| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3653230 | NA (NA) | 25 (0.520) | 22/484 | 1.0 | 67.6% | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 3655259 = | 12 (0.250) | coding (644/648 nt) | yhiD | inner membrane protein YhiD | |||||
GCTGTGTCACTTTCGCGCAAGCAACATCAGGTTCTGAGCTGCATTGCGAATCAAATGACAACGGAAGATATTCTGGAGAAACTGAAAATATCGCTAAAAACGTTCTACTGCCATAAACACAATATCATGATGATCCTCAATCTTAAGCGGATCAATGAGCTGGTACGCCATCAGCATATTGATTATCTGGTGTGAATTTCAGGCTTACGGTGAGTCTGGCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAACGAAACTAAATCAGTTTTTATTTTTTGCTGCTTAAACCAGTCGAGCATTGATACCGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGG > NC_000913/3655019‑3655489 | ccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttctcaccttccCTAATTGaaa < 1:52502‑M2/10‑1 (MQ=255) gcggataaggtcgccggccattaccatccttggggtaaaacggctcgatgacttccgccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctcgtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccctagggtgttatcg < 1:443399‑M2/14‑12 (MQ=255) attaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCt > 2:419172‑M2/219‑251 (MQ=255) attaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCt > 1:290133‑M2/219‑251 (MQ=255) ttaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggagcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCtt > 1:43770‑M2/218‑251 (MQ=255) ccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTta < 1:77462‑M2/37‑1 (MQ=255) ggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCg < 1:74198‑M2/44‑1 (MQ=255) cTGCATTGCGAATCAAATGACAACGGAAGATATTCTGGAGAAACTGAAAATATCGCTAAAAACGTTCTACTGCCATAAACACAATATCATGATGATCCTCAATCTTAAGCGGATCAATGAGCTGGTACGCCATCAGCATATTGATTATCTGGTGTGAATTTCAGGCTTACGGTGAGTCTGGCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAAc > 1:368765/1‑250 (MQ=255) gAATCAAATGCCAACGGCAGATATTCTGGAGAAACTGAAAATATCGCTAAAAACGTTCTACTGCCATAAACACAATATCATGATGATCCTCAATCTTAAGCGGATCAATGAGCTGGTACGCCATCAGCATATTGATTATCTGGTGTGAATTTCAGGCTTACGGTGAGTCTGGCTACGCTGCCACACAGCTTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATCCCTTTTAATAATCGCACCAGGtcttct > 2:327845/1‑250 (MQ=255) aTCAAATGACAACGGAAGATATTCTGGAGAAACTGAAAATATCGCTAAAAACGTTCTACTGCCATAAACACAATATCATGATGATCCTCAATCTTAAGCGGATCAATGAGCTGGTACGCCATCAGCATATTGATTATCTGGTGTGAATTTCAGGCTTACGGTGAGTCTGGCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATc > 1:11546/1‑251 (MQ=255) 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gtcggggaaggtaagttgatgacttatgatgaagcctgttctatggctccagattacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAACGAAACTAAATCAGTTTTTATTtattgctgcgta < 2:400383‑M2/156‑4 (MQ=255) aaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAACGAAACTAAATCAGTTTTTATTTTTTGCTGCTTAAACCAGt > 1:14611‑M2/89‑251 (MQ=255) ttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATAAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAACGAAACTAAATCAGTTTTTATTTTTTGCTGCTTAAACCAGTCGAGAAtt > 2:264087‑M2/81‑251 (MQ=255) tgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCACCGAAACTAAATCAGTTTTTATTTTTTGCTGCTTAAACCAGTCGAGCATTGatc > 2:20307‑M2/77‑250 (MQ=255) gactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgtcaaacatgatctcatatccgggacttgttcgcaccttccCTAATGAAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAACGAAACTAAATCAGTTTTTATTGTTTGCTGCTTAAACCAGTCGAGCATTGATAc < 1:6751‑M2/176‑1 (MQ=255) aTCAGCATATTGGTTATCTGGTGTGAATTTCAGGCTTACGGTTAGTCTGGCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAACGAAACTAAATCAGTTTTTATTTTTTGCTGCTTAAACCAGTCGAGCATTGATACCGTa < 2:382595/251‑1 (MQ=255) gtgAATTTCAGGCTTACGGTGATTCTGGCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAACGAAACTAAATCAGTTTTTATTTTTTGCTGCTTAAACCAGTCGAGCATTGATACCGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCt < 1:121669/251‑1 (MQ=255) atgacaaacatgatctcagagcagggacttgttcgcacattccATAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCGTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAACGAAACTAAATCAGTTTTTATTTTTTGCTGCTTAAACCAGTCGAGCATTGATACCGTATTACCGTTCACGAATGTCAGCTGTAAAt < 2:290133‑M2/208‑1 (MQ=255) tACGGTGAGTCTGGCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAACGAAACTAAATCAGTTTTTATTTTTTGCTGCTTAAACCAGTCGAGCATTGATACCGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAAt < 1:448358/249‑1 (MQ=255) atctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAACGAAACTAAATCAGTTTTTATTTTTTGCTGCTTAAACCAGTCGAGCATTGATACCGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGt > 1:104573‑M2/32‑251 (MQ=255) cagggactttttcgcaccttccCTAATGGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAACGAAACTAAATCAGTTTTTATTTTTTGCTGCTTAAACCAGTCGAGCATTGATACCGTATTACCGTTCACt < 2:265533‑M2/192‑1 (MQ=255) cagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAACGAAACTAAATCAGTTTTTATTTTTTGCTGCTTAAACCAGTCGAGCATTGATACCGTATTACCGTTCACt > 1:265533‑M2/23‑214 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAACGAAACTAAATCAGTTTTTATTTTTTGCTGCTTAAACCAGTCGAGCATTGATACCGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCgg > 2:263187‑M2/20‑250 (MQ=255) aCGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAACGAAACTAAATCAGTTTTTATTTTTTGCTGCTTAAACCAGTCGAGCATTGATACCGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCgg > 1:147320/1‑250 (MQ=255) | GCTGTGTCACTTTCGCGCAAGCAACATCAGGTTCTGAGCTGCATTGCGAATCAAATGACAACGGAAGATATTCTGGAGAAACTGAAAATATCGCTAAAAACGTTCTACTGCCATAAACACAATATCATGATGATCCTCAATCTTAAGCGGATCAATGAGCTGGTACGCCATCAGCATATTGATTATCTGGTGTGAATTTCAGGCTTACGGTGAGTCTGGCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAACGAAACTAAATCAGTTTTTATTTTTTGCTGCTTAAACCAGTCGAGCATTGATACCGTATTACCGTTCACTAATGTCAGCTGTAAATGGTAATTTTTGTTCATCAGGCGG > NC_000913/3655019‑3655489 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |