| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 270,487 | C→G | pseudogene (210/263 nt) | insN → | IS911A regulator fragment |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 270,487 | 0 | C | G | 98.2% | 88.6 / ‑5.6 | 54 | pseudogene (210/263 nt) | insN | IS911A regulator fragment |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (35/18); minor base A (1/0); total (36/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
TTCACTAGGGATGAAGTGGTTTACTGAATTTGGCCACCTGAACAGAGGTGATATGCTCACCTCAGAACAACACAGGTGTCATAATGAAAAAAAGAAATTTCAGCGCAGAGTTTAAACGCGAATCCGCTCAA‑CTGGTCGTTGACCAGAACTACACCGTGGCAGATGCAGCCAGCGCTATGGATGTCGGCCTTTCCACAATGACGCGATGGGTGAAACAATTACGTGATGAACGG‑CAGGGCAAAACACCAAAAGCCTCCCCCATTACCCCGGAACAAATTGAAATCCGTGAGCTCA‑GGAAAAAGCTACAACGTATTGAAATGGAAAATGAAATATTAAAAAAGGCTACTGTAGATTCAATTGGTCAACGCAACAGTTATGTGAAAACATGGGGTTGCGGAGGTTTTTTGAATGAGACGAACATTTACAGCAGAGGAAAAAGCCTCTGTTTTTGAACTATGGAAGAACGGAACAGGCTTCAGTGAAATAGCGAATATCCTGGGTTCAAAACCCGGAACGATCTTCACTATGTTAAGGGATACTGGCGGCATAAAACCCCATGAGCGTAAG > NC_000913/270195‑270761 | gatactaaccttgtaGTGGTTTAATAAATTTGGCCACCTGAACAGAGGTGATATGCTCACCTCAGAACAACACAGGTGCCTTAATGAAAAAACGAAATTTCAGTGCAGAATTCAGACGTGAATCAGCCCAG‑CTGGTTGTGGATCAGAACTATACAGTTGCAGATGCCGCGAAAGCCATGAATGTCGGGCTTTCCACCTTGACGCGGTGGGTAAAGCAATTACGGGACGAACGGGCAGG‑CAAAACACCGAAAGCATCCCCTATCACGCCGGAACAAATTGAGATACGTGAGCTGA‑AGaaaa > 1:690065/15‑300 (MQ=9) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |