| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,510,238 | T→G | intergenic (+445/+452) | insO → / ← fecE | IS911B regulator fragment/ferric citrate ABC transporter ATP binding subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,510,238 | 0 | T | G | 93.9% | 312.2 / NA | 99 | intergenic (+445/+452) | insO/fecE | IS911B regulator fragment/ferric citrate ABC transporter ATP binding subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/6); new base G (55/38); total (55/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.30e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAGCAGCCGTGCACACCATCCTATTGTTGTGACTGGGAGGCTGCCACCATGCTTCGCGCTTTCCCTCTGGCGAAAAAGGGAGAAGGACGGGCCCGTCTGCCTTCACTTTATGCCAGCTTCGGTAAGCTGGGTGAGACACCGACTCATGAAGATATCATTGATAACAATCGATCCATCAACTGGCCTGTATAACGTGGCTGCCGGTGATTAAGAAAGCTGCACCTACCTAAGTAGTAGCAAACGCACACTTTTTAGAAAAATCGATGGTCAGAAACTGGATTAGCAATTCCGTTCCATGGTTGCTTTTGATTTACGTTGGCGTCTGATCATTGATTTATCCTCAAAAGCCCAACCTCATTGGTAATGAACCAGCTCCGTGAATGTCCGCTCTGGCACAGAGCGAAATTTTTTGATCTCCCCCCTGAAATCTAAACTTAGTCATGTCACGTTTTTGGGTTTCTAAAATTTTAACTTCGCGTTTTTCGTTGCCGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGCTCTGGTT > NC_000913/4509942‑4510531 | cagcagCCGTGCACACCATCCTATTGTTGTGACTGGGAGGCTGCCACCATGCTTCGCGCTTTCCCTCTGGCGAAAAAGGGAGAAGGACGGGCCCGTCTGCCTTCACTTTATGCCAGCTTCGGTAAGCTGGGTGAGACACCGACTCATGAAGATATCATTGATAACAATCGATCCATCAACTGGCCTGTATAACGTGGCTGCCGGTGATTAAGAAAGCTGCACCTACCTAAGTAGTAGCAAACGCACACTTTTTAGAAAAATCGATGGTCAGAAACTGGATTAGCAATTCCGTTCCAGGGt < 1:167622/300‑1 (MQ=255) 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aTTCCGTTCCAGGGTTGCTTTTGATTTACGTTGGCGTCTGATCATTGATTTATCCTCAAAAGCCCAACCTCATTGGTAATGAACCAGCTCCGTGAATGTCCGCTCTGGCACAGAGCGAAATTTTTTGATCTCCCCCCTGAAATCTAAACTTAGTCATGTCACGTTTTTGGGTTTATAAAATTTTAACTTCGCGTTTTTCGTTGCCGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGctc < 1:683143/300‑1 (MQ=255) gTTCCAGGGTTGCTTTTGATTTACGTTTGCGTCTGATCATTGATTTATCCTCAAAAGCCCAACCTCATTGGTAATGAACCAGCTCCGTGAATGTCCGCTCTGGCACAGAGCGAAATTTTTTGATCTCCCCCCTGAAATCTAAACTTAGTCATGTCACGTTTTTGGGTTTCTAAAANTTTAACTTCGCGTTTTTCGTTGCCGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGNAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGCTCTGGtt < 2:553876/300‑1 (MQ=255) gTTCCAGGGTTGCTTTTGATTTACGTTGGCGTCTGATCATTGATTTATCCTCAANAGCCCAACCTCATTGGTAATGAACCAGCTCCGTGAATGTCCGCTCTGGCACAGAGCGAAATTTTTTGATCTCCCCCCTGAAATCTAAACTTAGTCATGTCACGTTTTTGGGTTTCTAAAATTTTAACTTCGCGTTTTTCGTTGCCGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGCTCTGGtt < 2:577030/300‑1 (MQ=255) gTTCCAGGGTTGCTTTTGATTTACGTTGGCGTCTGATCATTGATTTATCCTCAAAAGCCCACACTCATTGGTAGTGAACCAGCTCCGTGAATGTCCGCTCTGGCACAGAGCGAAATTTTTTGATCTCCACCCTGAAATCTAAACTTAGTCATGTCACGTTTTTGGGTTTCTAAACTTTTAACTTCGCGTTTTTCGTTGCCGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGACAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGCTCTGGtt > 2:599186/1‑300 (MQ=255) gTTCCAGGGTTGCTTTTGATTTACGTTGGCGTCTGATCATTGATTTATCCTCAAAAGCCCAACCTCATTGGTAATGAACCAGCTCCGTGAATGTCCGCTCTGGCACAGAGCGAAATTTTTTGATCTCCCCCCTGAAATCTAAACTTAGTCATGTCACGTTTTTGGGTTTCTAAAATTTTAACTTCGCGTTTTTCGTTGCCGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGCTCTGGtt < 1:470509/300‑1 (MQ=255) | CAGCAGCCGTGCACACCATCCTATTGTTGTGACTGGGAGGCTGCCACCATGCTTCGCGCTTTCCCTCTGGCGAAAAAGGGAGAAGGACGGGCCCGTCTGCCTTCACTTTATGCCAGCTTCGGTAAGCTGGGTGAGACACCGACTCATGAAGATATCATTGATAACAATCGATCCATCAACTGGCCTGTATAACGTGGCTGCCGGTGATTAAGAAAGCTGCACCTACCTAAGTAGTAGCAAACGCACACTTTTTAGAAAAATCGATGGTCAGAAACTGGATTAGCAATTCCGTTCCATGGTTGCTTTTGATTTACGTTGGCGTCTGATCATTGATTTATCCTCAAAAGCCCAACCTCATTGGTAATGAACCAGCTCCGTGAATGTCCGCTCTGGCACAGAGCGAAATTTTTTGATCTCCCCCCTGAAATCTAAACTTAGTCATGTCACGTTTTTGGGTTTCTAAAATTTTAACTTCGCGTTTTTCGTTGCCGTAAGGGTTATACAGAAATGTCCGTTAAGCAGAGTTCAAAATTGATTGCCGTGATCACGACTGGTTTGAAAGCCGCGCCCAAGCCTGTACAGCTCTGGTT > NC_000913/4509942‑4510531 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |