| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,569,394 | T→C | intergenic (‑667/+768) | ytiE ← / ← yjiR | protein YtiE/fused putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative aminotransferase YjiR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,569,394 | 0 | T | C | 97.8% | 338.6 / NA | 91 | intergenic (‑667/+768) | ytiE/yjiR | protein YtiE/fused putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative aminotransferase YjiR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (49/40); minor base A (2/0); total (51/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGATTTACGTGAACTGTGCGATCTCGATAGCTTAAAACTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATA‑GAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGACGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATCAACTGGTAGTATTACTGGTTACAGAGTGTGCTAATGACAGCCAGATAACTGCGCTGTTAAATTACATTTTACTGACTGGCGATGAAGCGCGTTTTAATGAGTTTATCAG > NC_000913/4569099‑4569689 | aGATTTACGTGAACTGTGCGATCTCGATAGCTTAAAACTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATA‑GAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCCGGTc < 1:832997/300‑1 (MQ=255)aGATTTACGTGAACTGTGCGATCTCGATAGCTTAAAACTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATA‑GAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCCGGTc < 2:670781/300‑1 (MQ=255) cGTGAACTGTGCGATCTCGATAGCTGAAAACTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATA‑GAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCCGGTCCCTGTgc < 2:486275/300‑1 (MQ=255) aCTGTGCGATCTCGATAGCTTAAAACTGGAATCCGCCAGCTTTGTCGATGAAAAATTGCGGGCGCTACACTCCGATATTTTATGGTCGGTAAAGACCCGCGAAGGCGATGGCTATATCTATGTGGTGATTGAACATCAGAGCCGCGAGGACATTCATATGGCCTTTCGCCTGATGCGCTATTCCATGGCGGTGATGTAGCGCCATATA‑GAGCATGATAAACGCCAGCCGCTACCGTTGGTCATCCCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCCGTTCCCTGTgctggct < 2:482382/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |