New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 2288919 = | NA (NA) | 17 (0.160) | 16/598 | 5.5 | 18.1% | noncoding (1195/1195 nt) | IS5 | repeat region |
? | NC_000913 | = 3888549 | 77 (0.730) | intergenic (+40/‑181) | tnaC/tnaA | tnaAB operon leader peptide/tryptophanase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
CTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTGTGACCTCAAAATGGTTCAATATTGACAACAAAATTGTCGATCACCGCCCTTGATTTGCCCTTCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTATTTGTTTGCTATATCTTAATTTTGCCTTTTGCAAAGGTCATCTCTCGTTTATTTACTTGTTTTAGTAAATGATGGTGCTTGCATATATATCTGGCGAATTAATCGGTATAGCAGATGTAATATTCACAGGGATCACTGTAATTAAAATAAATGAAGGATTATGTAATGGAAAACTTTAAACATCTCCCTGAACCGTTCCGCATTCGTGTTATTGAGCCAGTAAAACGTACCACTCGCGCTTATCGTGAAGAGGCAATTATTAAATCCGGTATGAACCCGTTCCT > NC_000913/3888250‑3888848 | cTCCTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTGTGACCTCAAAATGGTTCAATATTGACAACAAAATTGTCGATCACCGCCCTTGATTTGCCCTTCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAg > 1:352371/1‑300 (MQ=255) ccTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTGTGACCTCAAAATGGTTCAATATTGACAACAAAATTGTCGATCACCGCCCTTGATTTGCCCTTCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAggg < 1:512786/300‑3 (MQ=255) cTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTGTGACCTCAAAATGGTTCAATATTGACAACAAAATTGTCGATCACCGCCCTTGATTTGCCCTTCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGAtt < 1:250312/300‑1 (MQ=255) cTGTTATTCCTCAACCCTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTATGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCNAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTGTGACCTCAAAATGGTTCAATATTGACAACAACATTGTCGATCACCGCCCTTGATTTGCCCTTCTGTAGCCATCACAAGAGCAAAACcgattcgatt > 2:196698/1‑300 (MQ=255) 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ccTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTATGAATATNTTACATATATGTGTGACCTCAAAATGGTTCAATATTGACAACAAAATTGTCGATCACCGCCCTTGATTTGCCCTTCTGTAGCCATCACCAGANCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTAttt < 2:625776/300‑1 (MQ=255) ccTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTGTGACCTCAAAATGGTTCAATATTGACAACAAAATTGTCGATCACCGCCCTTGATTTGCCCTTCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTAttt < 1:1567/300‑1 (MQ=255) cTTTTTTTAAACATTAAAATTCTTACGTAATTTATAATCTTTAAAAAAAGCATTTAATATTGCTCCCCGAACGATTGTGATTCGATTCACATTTAAACAATTTCAGAATAGACAAAAACTCTGAGTGTAATAATGTAGCCTCGTGTCTTGCGAGGATAAGTGCATTATGAATATCTTACATATATGTGTGACCTCAAAATGGTTCAATATTGACAACAAAATTGTCGATCACCGCCCTTGATTTGCCCTTCTGTAGCCATCACCAGAGCCAAACCGATTAGATTCAATGTGATCTAtttg < 1:558422/300‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |