New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 3131340 | NA (NA) | 25 (0.280) | 20/598 | 3.2 | 25.0% | noncoding (1195/1195 nt) | IS5 | repeat region |
? | NC_000913 | 3136822 = | 75 (0.830) | coding (1701/1860 nt) | gss | fused glutathionylspermidine amidase/glutathionylspermidine synthetase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. |
ATCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTATTACTTTTTCACCACAATTAACGGTTCAATATCACTCTCTTTTTTGATGACCAGTGATTCATCACCGCGCAAACACGTCCCACCGTAGTTGCCGCCAACGGTGAAGGTACATACCTGAATGTATTTACCGTCCACTTTCGGCAAACACCACAGTTGCTGATAGATGTTTTTCTGCTCGGCAAATTTACCGCTGGTTTTGTCCAGCACCTCTTCATGATGGCTGACGAGGTCGATATTGCTGCCACAGCGACCGGCGATCGGTTTCACTGCGTAACCTGTTTTCACCAGTTCATCATTAACAGTGAAATCGGTATCCAGCAGGTAACGATGGTGCGGGAACAGCGACCAGAGGATCGGCAGAATCGCTTTGTTGCCGGGGATCACCGTCCACAGCGGCTCAAAGACCAGCACTTCCGGGCGCAGCAATACGTCGATAAGACGCACTTCGTTTTGC > NC_000913/3136524‑3137116 | atCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATTAAATGAATAAATNTTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGTTGCTACAGCATGTATTACTTTTTCACCACAATTAACGGTTCAATATCACTCTCTTTTTTGATGACCAGTGATTCATCACCGCGCAAACACGTCCCACCGTAGTTGCCGCCAACGGTGAAGGTACATACCTGAATGTATTTACCGTCCACTTTCGGCAAACACCACAGTTGCTGAt < 2:572901/300‑1 (MQ=255) atCAAAACACAGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTNTTCATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTATTACTTTTTCACCACAATTAACGGTTCAATATCACTCTCTTTTTTGATGACCAGTGATTCATCACCGCGCAAACACGTCCCACCGTAGTTGCCGCCAACGGTGAAGGTACATACCTGAATGTATTTACCGTCCACTTTCGGCAAACACCACAGTTGCTGAt < 2:676926/300‑1 (MQ=255) cacaGGTATTCCACTGGTTCATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTAATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTATTACTTTTTCAACACAATTAACGGTTCAATATCACTCTCTTTTTTGATGACCAGTGATTCATCACCGAGCAAACACGTCCCACCGTAGTTGCCGCCAACGGTGAAGGTACATACCTGAATGTATTTACCGTCCACTTTCGGCAAACACCACAGTTGCTAATAGATGtt > 2:132889/1‑300 (MQ=255) caGGTATTCCACTGGTTAATATATTCACATATGAAATGAATAAATATTGGAATATATAAATATTGAATATTTTGATTAATCCCCGTACTGATTATTCTTCATAATCAGTACGGGGTTGCTACAACATGTCTTACTTTTTCACCACAATTAACGGTTCAATATCAATCTCTTTTTTGATGACCAGTGATTCATCAACGCGCAAACACGTCCCACCGTAGTTGCCGCCAACGGTGAAGGTACATACCTGAATGTATTTACCGTCCACTTTCGGCAAACACCACAGTTGCTGATAGATGtttt > 1:257286/1‑300 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |