| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 3,773,173 | Δ1 bp | coding (893/1914 nt) | mtlA → | mannitol‑specific PTS enzyme IICBA component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,773,173 | 0 | G | . | 98.2% | 542.8 / 1.3 | 109 | coding (893/1914 nt) | mtlA | mannitol‑specific PTS enzyme IICBA component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base . (70/37); total (71/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
GGTATTCAGCAGTCCCATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTCCGGGTTCTATCCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAAAGGTGCTTACTTCGCTAACATCGCGGGTGTGTGTGCGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCTCTGCTATTTTGCTGAAAACCAGCAAAGTGAAAGAAGAAGATGATATTGAAGCAGCAACTCGTCGTATGCAGGACATGAAAGCTGAGTCTAAAGGCGCATCTCCGCTGTCTGCTGGCGATGTGACTAACGACCTGAGCCACGTACGTAAAATCATCGTTGCCTGTGACGCCGGTATGGGTTCCAGTGCGA > NC_000913/3772884‑3773457 | ggTATTCAGCAGTCCCATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGTGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTCCGG‑TTTTATCCTTg < 1:221283/300‑1 (MQ=255) gTATTCAGCAGTCCCATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTCCGG‑TTTTATCCTTGc > 1:17622/1‑300 (MQ=255) cagcagTCCCATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGTTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTCCGG‑TTTTATCCTTGCTGTAc < 1:641667/300‑1 (MQ=255) cattCCCATGGACTGGATAAAGCAACCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTTCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCGCTAGTCGTGGCAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCTGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCATGTGTACTGATGAATCCGCGGCTGATCCTCACAGTCATCCTCGGCGGTAGGACTGGAGTGTGCACGCTGATTATCCTGGGCGGGGGGCTGGTGGCGACGGCATCTCCggggggatcagtgcggtactgg < 2:244095/297‑20 (MQ=255) 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ggtCTGGTTTCTCCGGCATCTCCGG‑TTTTATCCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAAAGGTGCTTACTTCGCTAACATCGCGGGTGTGTGTGCGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCTCTGCTATTTTGCTGAAAACCAGCAAAGTGAAAGAAGAAGATGATATTGAAGCAGCAACTCGTCGTATGCAGGACATGAAAGCTGAGTCTAAAGGCGCATCTCCGCTGTCTGCTGGCGATGTGACTAACGACCTGAGCCACGTACGTAAAATCATCGTTGCCTGTGACGCCGGTATGGGtt < 1:189548/300‑1 (MQ=255) gTTTCTCCGGCATCTCCGG‑TTTTATCCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAAAGGTGCTTACTTCGCTAACATCGCGGGTGTGTGTGCGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCTCTGCTATTTTGCTGAAAACCAGCAAAGTGAAAGAAGAAGATGATATTGAAGCAGCAACTCGTCGTATGCAGGACATGAAAGCTGAGTCTAAAGGCGCATCTCCGCTGTCTGCTGGCGATGTGACTAACGACCTGAGCCACGTACGTAAAATCATCGTTGCCTGTGACGCCGGTATGGGTTCCAGTg < 1:220782/300‑1 (MQ=255) tctcCGGCATCTCCGG‑TTTTATCCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAAAGGTGCTTACTTCGCTAACATCGCGGGTGTGTGTGCGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCTCTGCTATTTTGCTGAAAACCAGCAAAGTGAAAGAAGAAGATGATATTGAAGCAGCAACTCGTCGTATGCAGGACATGAAAGCTGAGTCTAAAGGCGCATCTCCGCTGTCTGCTGGCGATGTGACTAACGACCTGAGCCACGTACGTAAAATCATCGTTGCCTGTGACGCCGGTATGGGTTCCAGTGCGa > 1:579722/1‑300 (MQ=255) | GGTATTCAGCAGTCCCATGAACTGGGTAAATCAATCTTCTTCCTGATTGAAGCTAACCCAGGTCCAGGTATGGGCGTGCTGCTGGCGTACATGTTCTTTGGTCGTGGTAGCGCTAAACAGTCTGCGGGCGGTGCGGCAATCATCCACTTCCTGGGGGGTATCCACGAAATCTACTTCCCGTATGTGCTGATGAATCCGCGTCTGATCCTCGCAGTCATCCTCGGCGGTATGACTGGCGTGTTCACGCTGACTATCCTGGGCGGTGGTCTGGTTTCTCCGGCATCTCCGGGTTCTATCCTTGCTGTACTGGCGATGACACCAAAAGGTGCTTACTTCGCTAACATCGCGGGTGTGTGTGCGGCGATGGCTGTCTCCTTCGTTGTCTCTGCTATTTTGCTGAAAACCAGCAAAGTGAAAGAAGAAGATGATATTGAAGCAGCAACTCGTCGTATGCAGGACATGAAAGCTGAGTCTAAAGGCGCATCTCCGCTGTCTGCTGGCGATGTGACTAACGACCTGAGCCACGTACGTAAAATCATCGTTGCCTGTGACGCCGGTATGGGTTCCAGTGCGA > NC_000913/3772884‑3773457 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |