New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1096848 = | 126 (1.390) | 20 (0.220) | 15/596 | 4.2 | 13.7% | intergenic (+19/+717) | ycdU/serX | uncharacterized protein YcdU/tRNA‑Ser |
? | NC_000913 | = 1469240 | NA (NA) | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
AATCGATCTGTTTTTCTCCAGTGAAAATGCGTTGTCGACCTTTTTTGCCAAGCCGCTTTGGCTTCGGTTATTCATATTGCTGGTTATTGAAGTGATGTGGATTACGCTGGTGTCGGTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTC > NC_000913/1096550‑1097136 | aaTCGATCTGTTTTTCTCCATTGAAAATGCGTTGTCGACCTTTTTTGCCAAGCCGCTTTGGCTTCGGTTATTCATATTGCTGGTTATTGAAGTGATGTGGATTACGCTGGTGTCGGTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGAcc < 1:130337/300‑1 (MQ=255) aaTCGATCTGTTTTTCTCCAGTGAAAATGCGTTGTCGACCTTTTTTGCCAAGCCGCTTTGGCTTCGGTTATTCATATTGCTGGTTATTGAAGTGATGTGGATTACGCTGGTGTCGGTATTGGCAACGCTGGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATGTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGAcc < 1:130448/300‑1 (MQ=255) gATCTGTCTTTCTCCAGTGAAAATGCGTTGTCGACCTTTTTTGCCAAGCCGCTTTGGCTTCGGTTATTCATATTGCTGGTTATTGAAGTGATGTGGATTACGCTGGTGTCGGTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTAACGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGat > 2:112435/1‑300 (MQ=255) gTTTTTCTCCAGTGAAAATGCGTTGTCGACCTTTTTTGCCAAGCCGCTTTGGCTTCGGTTATTCATATTGCTGGTTATTGAAGTGGTGTGGACTACGCTGGTGTCGGTATTGGCAACGCCTGTAGAATGGCGGAGTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGNACCATGCTTAATTTCCTATTTTTTCCCTTGTCGATTCCTCTGGCATAACGAGTTTATGATGGCATGTTACACGTATTTCAGGTGGGGGCATGTTCATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCaaagaatcc > 2:170072/1‑292 (MQ=255) gTTTTTCTCCAGTGAAAATGCGTTGTCGACCTTTTTTGCCAAGCCGCTTTGGCTTCGGTTATTCATATTGCTGGTTATTGAAGTGATGTGGATTACGCTGGTGTCGGTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATAc < 1:194111/300‑1 (MQ=255) gTTTTTCTCCAGGGAAAATGCGTTGTCGACCTTTTTTGCCAAGCCGCTTTGGCTTCGGTTATTCATATTGCTGGTTATTTAAGTGATGTGGATTACGCTGGTGTCGGTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAGCGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATAc < 1:36950/300‑1 (MQ=255) tttttCTCCAGTGAAAATGCGTTGTCGACCTTTTTTGCCAAGCCGCTTTGGCTTCGGTTATTCATATTGCTGGTTATTTAAGTGATGTGGATTACGCTGGTGTCGGTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACa < 1:502783/300‑1 (MQ=255) ttttCTCCAGTGAAAATGCGTTGTCGACCTTTTTTGCCAAGCCGCTTTGGCTTCGGTTATTCATATTGCTGGTTATTGAAGTGATGTGGATTACGCTGGTGTCGGTATTNGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACat < 1:549316/300‑1 (MQ=255) tctcCATTGAAAATGCGTTGTCGACCTTTTTTGCCAAGCCGCTTTGGCTTCGGTTATTCATATTGCTAGTTATTTAAGTGATGTGGATTACGCTGGTGTCGGTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATNTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGNAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACatata < 2:562484/300‑1 (MQ=255) gctcgagggagaaTGCGTTGTCGACCCTTTTTGCCAAGCCACTGGGACTTCGGGGATTCATACTGCTGGTTATTGAAGTGATGTGGATTACGCTGTTGTCGGTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCAGGGGACAGGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACatata < 2:285979/289‑1 (MQ=255) 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gTTGTCGACCTTTTTTGCCAAGCCGCTTTGGCTTCGGTTATTCATATTGCTGGTTATTGAAGTGATGTGGATTACGCTGGTGTCGGTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGAtggatttgcccctatatttccagacat > 2:14647‑M1/1‑273 (MQ=255) tCGACCTTTTTTGCCAAGCCGCTTTGGCTTCGGTTATTCATATTGCTGGTTATTGAAGTGATGTGGATTACGCTGGTGTCGGTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTgcgc < 1:240287/300‑1 (MQ=255) ttttttGCCAAGCCGCTTTGGCTTCGGTTATTCATATTGCTGGTTATTGAAGTGATGTGGATTACGCTGGTGTCGGTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGAtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcac < 1:254314‑M1/300‑38 (MQ=255) 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atTGCTGTTTATTGAAGTAATGTGGATTACGCTGGTGTCGGTATTGGCAACGCTTGGAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGGGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCAc < 1:655029/300‑1 (MQ=255) gCTGGTTATTGAAGTGATGTGGATTACGCTGGTGTCGGTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGAt > 2:472549/1‑300 (MQ=255) ttATTGAAGTGATGTGGATTACGCTGGTGTCGGTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTccc < 2:758513/300‑1 (MQ=255) 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aTTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGAtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgctgccgttaacccgtctggtttgggcatgatactgatgtagtcacgctttatcgttttcacgaagctctctgctattccgttactctccggactccgcac < 2:8597‑M1/300‑249 (MQ=255) tttAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTCCTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTgttttccctcatccacccc > 1:582046/1‑282 (MQ=255) ataaGTGAGGAAGTGATAGTAAGTGGCCAGAGAATACAGATATGTTTTGTACCCTCTTGCACATTTGGATTGTTGGCGGAGGAACCAGACAGTTGATGTGCACAATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCNGGGGCACCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGAaccc < 2:178510/300‑1 (MQ=18) 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AATCGATCTGTTTTTCTCCAGTGAAAATGCGTTGTCGACCTTTTTTGCCAAGCCGCTTTGGCTTCGGTTATTCATATTGCTGGTTATTGAAGTGATGTGGATTACGCTGGTGTCGGTATTGGCAACGCTTGTAGAATGGCGGATTTGGTTTGAAGCCTATTTTTTACTCTGCTATGTACCGTGCTTAATTTACTATTTTTTCTATTGTCGATTCCTCTGGCATAACGATTTTATGATGGCATGTGACATGTATTTCCGTTGGGGGCATTTTAATAAGTGAGGAAGTGATAGGAAGTGACCAGATAATACATATATGTTCTGTACTCTCTTGCGCATTTTGATTGTTGACTGAGTAACCAGACAGTTGATGTGCACGATTTCCCCTCGCCCTAACAGACGTGGGCGGGGGCACCCGGTGTGTGCAATATACGAAAAAAAAGCCCGTACTTTCGTACGAGCTCTTCTTTAAATATGGCGGTGAGGGGGGGATTGACTCGCTTCGCTCGCCCTGCGGGCAGCCCGCTCACTGCGTTCACGGTCTGTCCAACTGGCTGTCGCCAGTTGTCGACCCCCGGTCGGGGCTTCTC > NC_000913/1096550‑1097136 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |