| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,399,493 | G→A | Q12* (CAG→TAG) | fnr ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator FNR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,399,493 | 0 | G | A | 99.2% | 457.6 / NA | 127 | Q12* (CAG→TAG) | fnr | DNA‑binding transcriptional dual regulator FNR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (82/44); minor base C (1/0); total (83/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
GGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGTATAACTTTTAATCGTACCGGAGCGGATGGCATAAAGCGATTTAAGTTCATCACCAGCCTTAAACAGCGTCTGGCCTTTCTGAATAGGCTTCTTCCGCTCAATGATATTATCAAGCTGATCAAGCTCATGTTCGTTGAGTGTGAACGGGATGCAAAGCTGGCTGATGCTGCAATCCTGGCAATGGATAGCACAACCGCCAGACTGAATGCGCCGTATAATTCGCTTTTCCGGGATCATAGGTCTGCTCAAGCCGTAATTGATATTTGTCAATTTTAACATCTTTTTAGGGAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAACTTTACATAAAAGTGTGAACAAGCTGGCACAAATTGTTTAATGTTTACAGCAAAAGATAACCTTCATGGCGCAATAACCACTCTTTTCGCTGAACTCCGCCTGCATATCCGG > NC_000913/1399198‑1399788 | gggTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGTATAACTTTTAATCGTACCGGAGCGGATGGCATAAAGCGATTTAAGTTCATCACCAGCCTTAAACAGCGTCTGGCCTTTCTGAATAGGCTTCTTCCGCTCAATGATATTATCAAGCTGATCAAGCTCATGTTCGTTGAGTGTGAACGGGATGCAAAGCTGGCTGATGCTGCAATCCTGGCAATGGATAGCACAACCGCCAGACTAAATg < 1:424021/300‑1 (MQ=255) ggTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGTATAACTTTTAATCGTACCGGAGCGGATGGCATAAAGCGATTTAAGTTCATCACCAGCCTTAAACAGCGTCTGGCCTTTCTGAATAGGCTTCTTCCGCTCAATGATATTATCAAGCTGATCAAGCTCATGTTCGTTGAGTGTGAACGGGATGCAAAGCTGGCTGATGCTGCAATCCTGGCAATGGATAGCACAACCGCCAGACTAAATgc > 1:373101/1‑300 (MQ=255) gATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGTATAACTTTTAATCGTACCGGAGCGGATGGCATAAAGCGATTTAAGTTCATCACCAGCCTTAAACAGCGTCTGGCCTTTCTGAATAGGCTTCTTCCGCTCAATGATATTATCAAGCTGATCAAGCTCATGTTCGTTGAGTGTGAACGGGATGCAAAGCTGGCTGATGCTGCAATCCTGGCAATGGATAGCACAACCGCCAGACTAAATGCGcc > 1:309244/1‑300 (MQ=255) gCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGTATAACTTTTAATCGTACCGGAGCGGATGGCATAAAGCGATTTAAGTTCATCACCAGCCTTAAACAGCGTCTGGCCTTTCTGAATAGGCTTCTTCCGCTCAATGATATTATCAAGCTGATCAAGCTCATGTTCGTTGAGTGTGAACGGGATGCAAAGCTGGCTGATGCTGCAATCCTGGCAATGGATAGCACAACCGCCAGACTAAATGCGCCGTATAAt > 1:354165/1‑300 (MQ=255) 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aCCGCCAGACTAAATGCGCCGTATAATTCGCTTTTCCGGGATCATAGGTCTGCTCAAGCCGTAATTGATATTTGTCAATTTTAACATCTTTTTAGGGAGCAAGTAAGTCNAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAACTTTACATAAAAGTGTGAACAAGCTGGCACAAATTGTTTAATGTTTACAGCAAAAGATAACCTTCATGGCGCAATAACCACTCTTTTCGCTGAACTCCGCCTGCa < 1:613545/300‑1 (MQ=255) ccAGACTAAATGCGCCGTATAATTCGCTTTTCCGGGATCATAGGTCTGCTCAAGCCGTAATTGATATTTGTCAATTTTAACATCTTTTTAGGGAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAACTTTACATAAAAGTGTGAACAAGCTGGCACAAATTGTTTAATGTTTACAGCAAAAGATAACCTTCATGGCGCAATAACCACTCTTTTCGCTGAACTCCGCCTGCATATc < 2:674161/300‑1 (MQ=255) gACTAAATGCGCCGTATAATTCGCTTTTCCGGGATCATAGGTCTGCTCAAGCCGTAATTGATATTTGTCAATTTTAACATCTTTTTAGGGAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAACTTTACATAAAAGTGTGAACAAGCTGGCACAAATTGTTTAATGTTTACAGCAAAAGATAACCTTCATGGCGCAATAACCACTCTTTTCGCTGAACTCCGCCTGCATATCCgg > 1:139976/1‑300 (MQ=255) | GGGTGATGGCCGCTGCCGATGGCGTCAAATCCCACCAGGTCGCCTGCTAAATGGAAACCAGTGATTTGCTCGTCGCCTTGCTCAGTGATGGTATAACTTTTAATCGTACCGGAGCGGATGGCATAAAGCGATTTAAGTTCATCACCAGCCTTAAACAGCGTCTGGCCTTTCTGAATAGGCTTCTTCCGCTCAATGATATTATCAAGCTGATCAAGCTCATGTTCGTTGAGTGTGAACGGGATGCAAAGCTGGCTGATGCTGCAATCCTGGCAATGGATAGCACAACCGCCAGACTGAATGCGCCGTATAATTCGCTTTTCCGGGATCATAGGTCTGCTCAAGCCGTAATTGATATTTGTCAATTTTAACATCTTTTTAGGGAGCAAGTAAGTCTAAGCAAACCTTAACAGCAGAGAATTCCGATATTAGATGTAAATATATGTCTATCTATTTGAAAACCCTTAAGTTGTTAAGGGTAACTTTACATAAAAGTGTGAACAAGCTGGCACAAATTGTTTAATGTTTACAGCAAAAGATAACCTTCATGGCGCAATAACCACTCTTTTCGCTGAACTCCGCCTGCATATCCGG > NC_000913/1399198‑1399788 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |