| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (78/81); new base C (93/118); total (174/199) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.16e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 382 total aligned reads displayed.
ATAAGATGCGTATTTCTTGAGAATTTAACATTTACAACCTTTTTAAGTCCTTTTATTAACACGGTGTTATCGTTTTCTAACACAATGTGAATATTATCTGTGGCTAGATAGTAAATATAATGTGAGACATTGTGACGTTTTAGTTCAGAATAAAACAATTCACAGTTTAAATCTTTTCGCACTTGATCGAATATTTCTTTAAAAATGGCAACCTGAGCCATTGGTAAAACCTTCCATGTGATACGAGGGCGCGTAGTTTGCATTATCGTTTTTATCGCTTCAATCTGGTCTGACCTCTTTGTGTTTTGTTGATGATTTATGTCAAATATTAGGAATGTTTTCAATTAATAGTATTGGTTGCGTAACAAAGTGCGGTCCTGCTGGCATTCTGGAGGGAAATACAACCGACAGATGTATGTAAGGCCAACGTGCTCAAACCTTCATACAGAAAGATTTGAAGTAATATTTTAACCGCTAGATGAAGAGCAAGCGCATGGAGCGACAAAATGAATAAAGAACAATCTGCTGATGATCCCTCCGTGGATCTGATTCGTGTAAAAAATATGCTTAATAGCACCATTTCTATGAGTTACCCT > NC_000913/579374‑579969 | gATGCGTATTTTTTGAGAATTTAACATTTACAACCTTTGTAAGTCCTTTTATTAACACGGTGTTATCGTTTTCTAACACAATGTGAATATTATCTGTGGCTAGATAGTAAATATAATGTTAGACATTGTGACGTTTTAGTTCAGAATAAAACAATTCACAGTTTAAATCTTTTCGCACTTGATCGAATATTTCTTTAAAAATGGCAACCTGAGCCATTGGTAAAACCTTCCATTTGATACGAGGGCGCGTAGTTTGCATTATCGTTTTTATCGCTTCAATCTGGTCTGACCTCTTTgtgt < 2:349133/300‑1 (MQ=255) 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cTGACCTCTTTGTGTTTTGTTGATGATTTATGTCAAATATTAGGAATGTTTTCAATTAATAGTATTGGTTGCGTAACAAAGTGCGGTCCTGCTGGCATTCTGGAGGGAAATACAACCGACAGATGTATGTAAGGCCAACGTGCTCAAACCTTCATACAGAAAGATTTGAAGTAATATTTTAACCGCTAGATGAAGAGCAAGCGCATGGAGCGACAAAATGAATAAAGAACAATCTGCTGATGATCCCTCCGTGGATCTGATTCGTGTAAAAAATATGCTTAATAGCACCATTTCTATGAg < 1:418684/300‑1 (MQ=255) cTGACCTCCTTGTGTTTTGTTGATGATTTATGTCAAATATTAGGAATGTTTTCACTTAATAGTATTGGTTGCGTAACAAAGTGCGGTCCTGCTGGCATTCTGGAGGGAAATACAACCGACAGATGTATGTAAGGCCAACGTGCTCAAATCTTCATACAGAAAGATTTGAAGTAATATTTTAACCGCTAGATGAAGAGCAAGCGCATGGAGCGACAAAATGAATAAAGAACAATCTGCTGATGATCCCTCCGTGGATCTGATTCGTGTAAAAAATATGCTTAATAGCACCATTTCTATGAg < 1:117269/300‑1 (MQ=255) tctTTGTGTTTTGTTGATGATTTATGTCAAATATTAGGAATGTTTTCAATTAATAGTATTGGTTGCGTAACAAAGTGCGGTCCTGCTGGCATTCTGGAGGGAAATACAANCGACAGATGTATGTAAGGCCAACGTGCTCAAACCTTCATACAGAAAGATTTGAAGTAATATTTTAACCGCTAGATGAAGAGCAAGCGCATGGAGCGACAAAATGAATAAAGAACAATCTGCTGATGATCCCTCCGTGGATCTGATTCGTGTAAAAAATATGCTTAATAGCACCATTTCTATGAGTTAccc < 1:628044/300‑1 (MQ=255) | ATAAGATGCGTATTTCTTGAGAATTTAACATTTACAACCTTTTTAAGTCCTTTTATTAACACGGTGTTATCGTTTTCTAACACAATGTGAATATTATCTGTGGCTAGATAGTAAATATAATGTGAGACATTGTGACGTTTTAGTTCAGAATAAAACAATTCACAGTTTAAATCTTTTCGCACTTGATCGAATATTTCTTTAAAAATGGCAACCTGAGCCATTGGTAAAACCTTCCATGTGATACGAGGGCGCGTAGTTTGCATTATCGTTTTTATCGCTTCAATCTGGTCTGACCTCTTTGTGTTTTGTTGATGATTTATGTCAAATATTAGGAATGTTTTCAATTAATAGTATTGGTTGCGTAACAAAGTGCGGTCCTGCTGGCATTCTGGAGGGAAATACAACCGACAGATGTATGTAAGGCCAACGTGCTCAAACCTTCATACAGAAAGATTTGAAGTAATATTTTAACCGCTAGATGAAGAGCAAGCGCATGGAGCGACAAAATGAATAAAGAACAATCTGCTGATGATCCCTCCGTGGATCTGATTCGTGTAAAAAATATGCTTAATAGCACCATTTCTATGAGTTACCCT > NC_000913/579374‑579969 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |