| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | = 3187426 | NA (NA) | 67 (0.630) | 51/596 | 0.8 | 50.8% | noncoding (1331/1331 nt) | IS2 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 3654628 | 65 (0.610) | intergenic (+101/‑55) | slp/dctR | starvation lipoprotein/putative DNA‑binding transcriptional regulator DctR | |||||
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
GCTTTATCAATAAAGTCCCGTATAACTTCCTGGAAGTGAATATGCAGGGCATCCAGGTGTGGCATTTGAGAGAAGTGGTTAATACCACCTATAACCTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACTATTATTATTATAAGCCCTGTCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGGGATACGATGTTCTTCACCGCGATGAAAAACATTCTGAGTAAAGGTAATGTCGTTCATATACAGAACGAAGAAGAGATCGACGTAATGTTGCATCAGAATGCCTTCGTCATTATTGATACATTAATGAATAATGTATTTCATTCTAATTTTCTCACTCAAATTGAACGATTAAAACCTGTCCATGTCATTATTTTCTCCCCCTTTAATATTAAACGCTGCCTGG > NC_000913/3654331‑3654926 | aacctgttctccggcggcgacagcagtaagacttccttcctggtattgcttacgccagagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCCTGTTaa > 1:535725‑M2/293‑300 (MQ=255) 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ataAGCCCTGTCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGGGATACGATGTTCTTCACCGCGATGAAAAACATTCTGAGTAAAGTTAATGTCGTTCATATACAGAACGAAGAAGAGATCGACGTAATGTTGCATCAGAATGCCTTCGTCATTATTGATACATTAATGAATAATGTATTTCATTCTAATTTTCTCACTCAAATTGAACGATTAAAACCTGTCCATGTCATTATTTTCTCCCCCTTTAatat < 2:419765/300‑1 (MQ=255) cccTGTCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGGGATACGATGTTCTTCACCGCGATGAAAAACATTCTGAGTAAAGGTAATGTCGTTCATATACAGAACGAAGAAGAGATCGACGTAATGTTGCATCAGAATGCCTTCGTCATTATTGATACATTAATGAATAATGTATTTCATTCTAATTTTCTCACTCAAATTGAACGATTAAAACCTGTCCATGTCATTATTTTCTCCCCCTTTAATATTAAAc < 1:384705/300‑1 (MQ=255) gtctaCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGGGATACGATGTTCTTCACCGCGATGAAAAACATTCTGAGTAAAGGTAATGTCGTTCATATACAGAACGAAGAAGAGATCGACGTAATGTTGCATCAGAATGCCTTCGTCATTATTGATACATTAATGAATAATGTATTTCATTCTAATTTTCTCACTCAAATTGAACGATTAAAACCTGTCCATGTCATTATTTTCTCCCCCTTTAATATTAAACg > 1:385025‑M2/6‑300 (MQ=255) gtcctgtTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGGGATACGATGTTCTTCACCGCGATGAAAAACATTCTGAGTAAAGGTAATGTCGTTCATATACAGAACGAAGAAGAGATCGACGTAATGTTGCATCAGAATGCCTTCGTCATTATTGATACATTAATGAATAATGTATTTCATTCTAATTTTCTCACTCAAATTGAACGATTAAAACCTGTCCATGTCATTATTTTCTCCCCCTTTAATATTAAACGCTg > 1:130053/1‑300 (MQ=255) gtcctgtTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGGGATACGATGTTCTTCACCGCGATGAAAAACATTCTGAGTAAAGGTAATGTCGTTCATATACAGAACGAAGAAGAGATCGACGTAATGTTGCATCAGAATGCCTTCGTCATTATTGATACATTAATGAATAATGTATTTCATTCTAATTTTCTCACTCAAATTGAACGATTAAAACCTGTCCATGTCATTATTTTCTCCCCCTTTAATATTAAACGCTg > 2:807724/1‑300 (MQ=255) gtTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGGGATACGATGTTCTTCACCGCGATGAAAAACATTCTGAGTAAAGGTAATGTCGTTCATATACAGAACGAAGAAGAGATCGACGTAATGTTGCATCAGAATGCCTTCGTCATTATTGATACATTAATGAATAATGTATTTCATTCTAATTTTCTCACTCAAATTGAACGATTAAAACCTGTCCATGTCATTATTTTCTCCCCCTTTAATATTAAACGCTGCCTgg > 1:343037/1‑300 (MQ=255) | GCTTTATCAATAAAGTCCCGTATAACTTCCTGGAAGTGAATATGCAGGGCATCCAGGTGTGGCATTTGAGAGAAGTGGTTAATACCACCTATAACCTGTGGGATTACGGCTATGGTGCATTCTGGCCGGAACCGGGCTGGGGTGCGCCTTACTACACCAATGCGGTGAGTCAGGTAACACCTGAGCTGGTCAAATAACACCACCGAAAGATGCAGATGCTTTCTCAGCATCTGCATCATGCATTACATCAAATTAATACACAGTAAGCTAACTATTATTATTATAAGCCCTGTCCTGTTAATTACCTTTGGCAAACTGATTATAAAGTTAATGTCCGCACCAGGAGTCGGTTATGTTTCTTATAATTACCAGGGATACGATGTTCTTCACCGCGATGAAAAACATTCTGAGTAAAGGTAATGTCGTTCATATACAGAACGAAGAAGAGATCGACGTAATGTTGCATCAGAATGCCTTCGTCATTATTGATACATTAATGAATAATGTATTTCATTCTAATTTTCTCACTCAAATTGAACGATTAAAACCTGTCCATGTCATTATTTTCTCCCCCTTTAATATTAAACGCTGCCTGG > NC_000913/3654331‑3654926 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |