| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,705,108 | G→A | G54R (GGG→AGG) | cnu → | H‑NS‑ and StpA‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,705,108 | 0 | G | A | 99.1% | 399.4 / NA | 109 | G54R (GGG→AGG) | cnu | H‑NS‑ and StpA‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (47/61); minor base C (1/0); total (48/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
GCAGTTTTTCATCCCTGAATATTTGCCATCAGCGCATTCTTATTATTGTAATAACACAAGCGTTCACTTTTGGTGAAATTTTATCATCACTAATAATACCTACCCCTTTGGTATTAATTATTTTATGGACCTTTTATGACTGTTCAGGACTACTTATTAAAATTTCGCAAAATCAGTTCACTCGAAAGTCTGGAAAAACTCTACGACCATCTTAATTACACCCTGACGGACGATCAGGAACTGATCAATATGTATCGTGCTGCCGATCACCGTCGCGCAGAGCTGGTTTCTGGCGGGCGTTTGTTTGACCTCGGCCAGGTACCGAAGTCCGTCTGGCACTATGTCCAATAAAGAAAGTAGCGATCGGTTATAAAAGCCTTATAATAACGCCCCTAAAATTAGATTTGCCTGTTTGCGTCGCTATTCTGGAGAACCTATGACCACCACAACGCCACAACGTATTGGAGGCTGGTTGCTTGGCCCGTTGGCCTGGCTTTTAGTCGCTCTGTTGAGTACGACGCTGGCGTTGTTGCTGTATACCGCTGCGTTATCTTCTCCGCAAACATTTCAAACGCTCGGCGGACAAGCAC > NC_000913/1704814‑1705403 | gCAGTTTTTCATCCCTGAATATTTGCCATCAGCGCATTCTTATTATTGTAATAACACAAGCGTTCACTTTTGGTGAAATTTTATCATCACTAATAATACCTACCCCTTTGGTATTAATTATTTTATGGACCTTTTATGACTGTTCAGGACTACTTATTAAAATTTCGCAAAATCAGTTCACTCGAAAGTCTGGAAAAACTCTACGACCATCTTAATTACACCCTGACGGACGATCAGGAACTGATCAATATGTATCGTGCTGCCGATCACCGTCGCGCAGAGCTGGTTTCTGGCAGGCgt > 1:161213/1‑300 (MQ=255) 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GCAGTTTTTCATCCCTGAATATTTGCCATCAGCGCATTCTTATTATTGTAATAACACAAGCGTTCACTTTTGGTGAAATTTTATCATCACTAATAATACCTACCCCTTTGGTATTAATTATTTTATGGACCTTTTATGACTGTTCAGGACTACTTATTAAAATTTCGCAAAATCAGTTCACTCGAAAGTCTGGAAAAACTCTACGACCATCTTAATTACACCCTGACGGACGATCAGGAACTGATCAATATGTATCGTGCTGCCGATCACCGTCGCGCAGAGCTGGTTTCTGGCGGGCGTTTGTTTGACCTCGGCCAGGTACCGAAGTCCGTCTGGCACTATGTCCAATAAAGAAAGTAGCGATCGGTTATAAAAGCCTTATAATAACGCCCCTAAAATTAGATTTGCCTGTTTGCGTCGCTATTCTGGAGAACCTATGACCACCACAACGCCACAACGTATTGGAGGCTGGTTGCTTGGCCCGTTGGCCTGGCTTTTAGTCGCTCTGTTGAGTACGACGCTGGCGTTGTTGCTGTATACCGCTGCGTTATCTTCTCCGCAAACATTTCAAACGCTCGGCGGACAAGCAC > NC_000913/1704814‑1705403 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |