New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1470516 | NA (NA) | 30 (0.270) | 26/594 | 3.7 | 25.2% | noncoding (1221/1221 nt) | IS30 | repeat region |
? | NC_000913 | 3991038 = | 89 (0.800) | intergenic (‑272/‑115) | hemC/cyaA | hydroxymethylbilane synthase/adenylate cyclase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. |
TGGCAATTCTTAAAACATTGTCTAACATGCTTGTTACCGTCATTATCATCCGTGGTCCATCCTAACATCCTTGCCAGAGTGATGTCAGTGTTGTGGTGAAACGTAGACGCCTGCGCAAACCGTAAAATGAGGTCTGGCAGTGGATCCTGACAGGCGTTTCACGCCGTTGTAATAAGGAATTTACAGAGAATAAACGGTGCTACACTTGTATGTAGCGCATCTTTCTTTACGGTCAATCAGCAAGGTGTTAAATTGATCACGTTTTAGACCATTTTTTCGTCGTGAAACTAAAAAAACCAGGCGCGAAAAGTGGTAACGGTTACCTTTGACATACGAAATATCCCGAATGCCGCGTGTTACCGTTGATGTTGGCGGAATCACAGTCATGACGGGTAGCAAATCAGGCGATACGTCTTGTACCTCTATATTGAGACTCTGAAACAGAGACTGGATGCCATAAATCAATTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGC > NC_000913/3990739‑3991332 | tgGCAATTCTTAAAACATTGTCTAACATGCTTGTTACCGTCATTATCATCCGTGGTCCATCCTAACATCCTTGCCAGAGTGATGTCAGTGTTGTGGTGAAACGTAGACGCCTGCGCAAACCGTAAAATGAGGTCTGGCAGTGGATCCTGACAGGCGTTTCACGCCGTTGTAATAAGGAATTTACAGAGAATAAACGGTGCTACACTTGTATGTAGCGCATCTTTCTTTACGGTCAATCAGCAAGGTGTTAAATTGATCACGTTTTAGACCATTTTTTCGTCGTGAAACTAAAAAAACCAg > 1:804974/1‑300 (MQ=255) 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tGCTTGTTACCGTCATTATCATCCGTGGTCCATCCTAACATCCTTGCCAGAGTGATGTCAGTGTTGTGGTGAAACGTAGACGCCTGCGCAAACCGTAAAATGAGGTCTGGCAGTGGATCCTGACAGGCGTTTCACGCCGTTGTAATAAGGAATTTACAGAGAATAAACGGTGCTACACTTGTATGTAGCGCATCTTTCTTTACGGTCAATCAGCAAGGTGTTAAATTGATCACGTTTTAGACCATTTTTTCGTCGTGAAACTAAAAAAACCAGGCGCGAAAAGTGGTAACGGTTACCttt < 1:223450/300‑1 (MQ=255) gattGTTACCGTCATTATCATCCGTGGTCCATCCTAACATCCTTGCCAGAGTGATGTCAGTGTTATGGTGAAACGTAGACGCCTGCGCAAACCGTAAAATGAGGTCTGGCAGTGGATCCTGACAGGCGTTTCACGCCGTTGTAATAAGGAATCTACAGAGAATAAACGGTGCTACACTCGTATGTAGCGCATCTTTCTTTACGGTCAATCAGCAAGGTGTTAAATTGATCACATTTTAGACCATCTTTTCGTCGTGAAACTAAAAAACACAGGCGCGAAAAGTGGTAAAGGttgccctcg > 2:306817/3‑293 (MQ=255) gCTTGTTACCGTCATTATCATCCGTGGTCCATCCTAACATCCTTGCCAGAGTGATGTCAGTGTTGTGGTGAAACGTAGACGCCTGCGCAAACCGTAAAATGAGGTCTGGCAGTGGATCCTGACAGGCGTTTCACGCCGTTGTAATAAGGAATTTCCAGAGAATAAACGGTGCTACACTTGTATGTAGCGCATCTTTCTTTACGGTCAATCAGCAAGGTGTTAAATTGATCACGTTTTAGACCATTTTTTCGTCGTGAAACTAAAAAAACCAGGCGCGAAAAGTGGTAACGGTTACCTTTg > 2:121343/1‑300 (MQ=255) 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cATCCTAACATCCTTGCCAGAGTGATGTCAGTGTTGTGGTGAAACGTAGACGCCTGCGCAAACCGTAAAATGAGGTCTGGCAGTGGATCCTGACAGGCGTTTCACGCCGTTGTAATAAGGAATTTACAGAGAATAAACGGTGCTACACTTGTATGTAGCGCATCTTTCTTTACGGTCAATCAGCAAGGTGTTAAATTGATCACGTTTTAGACCATTTTTTCGTCGTGAAACTAAAAAAACCAGGCGCGAAAAGTGGTAACGGTTAACTTTGACATACGAAATATCCCGCATGCCGCgtgt > 1:314541/1‑300 (MQ=255) tCCTAACATCCTTGCCAGAGTGATGTCAGTGTTGTGGTGAAACGTAGACGCCTGCGCAAACCGTAAAATGAGGTCTGGCAGTGGATCCTGACAGGCGTTTCACGCCGTTGTAATAAGGAATTTACAGAGAATAAACGGTGCTACACTTGTATGTAGCGCATCTTTCTTTACGGTCAATCAGCAAGGTGTTAAATTGATCACGTTTTAGACCATTTTTTCGTCGTGAAACTAAAAAAACCAGGCGCGAAAAGTGGTAACGGTTACCTTTGACATACGAAATATCCCGAATGCCGCGTGTTa > 1:58595/1‑300 (MQ=255) tAACATCCTTGCCAGAGTGATGTCAGTGTTGTGGTGAAACGTAGACGCCTGCGCAAACCGTAAAATGAGGTCTGGCAGTGGATCCTGACAGGCGTTTCACGCCGTTGTANTAAGGAATTTACAGAGAATAAACGGTGCTACACTTGTATGTAGCGCATCTTTCTTTACGGTCAATCAGCAAGGTGTTAAATTGATCACGTTTTAGACCATTTTTTCGTCGTGAAACTAAAAAAACCAGGCGCGAAAAGTGGTAACGGTTACCTTTGACATACGAAATATCCCGAATGCCGCGTGTTACCg < 1:648526/300‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |