCCCAACAGAC > NC_000913/4055198‑4055789 | aCCTGCCCCAGCGAGCGCACGTTCAAGCACCCAACGGATGGAACTATCGTCATCGACTACCCAGACTATCCCTCGTTGCATAAACGTCACCTTTATTTCCTGATAGGCAGGTAAACCGAGAACTCGGTATGCCCTGGCCAACTGGTAAATTCAATTTTGCCTGAATGCTGATCAATCAAATTACGAGCGATGGATAAGCCAAGCCCGGTGCCACCTTCGCGGCCGCTGACCATCGGGTAAAACAGCGTATCCTGCAAATGAGGCGGAATGCCCGGCCCGTTATCTTCCACATCAATTcgc > 1:214807/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |