| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1469296 = | NA (NA) | 52 (0.460) | 38/598 | 2.1 | 42.3% | noncoding (1/1221 nt) | IS30 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 4348852 = | 71 (0.630) | intergenic (‑108/+463) | dcuB/dcuR | anaerobic C4‑dicarboxylate transporter DcuB/DNA‑binding transcriptional activator DcuR | |||||
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
GCCGATGCCGCCACCACCGCAATGATAACCAGCATGACATCAACTGGTGGTTTACCTGGCTGAAGGTGGAAGACGAAGACCAGAATGACCAGACCGATACCGCCTAATAAACCCAGCGCGATACCACCCTTTCTGGCACCATAAAACAGACATATCAGTATTATGATAAGTTGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCTCACAGTGAATATTGGCTGATTAAAGCAGCGGCAAATTTATGCACTGTGATAAGCGGCTTTTTCAGAGAGAAAGACTCTCTGGCGATGGGTTTATAGTTTGTACTGCGCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTG > NC_000913/4348557‑4349151 | aatgctcattttggctgacaaaccagctcgtatctcctcgcgctcagacagtttcaggtgagctacagcccgcttacgctcatggggttttatgccgccagtatcccttaacatagtgaagatcgttccgggttttgaacccaggatattcgctatttcactgaagcctgttccgttcttccatagttcaaaaacagaggctttttcctctgctgtaaatgttcgtctcattcaaaaaacctccgcaaccccatgttttcacataactgttgcgttgaccaattgaatctacaGTTACCg < 1:107299‑M2/7‑1 (MQ=255) aTGCCGCCACCACCGCAATGATAACCAGCACGACATCAACTGGTGGTTTACCTGGCTGAAGGTGGAAGACGAAGACCAGAATGACCAGACCGATACCGCCTAATAAACCCAGCGCGATACCACCCTTTCTGGCACCATAAAACAGACATATCAGTATTATGATAAGTTGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCgtc < 2:889162/300‑3 (MQ=255) tGCCGCCACCACCGCAATGATAACCAGCATGACATCAACTGGTGGTTTACCTGGCTGAAGGTGGAAGACGAAGACCAGAATGACCAGACCGATACCGCCTAATAAACCCAGCGCGATACCACCCTTTCTGGCACCATAAAACAGACATATCAGTATTATGATAAGTTGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTtgtagatt < 1:892219‑M1/300‑9 (MQ=255) tGCCGCCACCACCGCAATGATAACCAGCATGACATCAACTGGTGGTTTACCTGGCTGAAGGTGGAAGACGAAGACCAGAATGACCAGACCGATACCGCCTAATAAACCCAGCGCGATACCACCCTTTCTGGCACCATAAAACAGACATATCAGTATTATGATAAGTTGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCt < 2:252348/300‑1 (MQ=255) ccaccaCCGCAATGATAACCAGTATGACATCAACTGGTGGTTTACCTGGCTGAAGGTGGAAGACGAAGACCAGAATGACCAGACCGATACCACCTAATAAACCCAGCGCGATACCACCCTTTCTGGCACCATAAAACAGACATATCAGTATTATGATAAGTTGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGGTTTCAGAGCCTTACTAAATATCCATTTGGTCGTTACCGGCTTGAGc < 2:155630/300‑1 (MQ=255) tttggctgacaaacccgctcgtatctcctcgcgctcagacagtgtcaggtgaactacagcccacttacgctcatggggttttatgccgccagtatcccttaacatagtgaagatcgttccgggttttggacccaggatattcgctatttcactgaagcctgttccgttcttccatagttcaaaaacagaggctttctcctctgctgtaaatgttcttctcattcaaaaaacctccgcaaccccatgttttcacataactgttgcgttgaccaattgaatctacaGTTACCGGCTTTAGCa < 2:429801‑M2/16‑1 (MQ=255) tttggctgacaaaccagctcgtatctcctcgcgctcagacagtgtcaggtgagctacagcccgcttacgctcatggggttttatgccgccagtatcccttaacatagtgaagatcgttccgggttttgaacccaggatattcgctatttcactgaagcctgttccgttcttccatagttcaaaaacagaggctttttcctctgctgtaaatgttcgtctcattcaaaaaacctccgcaaccccatgttttcacataactgttgcgttgaccaattgaatctacaGTTACCGGCTTTAGCa < 1:753311‑M2/16‑1 (MQ=255) 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gTTTGGTCGTtgtagattcaatctgtcaatgcaacacccctttcaattatctctttcggtgttttgaacttcagtgtctttctcggtctgttgtttagctgagcagcaaccagatctagttcatgttgagtatattgggcaagacatgtctttttaggaaagtactgccgaattancccatttgtgttctcatttgttccccgctgccaaggactctgaggatcgcagaagtaaactttaacgccggtgctgacagtaaattctagatntctggccagttccattcctctgtcccatgtc < 2:638805‑M1/300‑291 (MQ=255) aatctacaGTTACCGGCTTTAGCAAATACCTCACAGTGAATATTGGCTGATTAAAGCAGCGGCAAATTTATGCACTGTGATAAGCGGCTTTTTCAGAGAGAAAGACTCTCTGGCGATGGGTTTANAGTTTGTACTGCGCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCNATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCATTTGTGGGGAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTa > 2:729749‑M2/9‑300 (MQ=255) gTtgtagattcaatctgtcaatgcaacacccctttcaattatctctttcggtgttttgaacttcagtgtctttctcggtctgttgtttagctgagcagcaaccagatctagttcatgttgagtatattgggcaagacatgtctttttaggaaagtactgccgaattagcccatttgtgttctcatttgttccccgctgccaaggactctgaggatcgcagaagtaaactttaacgccggtgctgacagtaaattctagatgtctggccagttccattcctctgtcccatgtcagtgattt > 1:275290‑M1/1‑2 (MQ=255) | GCCGATGCCGCCACCACCGCAATGATAACCAGCATGACATCAACTGGTGGTTTACCTGGCTGAAGGTGGAAGACGAAGACCAGAATGACCAGACCGATACCGCCTAATAAACCCAGCGCGATACCACCCTTTCTGGCACCATAAAACAGACATATCAGTATTATGATAAGTTGGATAGTAAATAACATGTGTGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCTCACAGTGAATATTGGCTGATTAAAGCAGCGGCAAATTTATGCACTGTGATAAGCGGCTTTTTCAGAGAGAAAGACTCTCTGGCGATGGGTTTATAGTTTGTACTGCGCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCAGGGCAGATGTCATTAGGTTTATAGATTAATCTGATCTACCCATTTGTGGGTAAAAATACACATAATGCGGGTGACATAATAGTTAATTAACTTTTGTTAGCGTTTTG > NC_000913/4348557‑4349151 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |