| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,481,608 | A→G | L190S (TTA→TCA) | emrY ← | tripartite efflux pump membrane subunit EmrY |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,481,608 | 0 | A | G | 90.9% | 62.8 / ‑0.5 | 22 | L190S (TTA→TCA) | emrY | tripartite efflux pump membrane subunit EmrY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/2); new base G (11/9); total (11/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.21e-01 | |||||||||||
GGGACTTAAACAAACTGAGATCAAGAATCGGGTTCTCTGAGGTCGACTCCCAAATGACTAAAGAGATCAGAGAAATAACTGATACTACTGTTAATATTATTATTGTACTCGAGTTGAACCAATCCAGATCGCGCCCTTTATCAAGCATAATTTGCAAGCCACCAACACCGAGCACTAACAGGGTCAGTCCTGGTAGATTCATTTTGACCGGTGAAGTCTCAGTTTCTCTTCCTTTAAGTAAGGTTAAGCATAATGTCAGGACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGC > NC_000913/2481363‑2481814 | gggACTTAAACAAACTGAGATCAAGAATCGGGTTCTCTGAGGTCGACTCCCAAATGACTAAAGAGATCAGAGAAATAACTGATACTACTGTTAATATTATTATTGTACTCGAGTTGAACCAATCCAGATCGCGCCCTTTATCAAGCATAATTTGCAAGCCACCAACACCGAGCACTAACAGGGTCAGTCCTGGTAGATTCATTTTGACCGGTGAAGTCTCAGTTTCTCTTCCTTTAAGTAAGGTTGAGCAt < 2:18650/251‑1 (MQ=255) gggTTCTCTGAGGTCGACTCACAAATGACTAAAGAGATCAGAGAAATAACTGATACTACTGTTAATATTATTATTGTACTCGAGTTGAACCAATCCAGATCGCGCCCTTTATCAAGCATAATTTGCAAGCCACCAACACCGAGCACTAACAGGGTCAGTCCTGGAAGATTCATTTTGACCGGTGAAGTCTCAGTTTCTCTTCCTTTAAGTAAGGTTGAGCATAATGTCAGGACGATAATCCCCATAGGGAc > 2:467929/1‑251 (MQ=255) ttCTCTGAGGTCGACTCCCAAATGACTAAAGAGATCAGAGAAATAACTGATACTACTGTTCATATTATTATTGTACTCGAGTTGAACCAATCCAGATCGCGCCCTTTATCAAGCATAATTTGCAAGCCACCAACACCGAGCACTAACAGGGTCAGTCCTGGTAGATTCCTTTTGACCGGCGAAGTCTCAGTTTCTCTTCCTTTAAGTAAGGTTGAGCATAATGTCAGGACGATAATCCCCATAGGGACAtt > 1:237774/1‑251 (MQ=255) ttCTCTGAGGTCGAATCGCAAATGACTACAGAGATCAGAGAAATAACTGATACTACTGTTAATATTATTATTGTACTCGAGTTGAACCAATCCAGATCGCGCCCTTTATCAAGCATAATTTGCAAGCCACCAACACCGAGCAATAACAGGGTCAGTCCTGGCAGATTCATTTTGACCGGTGAAGACTCAGTTTCTCTTCCTTTAAGTAAGGTTGAGCATAATGTCAGGACGATAATCCCCATAGGGACAtt > 1:146448/1‑251 (MQ=255) 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cTAACAGGGTCAGTCCTGGTAGATTCATTTTGACCGGTGAAGTCTCAGTTTCTCTTCCTTTAAGTAAGGTTGAGCATAATGTCAGGACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTtaataat > 1:44004/1‑251 (MQ=255) tAACAGGGTCAGTCCTGGTAGATTCATTTTGACCGGTGAAGTCTCAGTTTCTCTTCCTTTAAGTAAGGTTGAGCATAATGTCAGGACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTtaataat > 1:161990/1‑250 (MQ=255) aGTCCTGGTAGATTCATTTTGACCGGTGAAGTCTCAGTTTCTCTTCCTTTAAGTAAGGTTGAGCATAATGTCAGGACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGGTATCACAAATATAACCGCCCAAGATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGACAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAAGAATAAACTCTGTGa < 2:366744/251‑1 (MQ=255) 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GGGACTTAAACAAACTGAGATCAAGAATCGGGTTCTCTGAGGTCGACTCCCAAATGACTAAAGAGATCAGAGAAATAACTGATACTACTGTTAATATTATTATTGTACTCGAGTTGAACCAATCCAGATCGCGCCCTTTATCAAGCATAATTTGCAAGCCACCAACACCGAGCACTAACAGGGTCAGTCCTGGTAGATTCATTTTGACCGGTGAAGTCTCAGTTTCTCTTCCTTTAAGTAAGGTTAAGCATAATGTCAGGACGATAATCCCCATAGGGACATTGATTAAAAATATCCAACCCCAGCTAAAGTTATCACAAATATAACCGCCCAATATCGGCCCACATATCGGAGCGATAATCACGGTCATTGACCATAATGCCAGAGCAAATGTTCTTTTTTCTGGCGGATAATTCCTTAATAATAAACTCTGTGACAGTGGAATTAACGGC > NC_000913/2481363‑2481814 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |