| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,570,269 | 0 | G | A | 79.1% | 173.1 / 41.6 | 88 | P23P (CCC→CCT) | eutJ | putative ethanolamine utilization chaperonin EutJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/9); new base A (40/28); total (51/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.40e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGTCCGTACCTGGAGGAAATGAAGTCGCCGCATGGCTAAAACGACGACCGAATTGCTGCTCGAGCG‑TGTCGAGATGGCGACGAACAATGGTGACAGCGCCGAAGAAATCCCAGACGATGCCGTCGCGAACCACATC‑GGCCCAGT‑CGAGGCATACCGCCACTGGCTGACCGTCGCGGTCGACAACCATCGACACCACATCGCAGGTGCCCAGATCCACCCCCAGCCACAGCGGAGATTCCGTCGCGGCGGGCGTCTGGTTACACAGCGTTGCCGCCGTTTGCAGACGTGGGGTGAGCCATTGTTCGTCGTGCGCCATCTGTTACTCCTTAAACAATGCGAAACGCATCGACTAATACACAGCGACGCAGACGGACAAACGTACGCGCGCTGGTTACCCCTTCACCGGTTGGCGTGGTGATGGTCATGGTGGTCCAGCCTTCCCCGCCCAGCCCCAGCCCGGCAATGCACGGTCCGTTCTTAACGAAAATGCTGGTAT > NC_000913/2570022‑2570517 | ggTCCGTACCTGGAGGAAATGAAGTCGCCGCATGGCTAAAACGACGACCGAATTGCTGCCCGAGCG‑TGTCGAGATGGCGACGAACAATGGTGACAGCGCCGAAGAAATCCCAGACGATGCCGTCGCGAACCACATC‑TGCCCAGT‑CGAGGCATACCGACACTGGCTGACCGTCGCGGTCGACAACCATCGACACCACATCGCCGGAGCCCAGATCCACACCCAGCCACAGCGGCGATTCCGTAGCggcaggc > 2:278080/1‑251 (MQ=255) gTACCTGGAGGAAATGAAGTCGCCGCATGGCTAAATCGACGACCGAATTGCTGCTAGAGCG‑TGTCGAGATGGCGACGCACACTGGTGACAGCGCCGAAGAAATCCCAGACGATGCCGTCGCGAACCACATC‑GGCCCAGT‑CGAGGCATACCGCCACTGGCTGACCGACCCGGTCGACAACCATCGACACCACATCGCAGGTGCCCAGCTCCACCCCCACCAACAGCGGCGACACAGTCGCGGCCGGCGTCTg > 2:279041/1‑251 (MQ=255) ccTGGAGGAAATGAAGTCGCCGCATGGCTAAAACGACGACCGAATTGCTGCTCGAGCG‑TGTCGAGATGGCGACGAACAATGGTGACAGCGCCGAAGAAATCCCAGACGATGCCGTCGCGAACCACATC‑GGCCCAGT‑CGAGGCATACCGCCACTGGCTGACCGTCGCGGTCGACAACCATCGACACCACATCGCAGGTGCCCAGATCCACCCCCAGCCACAGCGGAGATTCCGTCGCGGCAGGCGGCTGGtt > 1:365144/1‑251 (MQ=255) ggaAATGAAGTCGCCGCATGGCTAAAACGACGACCGAATGGCGGCTCGAGCG‑TGTCGAGATGGCGACGAACAATGGTGACAGCGCCGAAGAAACCCCAGACGATGCCGTCGCGAACCACATC‑GGCCCAGT‑CGAGGCATACCGCCACTGGCTGACCGTCGCGGTCGACAACCATCGACACCACATCGCAGGTGCCCAGATCCACCCCCAGCCACAGCGGAGATTCCGTCGCGGCAGGCGTCTGGTTACACAg < 1:132693/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |