| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,977,360 | G→T | P162Q (CCG→CAG) | flhC ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator FlhC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,977,360 | 0 | G | T | 86.5% | 95.2 / 10.4 | 37 | P162Q (CCG→CAG) | flhC | DNA‑binding transcriptional dual regulator FlhC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/2); new base T (14/18); total (17/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.38e-01 | |||||||||||
ATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCG‑GTACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGACATAAGCTGCAGGCAAAGCTGCCAACAGGCTGGTGAGCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTGCAGTAATCCACTTTCAACAAACCGCACCAATGTCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACGGTAGGCTTTGATCACCGCATCGACGCCATTACACAAACCGGTTT > NC_000913/1977127‑1977591 | ataagataagCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCG‑GTACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCCCCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCTGTTGACATAAGCTGCAg < 1:69626/251‑1 (MQ=255) atcCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCG‑GTACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCTGTTGACATAAGCTGCAGGCAAAGCTGCCAACAGGCt > 1:65629/1‑251 (MQ=255) tCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCG‑GTACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCTGTTGACATAAGCTGCAGGCAAAGCTGCCAACAGGCTGGTg < 2:135445/250‑1 (MQ=255) cACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCTCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCG‑GTACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGTGATGGCTGTTGACATAAGCTGCAGGCAAAGCTGCCAACAGGCTGGTGAGc < 2:112309/251‑1 (MQ=255) 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cATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCTGTTGACATAAGCTGCAGGCAAAGCTGCCAACAGGCTGGTGAGCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTGCAGTAATCCACTTTCAACAAACCGCACCAATGTCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAgg > 2:188433/1‑251 (MQ=255) gggATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCTGTTGACATAAGCTGCAGGCAAAGCTGCCAACAGGCTGGTGAGCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTGCAGTAATCCACTTTCAACAAACCGCACCAATGTCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACGGTAgg < 2:88129/250‑1 (MQ=255) ataataTCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCTGTTGACATAAGCTGCAGGCAAAGCTGCCAACAGGCTGGTGAGCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTGCAGTAATCCACTTTCAACAAACCGCACCAATGTCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACGGTAGGCttt < 2:345241/251‑1 (MQ=255) 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gATGGCGGTTGACATAAGCTGCAGGCAAAGCTGCCAACAGGCTGGTGAGCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTGCAGTAATCCACTTTCAACAAACCGCACCAATGTCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACGGTAGGCTTTGATCACCGCATCGACGCCATTACACAAACCGGttt < 1:466539/238‑1 (MQ=255) gATGGCGGTTGACATAAGCTGCAGGCAAAGCTGCCAACAGGCTGGGGAGCGTGGGGAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTGCAGTAATCCACTTTCAACAAAACGCACCAATGTCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTTCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACGGTAGGCTTTGATCACCGCATCGACGCCATTACACCAACCGGttt > 2:466539/1‑238 (MQ=255) | ATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCG‑GTACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGACATAAGCTGCAGGCAAAGCTGCCAACAGGCTGGTGAGCGTGGGTAATAAAATTGCCGCCGCAGCAGTTGCAGCTGGAAAGTTGCAGTAATCCACTTTCAACAAACCGCACCAATGTCCAGGCACGGGTTAATGCCAGCAGTGGTCCTTCTTCTGCTTGTGGGCACTGTTCAAGGTATAAACGGTAGGCTTTGATCACCGCATCGACGCCATTACACAAACCGGTTT > NC_000913/1977127‑1977591 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |