| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,661,547 | G→A | G378G (GGG→GGA) | mdtF → | multidrug efflux pump RND permease MdtF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,661,547 | 0 | G | A | 99.1% | 395.5 / NA | 107 | G378G (GGG→GGA) | mdtF | multidrug efflux pump RND permease MdtF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (47/59); minor base C (1/0); total (48/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
CGCTATAACGGCAAACCTGCTGCCGGGATCGCCATCAAACTGGCTGCCGGAGCAAACGCCCTGGATACCTCGCGGGCAGTCAAAGAGGAACTGAACCGCTTATCAGCCTATTTCCCGGCAAGTCTGAAGACGGTTTATCCTTACGACACCACGCCGTTTATCGAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACACTGGTTGAGGCTATCATCCTAGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGTGCCACAATCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTGACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGTGTCATTGCGGAAGATAAGCTACCGCCGAAGGAAGCGACGCATAAATCGATGGGGCAGATCCAACGTGCGCTGGTCGGTATTGCCGTTGTTCTTTCCGCAGTGTTTATGCCGATGGCCTTTATGAGCGGTGCAACCGGGGAGATCTACCGCCAGTTCTCCATCACGCTGATC > NC_000913/3661251‑3661838 | cgttataACGGCAAACCTGCTGCCGGGATCGCCATCAAACTGGCTGCCGGAGCAAACGCCCTGGATACCTCGCGTGCAGTCAAAGAGGAACTGAACCGCTTATCAGCCTATTTCCCTGCAAGTCTGAAGACGGTTTATCCTTACGACACCACGCCGTTTATCGAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACACTGGTTGAGGCTATCATCCTAGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGTGCCACAATCATCCCGACGGTTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGAACg < 2:70321/297‑1 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ccACAACCATCCCGACGATTGCGGTACCTGTGGTTGTTCTCGGAACGTTTGCGATCTTGTCGGTGGTCGGTTTCACCATCAACACGGTGACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGTGTCATTGCGGAAGATAAGCTACCGCCGAAGGAAGCGACGCATAAATCGATGGGGCAGATCCAACGTGCGCTGGTCGGTATTGCCGTTGTTCTTTCCGCAGTGTTTATGCCGATGGCCTTTATGAGCGGTGCAACCg < 2:361651/300‑1 (MQ=255) ccACAACCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGAACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTGACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGNCGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGTGTCATTGCGGAAGATAAGCTACCGCCGAAGGAAGCGACGCATAAATCGATGGGGCAGATCCAACGTGCGCTGGTCGGTATTGCCGTTGTTCTTTCCGCAGTGTTTATGCCGATGGCCTTTATGAGCGGTGCAACCg < 2:164015/300‑1 (MQ=255) acaATCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGAACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTGACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGTGTCATTGCGGAAGATAAGCTACCGCCGAAGGAAGCGACGCATAAATCGATGGGGCAGATCCAACGTGCGCTGGTCGGTATTGCCGTTGTTCTTTCCGCAGTGTTTATGCCGATGGCCTTTATGAGCGGTGCAACCggg > 1:172790/1‑300 (MQ=255) tcCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGAACGTTTGCGATCTTGTCGGNGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTGACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGTGTCATTGCGGAAGATAAGCTACCGCCGAAGGAAGCGACGCATAAATCGATGGGGCAGATCCAACGTGCGCTGGTCGGTATTGCCGTTGNTCTTTCCGCAGTGTTTATGCCGATGGCCTTTATGAGCGGTGCAACCGGGGAGATCt < 2:685790/300‑1 (MQ=255) tacgaGTGCCGTACCAGTGGGTATTCTCGGAACGTTTGCGATCTTGTCTGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTGACTATGTTCTGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGTGTCATTGCGGAAGATAAGCTACCGCCGAAGGAAGCGACGCATAAATCGATGGGGCAGATCCAACGTGCGCTGGTCGGTATTGCCGTTGTTCTTTCCGCAGTGTTTATGCCGATGGCCTTTATGAGCGGTGCAACCGGGGAGATCTACCg < 2:142312/299‑1 (MQ=255) ccGTACCGGTGGTTATTCTCGGAACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTGACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGTGTCATTGCGGAAGATAAGCTACCGCCGAAGGAAGCGACGCATAAATCGATGGGGCAGATCCAACGTGCGCTGGTCGGTATTGCCGTTGTTCTTTCCGCAGTGTTTATGCCGATGGCCTTTATGAGCGGTGCAACCGGGGAGATCTACCGCCAGTtct > 1:573937/1‑300 (MQ=255) 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CGCTATAACGGCAAACCTGCTGCCGGGATCGCCATCAAACTGGCTGCCGGAGCAAACGCCCTGGATACCTCGCGGGCAGTCAAAGAGGAACTGAACCGCTTATCAGCCTATTTCCCGGCAAGTCTGAAGACGGTTTATCCTTACGACACCACGCCGTTTATCGAAATTTCTATTCAGGAAGTTTTCAAAACACTGGTTGAGGCTATCATCCTAGTCTTCCTGGTCATGTATCTGTTTTTGCAGAATTTCCGTGCCACAATCATCCCGACGATTGCCGTACCGGTGGTTATTCTCGGGACGTTTGCGATCTTGTCGGCGGTCGGTTTCACCATCAACACGTTGACTATGTTCGGGATGGTGCTGGCGATAGGGTTACTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGTGTCATTGCGGAAGATAAGCTACCGCCGAAGGAAGCGACGCATAAATCGATGGGGCAGATCCAACGTGCGCTGGTCGGTATTGCCGTTGTTCTTTCCGCAGTGTTTATGCCGATGGCCTTTATGAGCGGTGCAACCGGGGAGATCTACCGCCAGTTCTCCATCACGCTGATC > NC_000913/3661251‑3661838 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |