| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 270,322 | T→C | pseudogene (45/263 nt) | insN → | IS911A regulator fragment |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 270,322 | 0 | T | C | 97.6% | 58.3 / NA | 42 | pseudogene (45/263 nt) | insN | IS911A regulator fragment |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (31/9); minor base A (1/0); total (33/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCATGAATCCTTTTCACTAGGGATGAAGTGGTTTACTGAATTTGGCCACCTGAACAGAGGTGATATGCTCACCTCAGAACAACACAGGTGTCATAATGAAAAAAAGAAATTTCAGCGCAGAGTTTAAACGCGAATCCGCTCAA‑CTGGTCGTTGACCAGAACTACACCGTGGCAGATGCAGCCAGCGCTATGGATGTCGGCCTTTCCACAATGACGCGATGGGTGAAACAATTACGTGATGAACGG‑CAGGGCAAAACACCAAAAGCCTCCCCCATTACCCCGGAACAAATTGAAATCCGTGAGCTCA‑GGAAAAAGCTACAACGTATTGAAATGGAAAATGAAATATTAAAAAAGGCTACTGTAGATTCAATTGGTCAACGCAACAGTTATGTGAAAAC > NC_000913/270183‑270579 | aaaagtgtcattgatactaaccttgtaGTGGTTTAATAAATTTGGCCACCTGAACAGAGGTGATATGCTCACCTCAGAACAACACAGGTGCCTTAATGAAAAAACGAAATTTCAGTGCAGAATTCAGACGTGAATCAGCCCAG‑CTGGTTGTGGATCAGAACTATACAGTTGCAGATGCCGCGAAAGCCATGAATGTCGGGCTTTCCACCTTGACGCGGTGGGTAAAGCAATTACGGGACGAACGGGCAGG‑CAAAACACCGAAAGCATCCCCTATCACGCCGGAACAAATTGAGATACGTg < 1:126061/274‑1 (MQ=2) 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TCATGAATCCTTTTCACTAGGGATGAAGTGGTTTACTGAATTTGGCCACCTGAACAGAGGTGATATGCTCACCTCAGAACAACACAGGTGTCATAATGAAAAAAAGAAATTTCAGCGCAGAGTTTAAACGCGAATCCGCTCAA‑CTGGTCGTTGACCAGAACTACACCGTGGCAGATGCAGCCAGCGCTATGGATGTCGGCCTTTCCACAATGACGCGATGGGTGAAACAATTACGTGATGAACGG‑CAGGGCAAAACACCAAAAGCCTCCCCCATTACCCCGGAACAAATTGAAATCCGTGAGCTCA‑GGAAAAAGCTACAACGTATTGAAATGGAAAATGAAATATTAAAAAAGGCTACTGTAGATTCAATTGGTCAACGCAACAGTTATGTGAAAAC > NC_000913/270183‑270579 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |