| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | = 4123474 | 49 (0.470) | 99 (0.950) | 71/598 | 0.2 | 66.9% | coding (983/1026 nt) | cytR | DNA‑binding transcriptional repressor CytR |
| ? | NC_000913 | 4507459 = | NA (NA) | noncoding (1221/1221 nt) | IS30 | repeat region | |||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
CGTAATGAAGTACAGACCACCGATAAAGGTCACAAGAACGGCGGCAGCAATAGCGACCATAGCGGGAGAAACCGCAGGCAGATTTCGTTGCTTTTTCCGTGAGGTGCTCTTTTTTCGCCGCGAAGGTGCCGGTTGGCTGCGGCGTACATAATCTCGTTGTGCCACTATCGTTTCGCTGTATTTATTCGTTCGTCAGCCCGCCATGTTACTTAAGCGGCGGGCCTTTGACCAGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGCCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGATCAAGCAATAACAGCATAGCTTCCCGACCGATTTCGTAACGCGGCTGCGCGATGGTTGTCAGCGGCGGATCACAAAATTGCGTCAGGTCGATGTTATCAAAACCGATTATGGAAAGGTCTTCCGGGACTTTCAGCCCCTGGCGTTTTGCCTGAGAAAGTGCGCCGAGCGCCATCACATCGCTATGGCAGAAGACAGCAGTAGGCGGTTGTGGAAGATCAAGCAGCTGCTGCATCGCTTTGCTTCCGGCTTCGAA > NC_000913/4123175‑4123772 | aTGAAGTACAGACCACCGATAAAGGTCACAAGAACGGCGGCAGCAATAGCGACCATAGCGGGAGAAACCGCAGGCAGATTTCGTTGCTTTTTCCGTGAGGTGCTCTTTTTTCGCCGCGAAGGTGCCGGTTGGCTGCGGCGTACATAATCTCGTTGTGCCACTATCGTTTCGCTGTATTTATTCGTTCGTCAGCCCGCCATGTTACTTAAGCGGCGGGCCTTTGACCAGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCACGGATGATAAGTTCGCAGTCCAt > 2:374848/1‑300 (MQ=255) gAAGTACAGACCACCGATAAAGGTCACAAGAACGGCGGCAGCAATAGCGACCATAGCGGGAGAAACCGCAGGCAGATTTCGTTGCTTTTTCCGTGAGGTGTTCTTTTTTCGCCGCGAAGGTGCCGGTTGGCTGCGGCGTACATAATCTCGTTGTGCCACTATCGTTTCGCTGTATTTATTCGTTCGTCAGCCCGCCATGTTACTTAAGCGGCGGGCCTTTGACCAGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTa > 2:281788/1‑300 (MQ=255) gTACAGACCCCCGATAAAGGTCACAAGAACGGCGGCAGCAATAGCGACCATAGCGGGAGAAACCGCAGGCAGATTTCGTTGCTTTTTCCGTGAGGTGCTCTTTTTTCGCCGCGAAGGTGCCGGTTGGCTGCGGCGTACATAATCTCGTTGTGCCAATATCGTTTCGCTGTATTTATTCGTTCGTCAGCCCGCCATGTTACTTAAGCGGCGGGCCTTTGACCAGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATAATAAGTTCGAAGTCCATTAAAc > 1:744015/1‑300 (MQ=255) gTACAGACCACCGATAAAGGTCACAAGAACGGCGGCAGCAATAGCGACCATAGCGGGAGAAACCGCAGGCAGATTTCGTTGCTTTTTCCGTGAGGTGCTCTTTTTTCGCCGCGAAGGTGCCGGTTGGCTGCGGCGTACATAATCTCGTTGTGCCAATATCGTTTCGCTGTATTTATTCGTTCGTCAGCCCGCCATGTTACTTAAGCGGCGGGCCTTTGACCAGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTACGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTtgtagattc > 1:569167‑M1/1‑291 (MQ=255) gACCACCGATAAAGGTCACAAGAACGGCGGCAGCAATAGCGACCATAGCGGGAGAAACCGCAGGCAGATTTCGTTGCTTTTTCCGTGAGGTGCTCTTTTTTCGCCGCGAAGGTGCCGGTTGGCTGCGGCGTACATAATCTCGTTGTGCCACTATCGTTTCGCTGTATTTATTCGTTCGTCAGCCCGCCATGTTACTTAAGCGGCGGGCCTTTGACCAGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGagag > 2:3659/1‑300 (MQ=255) caccGATAAAGGTCACAAGAACGGCGGCAGCAATAGCGACCATAGCGGGAGAAACCGCAGGCAGATTTCGTTGCTTTTTCCGTGAGGTGCTCTTTTTTCGCCGCGAAGGTGCCGGTTGGCTGCGGCGTACATAATCTCGTTGTGCCACTATCGTTTCGCTGTATTTATTCGTTCGTCAGCCCGCCATGTTACTTAAGCGGCGGGCCTTTGACCAGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTtgtagattcaatctgtc < 1:761310‑M1/300‑18 (MQ=255) ccGATAAAGGTCACAAGAACGGCGGCAGCAATAGCGACCATAGCGGGAGAAACCGCAGGCAGATTTCGTTGCTTTTTCCGTGAGGTGCTCTTTTTTCGCCGCGAAGGTGCCGGTTGGCTGCGGCGTACATAATCTCGTTGTGCCACTATCGTTTCGCTGTATTTATTCGTTCGTCAGCCCGCCATGTTACTTAAGCGGCGGGCCTTTGACCAGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGCCaat > 2:154139/1‑298 (MQ=255) 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ggcAGCAATAGCGACCATAGCGGGAGAAACCGCAGGCAGATTTCGTTGCTTTTTCCGTGAGGTGCTCTTTTTTCGCCGCGAAGGTGCCGGTTGGCTGCGGCGTACATAATCTCGTTGTGCCACTATCGTTTCGCTGTATTTATTCGTTCGTCAGCCCGCCATGTTACTTAAGCGGCGGGCCTTTGACCAGTCACGGCAGTCTTAAAGGTTTACTTTAAGGTAACGCGCGTGTTGATCCCCGGATGATAAGTTCGCAGTCCATTAAACGAGAGCCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCAttt > 1:79517/1‑300 (MQ=255) cgctcagacagtgtcaggtgagctacagcccgcttacgctcatggggttttatgccgccagtatcccttaacatagtgaagatcgttccgggttttgaacccaggatattcgctatttcactgaagcctgttccgttcttccatagttcaaaaacagaggctttttcctctgctgtaaatgttcgtctcattcaaaaaacctccgcaaccccatgttttcacataactgttgcgttgaccaattgaatctacaGTCCATTAAACGAGAGCCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGAt < 1:1859‑M2/47‑1 (MQ=255) cgctcagacagtgtcaggtgagctacagcccgcttacgctcatggggttttatgccgccagtatcccttaacatagtgaagatcgttccgggttttgaacccaggatattcgctatttcactgaagcctgttccgttcttccatagttcaaaaacagaggctttttcctctgctgtaaatgttcgtctcattcaaaaaacctccgcaaccccatgttttcacataactgttgcgttgaccaattgaatctacaGTCCATTAAACGAGAGCCACTGCCAACGTGTTGCCCCTGCATTTGAt > 2:516519‑M2/254‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |