| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 420,423 | G→A | G278D (GGC→GAC) | brnQ → | branched chain amino acid transporter BrnQ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 420,423 | 0 | G | A | 98.7% | 281.1 / NA | 79 | G278D (GGC→GAC) | brnQ | branched chain amino acid transporter BrnQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (53/25); total (53/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATCAAAACGCTGCGTTTTCTAACGGCTTCGTTAACGGCTATCTGACCATGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGGCGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGTGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCTTAAGCCAGCTGATCCAGATCTCCGTACCGGTGCTGACCGCTATTTATCCGCCGTGTATCGCACTGGTTGTATTAAGTTTTACACGCTCATGGTGGCATAATTCGTCCCGCGTGATTGCTCCGC > NC_000913/420131‑420710 | tATCAAAACGCTGCGTTTTCTAACGGCTTCGTTAACGGCTATCTGACCATGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGACGGTAGc > 1:302682/1‑300 (MQ=255) aaCGGCTTCGTTAACGGCTATCTTACCATGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCTGCGCGTTCTCGGGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGACGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATc < 1:557599/300‑1 (MQ=255) gTTAACGGCTATCTGACCATGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGACGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCgcc > 1:737320/1‑300 (MQ=255) tcttaCCATGGATACGCTGTGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGACGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAAc < 2:373453/296‑1 (MQ=255) tGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGACGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTg > 1:114016/1‑300 (MQ=255) tGGATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGACGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTg > 2:472242/1‑300 (MQ=255) ggATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTNTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCNGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGACGGTAGCTACCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTgg > 2:482367/1‑300 (MQ=255) ggATACGCTGGGCGCAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTAACTGGCGCTGTTCCGTCTAGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTAGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGACGGTAGCTTCTTGCTGGTGGCGTTAATCTTCATCAACTGCCCGGTAACGGTAGTTgg > 2:111092/1‑300 (MQ=255) aCGCTGGGCGTAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGACGGTAGCTTCCTGCTGGCGTCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTGGCCTg < 2:673677/300‑1 (MQ=255) gcAATGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGACGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCt < 2:438944/300‑1 (MQ=255) aTGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGACGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTtgt > 2:322468/1‑300 (MQ=255) tGGTGTTTGGTATCGTTATTGTTACCGCAGCACGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGTCTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGTGCTGCCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAACCGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCCGCACACCTTTGGCGGTGACGGTAGCTTCCCGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTtgtg < 2:83642/300‑1 (MQ=255) gtgtTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGACGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCa > 2:453172/1‑300 (MQ=255) 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gtTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGACGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGa > 1:656641/1‑300 (MQ=255) gtTTGGTATCGTTATTGTTAACGCGGCGCGTTCTCGTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGACGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTGGCATGACCTGTGCTTGTGCAGa > 1:656639/1‑300 (MQ=255) cGTTATTGTTAACGCTGCGCTTTCTCGTTGCGTTACCTAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGACGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTGGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGc < 2:319778/300‑1 (MQ=255) 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ctcGTGGCGTTACCGAAGCGCGCCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGCCGACGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTCCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATc > 1:632444/1‑300 (MQ=255) gTGGCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGACGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTa < 1:745415/300‑1 (MQ=255) gCGTTACCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGACGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGc < 1:90735/300‑1 (MQ=255) aCCGAAGCGCGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGACGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGgtg > 1:219406/1‑300 (MQ=255) gcgcGTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGACGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGTGTTTATc < 1:66897/300‑1 (MQ=255) cgcgTCTGCTGACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGACGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGTGTTTATcc < 1:455436/300‑1 (MQ=255) gctgACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGACGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGTGTTTATCCTcggcgg > 2:315000/1‑300 (MQ=255) gACCCGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGACGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGTGTTTATCCTCGGCGGCtt > 1:452885/1‑300 (MQ=255) ccGTTATACCGTCTGGGCTGGCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGACGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGTGTTTATCCTCGGCGGCTtctc > 1:722225/1‑300 (MQ=255) 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ggCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGACGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGTGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTc > 1:402670/1‑300 (MQ=255) ggCCTGATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCCGCGACGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCATCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTCTCTTATCGTACGCTGGTGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTc > 1:112941/1‑300 (MQ=255) gATGGCGGGTGTTGGTCTGACTCTGCTGTACCTGGCGCTGTTCCGTCTGGGGTCAGACAGCGCGTCGCTGGTCGATCAGTCTGCAAACGGCGCTGCTATTCTGCATGCTTACGTTCAGCACACCTTTGGCGGCGACGGTAGCTTCCTGCTGGCGGCGTTAATCTTCANCGCCTGCCTGGTAACGGCAGTTGGCCTGACCTGTGCTTGTGCAGAATTCTTTGCCCAGTACGTACCGCTTTCTTATCGTACGCTGGTGTTTATCCTCGGCGGCTTCTCGATGGTGGTTTCTAACCTCGGCtt > 2:170158/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |