| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 537,024 | C→T | P147S (CCG→TCG) | glxR → | tartronate semialdehyde reductase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 537,024 | 0 | C | T | 82.8% | 65.8 / 5.6 | 29 | P147S (CCG→TCG) | glxR | tartronate semialdehyde reductase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/1); new base T (13/11); total (17/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCTCGCTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGGGACGTTGTCGATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAACCGCTGTTTGAACTGCTCGGTAAAAATATCACCCTCGTGGGCGGTAACGGCGATGGTCAAACCTGCAAAGTGGCAAATCAGATTATCGTGGCGCTCAATATTGAAGCGGTTTCTGAAGCCCTGCTATTTGCTTCAAAAGCCGGTGCGGACCCGGTACGTGTGCGCCAGGCGCTGATGGGCGGCTTTGCTTCCTCACGTATTCTGGAAGTTCATGGCGAGCGTATGATTAAACGC > NC_000913/536780‑537257 | cacacCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCTCGCTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGGGACGTTGTCGATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAATCGCTGt < 1:468447/251‑1 (MQ=255) 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CACACCTCAGGTTGAAGAAGTTCTGTTCGGTGAAAATGGTTGTACCAAAGCCTCGCTGAAGGGCAAAACCATTGTTGATATGAGCTCCATTTCCCCGATTGAAACTAAGCGTTTCGCTCGTCAGGTGAATGAACTGGGCGGCGATTATCTCGATGCGCCAGTCTCCGGCGGTGAAATCGGTGCGCGTGAAGGGACGTTGTCGATTATGGTTGGCGGTGATGAAGCGGTATTTGAACGTGTTAAACCGCTGTTTGAACTGCTCGGTAAAAATATCACCCTCGTGGGCGGTAACGGCGATGGTCAAACCTGCAAAGTGGCAAATCAGATTATCGTGGCGCTCAATATTGAAGCGGTTTCTGAAGCCCTGCTATTTGCTTCAAAAGCCGGTGCGGACCCGGTACGTGTGCGCCAGGCGCTGATGGGCGGCTTTGCTTCCTCACGTATTCTGGAAGTTCATGGCGAGCGTATGATTAAACGC > NC_000913/536780‑537257 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |