| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,906,751 | T→C | intergenic (‑184/+102) | bglG ← / ← phoU | transcriptional antiterminator BglG/negative regulator of the pho regulon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,906,751 | 0 | T | C | 99.3% | 496.8 / NA | 136 | intergenic (‑184/+102) | bglG/phoU | transcriptional antiterminator BglG/negative regulator of the pho regulon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (56/79); minor base A (1/0); total (57/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
AGCGCGTTTTTGAAAGCCAATTCCGCGCCCCATGACGACTTTTTCCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAATTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATATTCTGGCAGCGGTCGCCAATACGTTCGATAGAACGCGCGCAGAACAGCGCAGTAAGTACGCTCGGAATGGTACGCGAATCTTCCATCATG > NC_000913/3906457‑3907045 | agctctttttgGAAAGCCAATTCCGCGCCCCATGACGACTTTTTTCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGTTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAACATGAc < 2:222459/294‑1 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aaaaaTAGCAATGCGCTATTGATAAAAACATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAATTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATATTCTGGCAGCGGTCGCCAATACGTTCGATAGAACGCGCGCAGAACAGCGCAGTAAGTACGCTCGGaa > 2:18024/2‑300 (MQ=255) aTTGATAAAAACATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAATTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATATTCTGGCAGCGGTCGCCAATACGTTCGATAGAACGCGCGCAGAACAGCGCAGTAAGTACGCTCGGAATGGTACGCGAATCTTcc > 1:49967/1‑300 (MQ=255) aaaaaCATGACCATGCTCGCAGTTATTGACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAATTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATATTCTGGCAGCGGTCGCCAATACGTTCGATAGAATGCGCGCAGAACAGCGCAGTAAGTACGCTCGGAATGGTACGCGAATCTTCCATCATg < 2:666133/300‑1 (MQ=255) | AGCGCGTTTTTGAAAGCCAATTCCGCGCCCCATGACGACTTTTTCCCGCTGTTGATCATCAATAACCACCACAACATTATTGTTGAGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAATTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATATTCTGGCAGCGGTCGCCAATACGTTCGATAGAACGCGCGCAGAACAGCGCAGTAAGTACGCTCGGAATGGTACGCGAATCTTCCATCATG > NC_000913/3906457‑3907045 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |