| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,217,993 | 0 | C | T | 68.8% | 117.0 / 72.3 | 80 | A362T (GCG→ACG) | aer | aerotaxis receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/14); new base T (21/34); total (32/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.15e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCCCATCGGCCTGTTCCAGCGTTGAATGGCTAATCTGGGCGATCAACTGGGTGACGTTTTTCACCTGTGCCACAATATCTTCCATCGTCCGTCCGGCGGCGTGTACCTGCTGCGAACCGGATTGCACCTTATCAGCACTGGCATCAATCAGCTTGCGAATATCGTTGGCAGCATTAGCGCTGCGGCTGGCTAAATGACGCACTTCCCCTGCCACCACTGCAAAACCTTTGCCCTGTTCGCCGGCACGCGCCGCTTCCACCGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGAAACGCAATATCGTTAATCAGCGAAGTAATGGTGCCAATGCGCTGGGTACTGTCGGCGATATCGTCCATTGTCTTGATCACCGTGGTCATCGCCTCCCCACCCTGCACTGCCGCATTACTGGCAGTGATTGACAGTTTATCGGCAGCCGACGCCGTGGCAGAGTTCTGTTTCACCGACGCCGCCATTTGGTTCATGGTCGCCACCGTTTGCTGAACGTTATCAACTGTCTGCTGGGTATGTTCGTTCAGTTCATCGGTGCCTTTCGCCAGCGTCTCACTGCCATTTCTGACACTGGACACCTG > NC_000913/3217699‑3218290 | gCCCATCGGCTTGTTCCAGCGTTGAATGGCTAATCTGGGCGATCAACTGGGTGACGTTTTTCACCTGTGCCACAATATCTTCCATCGTCCGTCCGGCGGCGTGTACCTGCTGCGAACCGGATTGCACCTTATCAGCACTGGCATCAATCAGCTTGCGAATATCGTTGGCAGCATTAGCGTTGCGGCTGGCTAAATGACGCACTTCCCCTGCCACCACTGCAAAACCTTTGCCCTGTTCGCCGGCACGCGCCGCTTCCACCGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGAAACGTAatat < 1:34350/300‑1 (MQ=255) ccATCGGCCTGTTCCAGCGTTGAATGGCTAATCTGGGCGATCAACTGGGTGACGTTTTTCACCTGTGCCACAATATCTTCCATCGTCCGTCCGGCGGCGTGTACCTGCTGCGAACCGGATTGCACCTTATCAGCACTGGCATCAATCAGCTTGCGAATATCGTTGGCAGCATTAGCGCTGCGGCTGGCTAAATGAAGCACTTCCCCTGCCACCACTGCAAAACCTTTGCCCTGTTCGCCGGCACGCGCCGCTTCCACCGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGAAACGTAATATCg > 1:730422/1‑300 (MQ=255) tGTTCCAGCGTTGAATGGCTAATCTGGGCGATCAACTGGTTGACGTTTTTCACCTGTGCCACAATATCTTCCATCGTCCGTCCGGCGGCGTGTACCTGCTGCGAACCGGATTGCACCTTATCAGCACTGGCATCAATCAGCTTGCGAANATCGTTGGCAGCATTAGCGCTGCGGCNGGCGAAATGACGCACTTCCCCTGCCACCACTGCAAAACCTTTGCCCTGTTCGCCGGCACGCGCCGCTTCCACCGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGAAACGTAATATCGTTAATCAGc < 2:589646/300‑1 (MQ=255) ttGAATGGCTAATTTGGGCGATCAACTGGGTGACGTTTTTCACCGGTGCCACAATATCTTCCATCGTCCGTTCGGCGGCGTGTACCTACTGCGAACCGGATTGCACCTTATCAGCATTGGCGTCAATCAGCTTGCGAATATCGTTGGCAGCATGAGCGCTGCGGCTGGTTAAATGACGCACTTCCCCTGCCACCACTGCAAAACCTTTGCCCTGTTCGCCGGCACGCGCCGCTTCCACCGCCACATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGAAACGTAATATCGTTAATTAGCGAAGTAATgg < 2:182389/300‑1 (MQ=255) ttGAATGGCTAATCTGGGCGATCAACTGGGTGACGTTTTTCACCTGTGCCACAATATCTTCCATCGTCCGTCCGGCGGCGTGTACCTGCTGCGAACCGGATTGCACCTTATCAGCACTGGCATCAATCAGCTTGCGAATATCGTTGGCAGCATTAGCGCTGCGGCTGGCTAAATGACGCACTTCCCCTGCCACCACTGCAAAACCTTTGCCCTGTTCGCCGGCACGCGCCGCTTCCACCGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGAAACGTAATATCGTTAATCAGCGAAGTAATgg < 1:319782/300‑1 (MQ=255) ttGAATGGCTAATCTGGGCGATCAACTGGGTGACGTTTTTCACCTGTGCCACAATATCTTCCATCGTCCGTCCGGCGGCGTGTACCTGCTGCGAACCGGATTGCACCTTATCAGCACTGGCATCAATCAGCTTGCGAATATCGTTGGCAGCATTAGCGCTGCGGCTGGCTAAATGACGCACTTCCCCTGCCACCACTGCAAAACCTTTGCCCTGTTCGCCGGCACGCGCCGCTTCCACCGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGAAACGCAATATCGTTAATCAGCGAAGTAATgg < 1:668186/300‑1 (MQ=255) cGATCAACTGGGTGACGTTTTTCACCTGTGCCACAATATCTTCCATCGTCCGTCCGGCGGCGTGTACCTGCTGCGAACCGGATTGCACCTTATCAGCACTGGCATCAATCAGCTTGCGAATATCGTTGGCAGCATTAGCGCTGCGGCTGGCTAAATGACGCACTTCCCCTGCCACCACTGCAAAACCTTTGCCCTGTTCGCCGGCACGCGCCGCTTCCACCGCCGCATTCAGGGCCAGAATATTGGTCTGAAACGTAATATCGTTAATCAGCGAAGTAATGGTGCCAATGCGCTGGGTAc < 1:71799/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |