| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1591976 = | 106 (1.020) | 19 (0.180) | 18/598 | 4.9 | 15.2% | coding (201/1323 nt) | hipA | serine/threonine‑protein kinase toxin HipA |
| ? | NC_000913 | = 1651548 | NA (NA) | noncoding (706/706 nt) | IS2 | repeat region | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
GTCATTGCCTATTCTGAGCAGTGCTGTCTTCTCCTGTGCGCCAGCAACCGAGATGCGAAAGTCATTTTCTTCTCTAATCATGCCTAGCGGGATATCTGCTTTATAAGCCGTTAATACTTCTTCAAGTCTGGCTTCAGTAAGCTTTTCCCATGCCATTATCGGATGCGTTACGGTTTCGTCTTCGGGTATTAACGTCACGGCACCAACGCTGTCTCGCCCTATTTCTGACAATAAATCAAACGGTTGTCTGGATTTGGCATGATAACGTTTAACGATCCGGTCACGTACAATCGGGCTATCGGGTAACAGGTTATCGAAGAAGTTAAATACGGCATCAGAGGTGATATTCCCCCTCTGCAATGGCAGCGAAAGTGACAACGGTCTGGCATAACGGCTTGCTAACCACTCCGGTGCATACTTAAAGGTGTGCGCGCCGTTGGCTAACTTCGTTAACTCGCCTACCCGCTGGTTGTTCATCCAAGTGACAAGTTTAGGCATTACCACTCCAGATTTTGCTGTTCTGTTGATTCTGGCGAGGCATTTTTCGCGTCGCATAGCGTCATTGAGAGTTCAAGCGACTGTAAAATCTTAAAAAATG > NC_000913/1591679‑1592276 | gTCATTGCCTATTCTGAGCAGTGCTGTCTTCTCCTGTGCGCCAGCAACCGAGATGCGAAAGTCATTTTCTTCTCTAATCATGCCTAGCGGGATATCTGCTTTATAAGCCGTTAATACTTCTTCAAGTCTGGCTTCAGTAAGCTTTTCCCATGCCATTATCGGATGCGTTACGGTTTCGTCTTCGGGTATTAACGTCACGGCACCAACGCTGTCTCGCCCTATTTCTGACAATAAATCAAACGGTTGTCTGGATTTGGCATGATAACGTTTAACGATCCGGTCACGTACAATCGGGCTATc > 1:324474/1‑300 (MQ=255) cATTGCCTATTCTGAGCAGTGCTGTCTTCTCCTGTGCGCCAGCAACCGAGATGCGAAAGTCATTTTCTTCTCTAATCATGCCTAGCTGGATATCTGCTTTATAAGCCGTTAATACTTCTTCAAGTCTGGCTTCAGTAAGCTGTTCCCATGCCATTATCGGATGCGTTACGGTTTCGTCTTCGGGTATTAACGTCACGGCACCAACGCTGTCTCGCCCTATTTCTGACAATAAATCAAACGTTTGTCTGGATTTGGCATGATAACGTTTAACGATCCGGTCACGTACAATCGGGCTATCgg < 2:862464/300‑1 (MQ=255) tGCCTATTCTGAGCAGTGCTGTCTTCTCCTGTGCGCCAGCAACCGAGATGCGAAAGTCATTTTCTTCTCTCATCATGCCTAGCGGGATATCTGCTTTATAAGCCGTTAATACTTCTTCAAGTCTGGCTTCAGTAAGCTTTTCCCATGCCATGATCGGATGCGTTACGGTTTCGTCTTCGGGTATTAACGTCACGNCACCAACGCTGTCTCGCCCTATTTCTGACAATAAATCAAACGGTTGTCTGGATTTGGCATGATAACGTTTAACGATCCGGTCACGTACAATCGGGCTATCGGGtc > 2:771292/1‑299 (MQ=255) tGCCTATTCTGAGCAGTGCTGTCTTCTCCTGTGCGCCAGCAACCGAGATGCGAAAGTCATTTTCTTCTCTAATCATGCCTAGCGGGATATCTGCTTTATAAGCCGTTAATACTTCTTCAAGTCTGGCTTCAGTAAGCTTTTCCCATGCCATTATCGGATGCGTTACGGTTTCGTCTTCGGGTATTAACGTCACGGCACCAACGCTGTCTCGCCCTATTTCTGACAATAAATCAAACGGTTGTCTGGATTTGGCATGATAACGTTTAACGATCCGGTCACGTACAATCGGGCTATCggtag > 2:855283/1‑297 (MQ=255) tGCCTATTCTGAGCAGTGCTGTCTTCTCCTGTGCGCCAGCAACCGAGATGCGAAAGTCATTTTCTTCTCTAATCATGCCTAGCGGGATATCTGCTTTATAAGCCGTTAATACTTCTTCAAGTCTGGCTTCAGTAAGCTTTTCCCATGCCATTATCGGATGCGTTACGGTTTCGTCTTCGGGTATTAACGTCACGGCACCAACGCTGTCTCGCCCTATTTCTGACAATAAATCAAACGGTTGTCTGGATTTGGCATGATAACGTTTAACGATCCGGTCACGTACAATCGGGCTATCGGGTa > 1:484620/1‑300 (MQ=255) ccTATTCTGAGCAGTGCTGTCTTCTCCTGTGCGCCAGCAACCTAGATGCGAAAGTCATTTTCTTCTCTAATCATGCCTAGCGGGATATCTGCTTTATAGGCCGTTAATACTTCTTCAAGTCTGGCTTCAGTANGCTTTTCCCATGCCATTATCGGATGCGTTACGGTTTCGTCTTCGGGTATTAACGTCACGGCACCAACGCTGTCTCGCCCTATTTCTGACAATAAATCAAACGGTTGTCTGGATTTGGCATGATAACGTTTAACGATCCGGTCACGTACAATCGGGCTATCGGGTAAc < 2:203417/300‑1 (MQ=255) ccTATTCTGAGCAGTGCTGTCTTCTCCTGTGCGCCAGCAACCGAGATGCGAAAGTCATTTTCTTCTCTAATCATGCCTAGCGGGATATCTGCTTTATAAGCCGTTAATACTTCTTCAAGTCTGGCTTCAGTAAGCTTTTCCCATGCCATTATCGGATGCGTTACGGTTTCGTCTTCGGGTATTAACGTCACGGCACCAACGCTGTCTCGCCCTATTTCTGACAATAAATCAAACGGTTGTCTGGATTTGGCATGATAACGTTTAACGATCCGGTCACGTACAATCGGGCTATCggtagac < 1:341635/300‑6 (MQ=255) ccTATTCTGAGCAGTGCTGTCTTCTCCTGTGCGCCAGCAACCGAGATGCGAAAGTCATTTTCTTCTCTAATCATGCCTAGCGGGATATCTGCTTTATAAGCCGTTAATACTTCTTCAAGTCTGGCTTCAGTAAGCTTTTCCCATGCCATTATCGGATGCGTTACGGTTTCGTCTTCGGGTATTAACGTCACGGCACCAACGCTGTCTCGCCCTATTTCTGACAATAAATCAAACGGTTGTCTGGATTTGGCATGATAACGTTTAACGATCCGGTCACGTACAATCGGGCTATCGGGTAAc > 1:502259/1‑300 (MQ=255) ccTATTCTGAGCAGTGCTGTCTTCTCCTGTGCGCCAGCAACCGAGATGCGAAAGTCATTTTCTTCTCTAATCATGCCTAGCGGGATATCTGCTTTATAAGCCGTTAATACTTCTTCAAGTCTGGCTTCAGTAAGCTTTTCCCATGCCANTATCGGATGCGTTACGGTTTCGTCTTNGGGTATTAACGTCACGGCACCAACGCTGTCTCGCCCTATTTCTGACAATAAATCAAACGGTTGTCTGGATTTGGCATGATAACGTTTAACGATCCGGTCACGTACAATCGGGCTATCggtagac < 2:591219/300‑6 (MQ=255) ccTATTCTGAGCAGTGCTGTCTTCTCCTGTGCGCCAGCAACCGAGATGCGAAAGTCATTTTCTTCTCTAATCATGCCTAGCGGGATATCTGCTTTATAAGCCATTAATACCTCTTCAAGTCTGGCTTCAGTAAGCTTTTCCCATGCCATTATCGGATGCGTTACGGTTTCGTCTTCGGGTATTAACGTCACGGCACCAACGCTGTCTCGCCCTATTTCTGACAATAAATCAAACGGTTGTCTGGATTTGGCATGATAACGTTTAACGATCCGGTCACGTACAATCGGGCTATCGGGTAAc < 2:414902/300‑1 (MQ=255) 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cGGTCACGTACAATCGGGCTATCTGGTAACAGGTTATCGAAGAAGTTAAATACGGCATCAGAGGTGATATTCCCCCTCTGCAATGGCAGCGAAAGTGACAACGGTCTGGCATAACGGCTTGCTAACCACTCCTGTGCATACTTAAAGGTGTGCGCGCCGTTGGCTAACTTCGTTAACTCGCCTACCCGCTGGTTGTTCATCCAAGTGACAAGTTTAGGCATTACCACTCCAGATTTTGCTGTTCTGTTGATTCTGGCGAGGCATTTTTCGCGTCGCATAGCGTCATTGAGAGTTCAAGCg < 1:493645/300‑1 (MQ=255) cGGTCACGTACAATCGGGCTATCGGGTAACAGGTTATCGAAGAAGTTAAATACGGCATCAGAGGTGATATTCCCCCTCTGCAATGGCAGCGAAAGTGACAACGGTCTGGCATAACGGCTTGCTAACCACTCCGGTGCATACTTAAAGGTGTGCGCGCCGTTGGCTAACTTCGTTAACTCGCCTACCCGCTGGTTGTTCATCCAAGTGACAAGTTTAGGCATTACCACTCCAGATTTTGCTGTTCTGTTGATTCTGGCGAGGCATTTTTCGCGTCGCATAGCGTCATTGAGAGTTCAAGCg < 2:521569/300‑1 (MQ=255) gTCACGTACAATCGGGCTATCGGGTAACAGGTTATCGAAGAAGTTAAATACGGCATCAGAGGTGATATTCCCCCTCTGCAATGGCAGCGAAAGTGACAACGGTCTGGCATAACGGCTTGCTAACCACTCCGGTGCATACTTAAAGGTGTGCGCGCCGTTGGCTAACTTCGTTAACTCGCCTACCCGCTGGTTGTTCATCCAAGTGACAAGTTTAGGCATTACCACTCCAGATTTTGCTGTTCTGTTGATTCTGGCGAGGCATTTTTCGCGTCGCATAGCGTCATTGAGAGTTCAAGCGAc > 1:157634/1‑300 (MQ=255) cAATCGGGCTATCGGGTAACAGGTTATCGAAGAAGTTAAATACGGCATCAGAGTTGATATTCCCCCTCTGCAATGGCAGCGAAAGTGACAACGGTCTGGCATAACGGCTTGCTAACCACTCCGGTGCATACTTAAAGGTGTGCGCGCCGTTGGCTAACTTCGTTAACTCGCCTACCCGCTGGTTGTTCATCCAAGTGACAAGTTTAGGCATTACCACTCCAGATTTTGCTGTTCTGTTGATTCTGGCGAGGCATTTTTCGCGTCGCATAGCGTCATTGAGAGTTCAAGCGACTGTAAAAt < 2:336862/300‑1 (MQ=255) cAATCGGGCTATCGGGTAACAGGTTATCGAAGAAGTTAAATACGGCATCAGAGGTGATATTCCCCCTCTGCAATGGCAGCGAAAGTGACAACGGTCTGGCATAACGGCTTGCTAACCACTCCGGTGCATACTTAAAGGTGTGCGCGCCGTTGGCTAACTTCGTTAACTCGCCTACCCGCTGGTTGTTCATCCAAGTGACAAGTTTAGGCATTACCACTCCAGATTTTGCTGTTCTGTTGATTCTGGCGAGGCATTTTTCGCGTCGCATAGCGTCATTGAGAGTTCAAGCGACTGTAAAAt > 1:728127/1‑300 (MQ=255) aTCGGGTAACAGGTTATCGAAGAAGTTAAATACGGCATCAGAGGTGATATTCCCCCTCTGCAATGGCAGCGAAAGTGACAACGGTCTGGCATAACGGCTTGCTAACCACTCCGGTGCATACTTAAAGGTGTGCGCGCCGTTGGCTAACTTCGTTAACTCGCCTACCCGCTGGTTGTTCATCCAAGTGACAAGTTTAGGCATTACCACTCCAGATTTTGCTGTTCTGTTGATTCTGGCGAGGCATTTTTCGCGTCGCATAGCGTCATT‑AGAGTTCAAGCGACTGTAAAATCTTAAAAAATg > 1:51979/1‑300 (MQ=255) | GTCATTGCCTATTCTGAGCAGTGCTGTCTTCTCCTGTGCGCCAGCAACCGAGATGCGAAAGTCATTTTCTTCTCTAATCATGCCTAGCGGGATATCTGCTTTATAAGCCGTTAATACTTCTTCAAGTCTGGCTTCAGTAAGCTTTTCCCATGCCATTATCGGATGCGTTACGGTTTCGTCTTCGGGTATTAACGTCACGGCACCAACGCTGTCTCGCCCTATTTCTGACAATAAATCAAACGGTTGTCTGGATTTGGCATGATAACGTTTAACGATCCGGTCACGTACAATCGGGCTATCGGGTAACAGGTTATCGAAGAAGTTAAATACGGCATCAGAGGTGATATTCCCCCTCTGCAATGGCAGCGAAAGTGACAACGGTCTGGCATAACGGCTTGCTAACCACTCCGGTGCATACTTAAAGGTGTGCGCGCCGTTGGCTAACTTCGTTAACTCGCCTACCCGCTGGTTGTTCATCCAAGTGACAAGTTTAGGCATTACCACTCCAGATTTTGCTGTTCTGTTGATTCTGGCGAGGCATTTTTCGCGTCGCATAGCGTCATTGAGAGTTCAAGCGACTGTAAAATCTTAAAAAATG > NC_000913/1591679‑1592276 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |