| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 1,705,108 | G→A | G54R (GGG→AGG) | cnu → | H‑NS‑ and StpA‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,705,108 | 0 | G | A | 99.1% | 370.6 / NA | 106 | G54R (GGG→AGG) | cnu | H‑NS‑ and StpA‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (44/61); total (44/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
TTTCATCCCTGAATATTTGCCATCAGCGCATTCTTATTATTGTAATAACACAAGCGTTCACTTTTGG‑TGAAATTTTATCATCACTAATAATACCTACCCCTTTGGTATTAATTATTTTATGGACCTTTTATGACTGTTCAGGACTACTTATTAAAATTTCGCAAAATCAGTTCACTCGAAAGTCTGG‑AAAAACTCTACGACCATCTTAATTACACCCTGACGGACGATCAGGAACTGATCAATATGTATCGTGCTGCCGATCACCGTCGCGCAGAGCTGGTTTCTGGCGGGCGTTTGTTTGACCTCGGCCAGGTACCGAAGTCCGTCTGGCACTATGTCCAATAAAGAAAGTAGCGATCGGTTATAAAAGCCTTATAATAACGCCCCTAAAATTAGATTTGCCTGTTTGCGTCGCTATTCTGGAGAACCTATGACCACCACAACGCCACAACGTATTGGAGGCTGGTTGCTTGGCCCGTTGGCCTGGCTTTTAGTCGCTCTGTTGAGTACGACGCTGGCGTTGTTGCTGTATACCGCTGCGTTATCTTCTCCGCAAACATTTCAAACGCTCGGCGGACAAGCAC > NC_000913/1704820‑1705403 | tttCATCCCTGAATATTTGCCATCAGCACATTCTTATTATTGTAATAACACAAGCGTTCACTTTTGG‑TGAAATTTTATCATCACTAATAATACCTACCCCTTTGGTATTAATTATTTTATGGACCTTTTATGACTGTTCAGGACTACTTATTAAAATTTCGCAAAATCAGTTCACTCGAAAGTCTGG‑AAAAACTCTACGACCATCTTAATTACACCCTGACGGACGATCAGGAACTGATCAATATGTATCGTGCTGCCGATCACCGTCGCGCAGAGCTGGTTTCTGGCAGGCgtttgttt < 2:106233/300‑1 (MQ=255) 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gcgCTGGTTTCTGGCAGGCGTTTGTTTGACCTCGGCCAGGTACCGAAGTCCGTCTGGCACTATGTCCAATAAAGAAAGTAGCGATCGGTTATAAAAGCCTTATAATAACGCCCCTAAAATTAGATTTGCCTGTTTGCGTCGCTATTCTGGAGAACCTATGACCACCACAACGCCACAACGTATTGGAGGCTGGTTGCTTGGCCCGTTGGCATGGCTTTTAGTCGCTCTGTTGAGTACGACGCTGGCGTTGTTGCTGTATACCGCTGCGTTATCTTCTCCGCAAACATTTCAAACGCTcgg > 1:293330/3‑300 (MQ=255) gTTTCTGGCAGGCGTTTGTTTGACCTCGGCCAGGTACCGAAGTCCGTCTGGCACTATGTCCAATAAAGAAAGTAGCGATCGGTTATAAAAGCCTTATAATAACGCCCCTAAAATTAGATTTGCCTGTTTGCGTCGCTATTCTGGAGAACCTATGACCACCACAACGCCACAACGTATTGGAGGCTGGTTGCTTGGCCCGTTGGCCTGGCTTTTAGTCGCTCTGTTGAGTACGACGCTGGCGTTGTTGCTGTATACCGCTGCGTTATCTTCTCCGCAAACATTTCAAACGCTCGGCGGACa < 1:384987/300‑1 (MQ=255) tGGCAGGCGTTTGTTTGACCTCGGCCAGGTACCGAAGTCCGTCTGGCACTATGTCCAATAAAGAAAGTAGCGATCGGTTATAAAAGCCTTATAATAACGCCCCTAAAATTAGATTTGCCTGTTTGCGTCGCTATTCTGGAGAACCTATGACCACCACAACGCCACAACGTATTGGAGGCTGGTTGCTTGGCCCGTTGGCCTGGCTTTTAGTCGCTCTGTTGAGTACGACGCTGGCGTTGTTGCTGTATACCGCTGCGTTATCTTCTCCGCAAACATTTCAAACGCTCGGCGGACAAGCAc < 1:93569/300‑1 (MQ=255) | TTTCATCCCTGAATATTTGCCATCAGCGCATTCTTATTATTGTAATAACACAAGCGTTCACTTTTGG‑TGAAATTTTATCATCACTAATAATACCTACCCCTTTGGTATTAATTATTTTATGGACCTTTTATGACTGTTCAGGACTACTTATTAAAATTTCGCAAAATCAGTTCACTCGAAAGTCTGG‑AAAAACTCTACGACCATCTTAATTACACCCTGACGGACGATCAGGAACTGATCAATATGTATCGTGCTGCCGATCACCGTCGCGCAGAGCTGGTTTCTGGCGGGCGTTTGTTTGACCTCGGCCAGGTACCGAAGTCCGTCTGGCACTATGTCCAATAAAGAAAGTAGCGATCGGTTATAAAAGCCTTATAATAACGCCCCTAAAATTAGATTTGCCTGTTTGCGTCGCTATTCTGGAGAACCTATGACCACCACAACGCCACAACGTATTGGAGGCTGGTTGCTTGGCCCGTTGGCCTGGCTTTTAGTCGCTCTGTTGAGTACGACGCTGGCGTTGTTGCTGTATACCGCTGCGTTATCTTCTCCGCAAACATTTCAAACGCTCGGCGGACAAGCAC > NC_000913/1704820‑1705403 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |